Une étude récente publiée sur bioRxiv* a mené une surveillance du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2) chez la faune du Vermont, aux États-Unis (États-Unis).
Étude: La surveillance de la faune du Vermont en 2021-2022 ne révèle aucun ARN viral du SRAS-CoV-2 détecté. Crédit d’image : TomReichner/Shutterstock.com
*Avis important: bioRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique/les comportements liés à la santé, ou traités comme des informations établies.
Arrière-plan
Des infections naturelles par le SRAS-CoV-2 chez les animaux ont été signalées. Les animaux qui facilitent la transmission du virus au sein des espèces deviennent des réservoirs viraux, entraînant des changements évolutifs qui présentent un risque s’ils sont réintroduits chez l’homme.
Ce scénario a été documenté dans des élevages de visons. Les Pays-Bas ont enregistré cinq foyers en 2020, entraînant des infections par le SRAS-CoV-2 dans plus de la moitié des élevages de visons.
Les données de séquençage ont indiqué de multiples événements de débordement et de retour entre les visons et les humains. Des études récentes ont démontré la sensibilité des membres de la famille des cervidés nord-américains au SRAS-CoV-2.
Bien que des études aient signalé une infection de la faune par le SRAS-CoV-2 dans plusieurs États des États-Unis et du Canada, aucune information n’est disponible pour le Vermont.
L’étude et les conclusions
Dans la présente étude, les chercheurs ont effectué une surveillance du SRAS-CoV-2 chez les animaux du Vermont. La surveillance a été menée pendant les saisons de chasse et de piégeage en 2021 et la saison de chasse en 2022 dans tout l’État. Ils ont échantillonné des renards gris/roux, des pékans, des coyotes, des lynx roux, des cerfs de Virginie, des ours noirs et des loutres.
Les cerfs ont été priorisés pour l’échantillonnage; la plupart des échantillonnages (chez les cerfs) ont eu lieu en 2022 à 470 échantillons contre 17 en 2021.
À la fin de la saison 2021, l’ARN a été extrait des échantillons et une réaction en chaîne par polymérase quantitative à transcription inverse (RT-qPCR) a été réalisée pour détecter l’ARN du SRAS-CoV-2 à l’aide d’ensembles d’amorces N1 et N2.
Aucun ARN viral n’était détectable dans aucun des 2021 échantillons. Sur les 472 échantillons en 2022, 133 étaient positifs pour les deux amorces. Le seuil de cycle moyen (CJ) était de 36,6 et 38 pour N1 et N2, respectivement. De plus, plusieurs échantillons étaient positifs pour l’une des amorces ; 28 ont été testés positifs pour N1 et 56 étaient positifs pour N2.
Cette forte positivité soudaine dans 2022 échantillons, avec une C moyenne élevéeJ valeurs et l’absence d’échantillons avec CJ < 30 et CJ < 33 pour N2, indique la possibilité d'une contamination. Le laboratoire de l'Université du Vermont a lancé une étude distincte in vitro projet impliquant l’expression de la nucléocapside du SARS-CoV-2.
Des constructions d’ADN avec des séquences reconnaissables par les amorces N1/N2 étaient présentes au laboratoire. Par conséquent, l’équipe a évalué si les résultats positifs des tests étaient authentiques ou dus à une contamination. Les chercheurs ont obtenu des écouvillons environnementaux à partir d’objets/surfaces courants en laboratoire.
Tous les écouvillons ont été testés positifs pour N1 et N2, avec CJ valeurs atteignant 23,6. Aucun contrôle négatif n’a été amplifié dans la réaction. Ensuite, ils ont effectué une qPCR pour déterminer si la contamination était de l’ADN viral ou de l’ARN. En moyenne, les témoins positifs (échantillons cliniques de SARS-CoV-2) en qPCR avaient 5,4 cycles de C supérieurJ pour N1 qu’en RT-qPCR.
Deux échantillons de contrôle positif avec l’amorce N2 étaient indétectables en qPCR, alors que CJ était supérieur de 1,8 cycle pour un témoin positif positif pour N2.
Le CJ les valeurs de tous les échantillons de laboratoire étaient cohérentes entre les tests qPCR et RT-qPCR, suggérant une contamination par l’ADN viral. En outre, l’équipe a comparé les réactions RT-qPCR et qPCR sur des échantillons positifs sélectionnés de cerfs.
Les acides nucléiques du SRAS-CoV-2 étaient détectables, avec un C constantJ valeurs entre les tests. Cela suggère que les résultats positifs initiaux pour les échantillons d’animaux étaient probablement une contamination par l’ADN.
Par conséquent, l’équipe a répété les tests RT-qPCR en utilisant un ensemble d’amorces de gène d’enveloppe (E) car les constructions d’ADN utilisées en laboratoire manquaient de séquences de gène E. Tous les 2022 échantillons étaient indétectables par cet ensemble d’amorces, suggérant que la faune du Vermont ne contenait pas d’ARN du SRAS-CoV-2.
conclusion
En résumé, l’étude n’a pas trouvé de SRAS-CoV-2 dans la faune du Vermont. Cela était surprenant car des études antérieures ont rapporté des taux de positivité > 30 % et des taux de séropositivité > 40 % chez le cerf de Virginie.
La population clairsemée et le taux relativement faible de maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) dans le Vermont pourraient avoir réduit le risque de transmission du SRAS-CoV-2 des humains aux cerfs.
Bien que les résultats soient rassurants, il est peu probable que cela se poursuive indéfiniment, d’autant plus que des cas sont de plus en plus signalés dans la faune des régions voisines. Une surveillance devrait être menée partout en Amérique du Nord pour détecter la transmission virale et l’adaptation chez la faune.
*Avis important: bioRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique/les comportements liés à la santé, ou traités comme des informations établies.
