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Une étude suggère que le test Harmony COVID-19 est supérieur aux tests en laboratoire

Mis à jour le
Harmony COVID-19 workflow, analytical performance, and interpretation. (A) User workflow. A nasal swab is collected and eluted in the rehydration buffer using either a unified sampler-dispenser (shown) or a tube-and-bulb method (Fig. 8). The swab eluate is then transferred into the reaction tube to rehydrate lyophilized, pre loaded RT-LAMP reagents. Users follow the instructions on the cell phone app to record the sample identity, insert the tube in the test slot, and close the device. Four samples can be analyzed in parallel. (Photo credits: (A)1-(A)4, Mark Stone at the University of Washington and (A)5, Christopher Snyder at North Seattle College). (B) Examples of on-device analysis. Lyophilized reagents were rehydrated with the eluate from swabs spiked with 0, 200, 2000, or 20,000 copies of SARS-CoV-2 RNA, run on the device, and analyzed in real-time. The samples with SARS-CoV-2 RNA at 2000, 200, and 20 copies/reaction (rxn) were reported as positive by software at 27 min, 30 min, and 41 min, respectively; after 60 min the NTC reaction was classified as negative. (C) Time-to-result. Individual detection time points (n = 3) are plotted. Variation in detection time increases as samples approach the detection limit. (D) Diagnostic algorithm. Harmony COVID-19 software calls samples as positive, negative, or indeterminate based on detection of the three regions in the nucleocapsid gene (Harmony NC1 overlapping with the CDC N1 region, Harmony NC2 (overlapping with CDC N3 region excluded from the current kit), and Harmony NC3 overlapping with the CDC N2 region) and the engineered IAC sequence.

Une nouvelle étude suggère qu’un nouveau test de coronavirus développé par des scientifiques de l’Université de Washington et du Brotman Baty Institute for Precision Medicine produit des résultats plus rapides et plus sensibles que les tests PCR conventionnels pour mesurer le syndrome respiratoire aigu sévère coronavirus 2 (SRAS-CoV-2) viral ARN.

Le kit de test RT-LAMP connu sous le nom de « Harmony COVID-19 » est un test au point de service conçu pour être peu coûteux et simple à utiliser avec la possibilité d’examiner jusqu’à quatre échantillons à la fois. L’appareil est destiné à mieux aider les travailleurs de la santé à identifier le SRAS-CoV-2 chez les patients.

Les chercheurs espèrent également étendre Harmony COVID-19 pour tester rapidement d’autres infections respiratoires, notamment le SRAS-CoV-2 saisonnier, la grippe et le VRS.

L’équipe écrit :

« Des tests tels que Harmony deviendront une pratique courante pour confirmer la présence d’infections virales qui peuvent être traitées avec des thérapies antivirales ou qui nécessitent un contrôle des infections, ainsi que pour aider à réduire l’utilisation inappropriée d’antibiotiques. De plus, les plates-formes de test développées pour cette pandémie pourraient être plus facilement adaptées pour détecter de nouvelles maladies afin d’augmenter la préparation aux futures pandémies. »

L’étude « Harmony COVID-19 : un kit prêt à l’emploi, un détecteur à faible coût et une application pour smartphone pour la détection de l’ARN du SARS-CoV-2 au point de service » est publiée sur le préprint medRxiv* serveur.

Comment ils ont fait

Le kit de test Harmony COVID-19 a été évalué dans la présente étude en demandant aux travailleurs de la santé de mesurer l’ARN d’échantillons artificiels à partir de la matrice nasale et salivaire. En outre, les travailleurs de la santé ont également mesuré l’ARN à partir d’échantillons cliniques stockés.

Des échantillons cliniques frais n’ont pas pu être obtenus à temps pour l’étude, ce que les auteurs reconnaissent être une limitation de l’étude.

Les travailleurs de la santé ont appris à utiliser le test grâce à des instructions écrites et à une vidéo détaillant la procédure.

