Une étude examinant des échantillons de la superbactérie Clostridioides difficile dans 14 élevages porcins au Danemark trouve le partage de plusieurs gènes de résistance aux antibiotiques entre les porcs et les patients humainsapportant la preuve que que la transmission de l’animal à l’homme (zoonotique) est possible.
L’étude, réalisée par le Dr Semeh Bejaoui et ses collègues de l’Université de Copenhague et du Statens Serum Institut au Danemark, est présentée cette année au Congrès européen de microbiologie clinique et des maladies infectieuses (ECCMID) à Lisbonne, au Portugal (23-26 avril).
Notre découverte de gènes de résistance multiples et partagés indique que C. difficile est un réservoir de gènes de résistance aux antimicrobiens qui peuvent être échangés entre les animaux et les humains. Cette découverte alarmante suggère que la résistance aux antibiotiques peut se propager plus largement qu’on ne le pensait auparavant, et confirme les liens dans la chaîne de résistance menant des animaux de ferme aux humains. »
Dr Semeh Bejaoui, Université de Copenhague
C. difficile est une bactérie qui infecte l’intestin humain et résiste à tous les antibiotiques actuels sauf trois. Certaines souches contiennent des gènes qui leur permettent de produire des toxines qui peuvent provoquer une inflammation destructrice de l’intestin, entraînant une diarrhée potentiellement mortelle, principalement chez les personnes âgées et les patients hospitalisés qui ont été traités avec des antibiotiques.
C. difficile est considéré comme l’une des plus grandes menaces de résistance aux antibiotiques aux États-Unis – et a causé environ 223 900 infections et 12 800 décès en 2017, pour un coût de santé de plus d’un milliard de dollars [1].
Une souche hypervirulente de C. difficile (ribotype 078 ; RT078) qui peut provoquer une maladie plus grave et sa séquence principale de type 11 (ST11), est associée à un nombre croissant d’infections dans la communauté chez les individus jeunes et en bonne santé. Les animaux de ferme ont récemment été identifiés comme réservoirs de RT078.
Dans cette étude, des scientifiques danois ont étudié la prévalence des souches de C. difficile dans le bétail (porcs) et le potentiel de propagation zoonotique des gènes de résistance aux antimicrobiens en les comparant à des isolats cliniques de patients hospitalisés au Danemark.
Des échantillons de selles ont été prélevés sur 514 porcs en deux lots dans des exploitations à travers le Danemark entre 2020 et 2021. Le lot A comprenait 330 échantillons de truies, de porcelets et de porcs de boucherie de quatorze exploitations en 2020. Les 184 échantillons du lot B ont été prélevés lors de l’abattage en 2021.
Les échantillons ont été criblés pour la présence de C. difficile et le séquençage génétique a été utilisé pour déterminer s’ils hébergeaient des gènes de résistance aux toxines et aux médicaments. Le séquençage du génome a également été utilisé pour comparer les isolats de C. difficile des échantillons de porc à 934 isolats prélevés sur des patients infectés par C. difficile au cours de la même période.
Sur 514 échantillons de porcs, 54 présentaient des signes de C. difficile (lot A = 44, lot B = 9). D’autres analyses de 40 échantillons (lot A = 33, lot B = 7) ont révélé que C. difficile était plus fréquent chez les porcelets et les truies que chez les porcs de boucherie. Les auteurs supposent que cela peut être dû à la différence d’âge entre les porcelets et les porcs adultes ; les porcs plus jeunes ayant une composition de microbiote qui les rend plus sensibles à une colonisation réussie.
Au total, treize types de séquences trouvés chez les animaux correspondaient à ceux trouvés dans les échantillons de selles des patients. ST11, une souche associée aux animaux, était la plus courante (porc = 21, humain = 270). Dans seize cas, les souches ST11 chez l’homme et l’animal étaient identiques (voir tableau 1 et figure 1 dans les notes aux éditeurs)
Tous les isolats d’animaux étaient positifs pour les gènes de la toxine et dix étaient également hypervirulents, avec une capacité encore plus grande à provoquer des maladies.
Au total, 38 isolats provenant des animaux contenaient au moins un gène de résistance ; et dans l’ensemble, la résistance a été prédite pour sept classes d’antibiotiques, dont les plus courants étaient les macrolides, les ß-lactamines, les aminoglycosides et la vancomycine ; qui sont importants pour le traitement infections bactériennes sévères.
« La surutilisation des antibiotiques en médecine humaine et en tant qu’outils de production bon marché dans les fermes détruit notre capacité à guérir les infections bactériennes », déclare le Dr Bejaoui. « Le grand réservoir de gènes conférant une résistance aux aminoglycosides, une classe d’antibiotiques auxquels C. difficile est intrinsèquement résistant – ils ne sont pas nécessaires pour la résistance chez cette espèce, est particulièrement préoccupant. C. difficile joue donc un rôle dans la propagation de ces gènes à autres espèces sensibles »
Elle poursuit : « Cette étude fournit davantage de preuves sur la pression évolutive liée à l’utilisation d’antimicrobiens dans l’élevage, qui sélectionne des agents pathogènes humains dangereusement résistants. Cela souligne l’importance d’adopter une approche plus globale pour la gestion de l’infection à C. difficile. , afin d’envisager toutes les voies de diffusion possibles. »
Malgré les résultats importants, les auteurs notent plusieurs limites, notamment le fait qu’ils n’ont pas été en mesure de déterminer la direction de la transmission. Comme l’explique le Dr Bejaoui, « Le fait que certaines des souches des isolats humains et animaux étaient identiques suggère qu’elles pourraient être partagées entre les groupes, mais tant que nous n’aurons pas effectué d’analyses phylogénétiques plus approfondies, nous ne pouvons pas déterminer la direction de la transmission, qui pourrait également être bidirectionnel, les bactéries étant continuellement échangées et propagées dans la communauté et les fermes. »
