Dans une étude récente publiée dans la revue des Centers for Disease Control and Prevention (CDC) des États-Unis Maladies infectieuses émergentesune équipe de chercheurs a signalé la détection d’acide ribonucléique (ARN) d’arénavirus chez diverses espèces de chauves-souris échantillonnées entre 2007 et 2011 au Brésil.
Sommaire
Arrière plan
Parmi les quatre genres présents dans la famille des virus Arenaviridae, Mammarénavirus est le seul genre qui infecte les mammifères. Le genre est divisé en arénavirus du Nouveau Monde et en sérocomplexe chorioméningite-virus Lassa, distribués dans le monde entier. Certains arénavirus du Nouveau Monde, tels que les virus Junin, Chapare, Guanarito, Machupo et Sabia, provoquent une fièvre hémorragique chez l’homme.
Alors que les arénavirus pathogènes sont généralement transmis à l’homme par des rongeurs infectés, Tacaribe Mammarénavirus, trouvé chez les chauves-souris et non considéré comme infectieux pour les humains, est connu de manière anecdotique pour provoquer des symptômes pseudo-grippaux. Bien que les chauves-souris soient connues pour héberger des virus zoonotiques, il existe des preuves épidémiologiques limitées sur l’association entre les chauves-souris et les arénavirus, consistant principalement en un seul virus isolé et des infections expérimentales de chauves-souris.
Cependant, étant donné que le virus Tacaribe appartient au même clade que les virus responsables de la fièvre hémorragique qui présentent également une évasion immunitaire et un tropisme cellulaire, la possibilité d’infections graves par le virus Tacaribe ne peut être exclue.
À propos de l’étude
Dans la présente étude, les chercheurs ont prélevé des échantillons de chauves-souris du sud-est du Brésil et ont analysé la rate, les poumons, les intestins, les reins et les tissus hépatiques des échantillons. Ils ont collecté un total de 1 047 chauves-souris de 32 espèces et analysé 3 670 échantillons de tissus. Pour détecter l’ARN de l’arénavirus, ils ont effectué une amplification en chaîne par polymérase par transcription inverse (RT-PCR) avec des amorces modifiées pour amplifier des séquences partielles du gène de l’ARN polymérase dépendante de l’ARN des arénavirus du Nouveau Monde.
De plus, ils ont utilisé le séquençage en profondeur basé sur Illumina pour obtenir des séquences codantes complètes d’arénavirus de deux des espèces de chauves-souris collectées. Les séquences issues de la RT-PCR et les séquences codantes complètes ont été utilisées pour des analyses phylogénétiques et pour déterminer les distances de séquences homogènes.
Résultats
Les résultats ont rapporté l’ARN d’arénavirus de 1,62% (17 sur 1047) des chauves-souris échantillonnées appartenant à trois espèces – une Artibeus planirostrisquatre Artibeus lituratus, et 12 Carollia perspicillata. Les virus des deux Artibeus espèces ont été identifiées comme Virus mammaire tacaribetandis que le virus détecté dans le 12 Carollia perspicillata échantillons a été identifiée comme une nouvelle espèce, que les auteurs ont appelée Tietê mammarenavirus.
Tous les échantillons ont été prélevés dans des zones forestières et urbaines situées à moins de 60 km l’une de l’autre, indiquant un éventuel réservoir viral chez les chauves-souris de la région. Des concentrations virales similaires ont été trouvées dans les tissus de la rate et des poumons, suggérant une infection systémique. La concentration la plus élevée d’arénavirus a été trouvée dans un échantillon de tissu intestinal, ce qui suggère une excrétion virale entérique.
La reconstruction phylogénétique basée sur les séquences partielles du gène de l’ARN polymérase dépendante de l’ARN a permis de récupérer deux clades d’arénavirus du Nouveau Monde au Brésil. Les arénavirus des deux Artibeus espèces formaient un clade, tandis que les séquences de la Carollia perspicillata les échantillons formaient un autre clade. Les séquences codantes complètes ont révélé une organisation du génome identique à celle des autres mammarenavirus et ont formé un groupe monophylétique avec le virus Tacaribe qui était bien pris en charge.
L’arbre à vraisemblance maximale utilisant les gènes complets du grand segment a récupéré le clade entier contenant le virus Tacaribe et les séquences du Brésil en tant que sœur des arénavirus Junin et Machupo New World.
Cependant, l’analyse phylogénétique utilisant les gènes complets du petit segment a montré une relation sœur entre le virus Ocozocoautla de Espinosa et le clade avec les séquences brésiliennes et les séquences du virus Tacaribe.
On pense que le virus Ocozocoautla de Espinosa a provoqué une épidémie de fièvre hémorragique au Mexique. De plus, les analyses de recombinaison et les distances de séquence n’ont indiqué aucun événement de recombinaison.
L’évaluation taxonomique des nouvelles espèces de virus de la Carollia perspicillata était basée sur des comparaisons de séquences par paires avec le virus Tacaribe qui indiquaient une identité de séquence nucléotidique de moins de 80 % et une identité d’acides aminés de protéine de nucléocapside de 88,6 % à 90 % et la présence d’un hôte distinct. L’espèce porte le nom d’une rivière située à proximité du site d’échantillonnage.
conclusion
Pour résumer, l’étude a enquêté sur des espèces de chauves-souris collectées dans le sud-ouest du Brésil pour la présence d’ARN d’arénavirus à l’aide de méthodes d’amplification de séquence. Les résultats ont rapporté la présence d’ARN d’arénavirus chez trois espèces de chauves-souris représentant 1,62 % de la taille totale de l’échantillon.
Les analyses phylogénétiques ont révélé que les arénavirus détectés dans les échantillons de chauves-souris sont étroitement liés au virus Tacaribe, un arénavirus du Nouveau Monde trouvé chez les chauves-souris. L’un des arénavirus détectés est une nouvelle espèce et a reçu le nom Tietê mammarenavirus.
Alors que les arénavirus du Nouveau Monde se trouvent généralement chez les rongeurs, les résultats de cette étude indiquent que les chauves-souris pourraient être des réservoirs d’arénavirus et doivent être explorées plus avant.