Flux de travail, performances analytiques et interprétation d’Harmony COVID-19. (A) Flux de travail utilisateur. Un écouvillon nasal est collecté et élué dans le tampon de réhydratation à l’aide d’un échantillonneur-distributeur unifié (illustré) ou d’une méthode tube-ampoule (Fig. 8). L’éluat d’écouvillonnage est ensuite transféré dans le tube de réaction pour réhydrater les réactifs RT-LAMP lyophilisés et préchargés. Les utilisateurs suivent les instructions de l’application pour téléphone portable pour enregistrer l’identité de l’échantillon, insérer le tube dans la fente de test et fermer l’appareil. Quatre échantillons peuvent être analysés en parallèle. (Crédits photo : (A)1-(A)4, Mark Stone à l’Université de Washington et (A)5, Christopher Snyder au North Seattle College). (B) Exemples d’analyse sur l’appareil. Les réactifs lyophilisés ont été réhydratés avec l’éluat des écouvillons dopés avec 0, 200, 2000 ou 20 000 copies d’ARN du SRAS-CoV-2, exécutés sur l’appareil et analysés en temps réel. Les échantillons avec l’ARN du SRAS-CoV-2 à 2000, 200 et 20 copies/réaction (rxn) ont été signalés comme positifs par le logiciel à 27 min, 30 min et 41 min, respectivement ; après 60 min, la réaction NTC a été classée comme négative. (C) Délai d’obtention du résultat. Les points de temps de détection individuels (n = 3) sont tracés. La variation du temps de détection augmente à mesure que les échantillons approchent de la limite de détection. (D) Algorithme de diagnostic. Le logiciel Harmony COVID-19 appelle les échantillons comme positifs, négatifs ou indéterminés en fonction de la détection des trois régions dans le gène de la nucléocapside (Harmony NC1 chevauchant la région CDC N1, Harmony NC2 (chevauchant avec la région CDC N3 exclue du kit actuel), et Harmony NC3 chevauchant la région CDC N2) et la séquence IAC modifiée.

Les résultats suggèrent une précision et une sensibilité élevées dans les tests de test

Les tests d’Harmony COVID-19 ont produit un test rapide peu coûteux et simple avec des caractéristiques similaires aux tests conventionnels en laboratoire. Les travailleurs de la santé avaient une précision de 95% lors de l’utilisation du test.

Les résultats ont également montré que le kit de test Harmony COVID-19 avait une sensibilité élevée.

Les réactifs prêts à l’emploi dans le kit de test ont contribué à la spécificité et à l’exactitude. Le test a détecté environ 15 copies/réaction d’ARN synthétique du SRAS-CoV-2 et d’échantillons d’ARN réels collectés à plus de 20 copies/réaction sans faux positifs. Le test a également pu donner des résultats pour des échantillons de charge virale élevée en 17 minutes.

Le test a également détecté avec succès des échantillons contenant plus de 20 particules virales dans la matrice nasale humaine. De plus, le test avait une sensibilité modérée pour la salive à des concentrations similaires.

Plus précisément, environ 97% des échantillons artificiels dans la matrice nasale ont été détectés et 83% des échantillons ont été détectés dans la salive.

« Notre niveau actuel de sensibilité du test serait suffisant pour détecter le SRAS-CoV-2 dans la plupart des échantillons nasaux (~ 103 à ~109 copies/écouvillon) ou de la salive (~104 à ~108 copies/mL) des individus infectés au cours de la première semaine après le début », a expliqué l’équipe de recherche.

Les chercheurs ont attribué la sensibilité et la spécificité élevées du test à l’utilisation d’une nouvelle conception de polymérase et de sonde pour spécifier entre le SARS-CoV-2 et l’amplification IAC.

Améliorations du dosage

Les chercheurs soulignent que le test de test pourrait être modifié pour augmenter la détection du SRAS-CoV-2. Ils expliquent que la réalisation du test à une température plus froide et plus optimale pour l’enzyme transcriptase inverse suivie d’une température plus élevée pour l’amplification de l’ADN pourrait potentiellement augmenter la vitesse ou la sensibilité de la détection du SRAS-CoV-2.

L’utilisation d’un contrôle d’amplification interne d’ARN qui reflète plus précisément le virus SARS-CoV-2 et qui peut être conditionné dans une enveloppe virale pourrait également améliorer les résultats. L’étude actuelle a utilisé le test Harmony COVID-19 avec un contrôle d’amplification interne de l’ADN, qui ne parvient pas à saisir les processus de lyse et de conversion d’ADNc.

« Les progrès de la sensibilisation et de l’acceptation des tests d’infection à grande échelle, et les plateformes technologiques développées auront un avantage continu pour le contrôle du COVID-19, la réduction des dommages causés par d’autres maladies endémiques et la lutte contre les futures pandémies », a conclu l’équipe de recherche.

*Avis important

medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, orienter la pratique clinique/le comportement lié à la santé, ou traités comme des informations établies.

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