Plusieurs vaccins ont été déployés pour maîtriser la pandémie actuelle de la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19). Cependant, l’émergence de nouvelles variantes préoccupantes (COV) du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2) peut constituer une menace pour l’objectif de contenir l’épidémie mondiale.
La question est abordée dans un article récent, disponible en pré-impression sur le medRxiv* serveur. Les chercheurs ont examiné des cas d’infection par le SRAS-CoV-2 chez des travailleurs de la santé entièrement et partiellement vaccinés, constatant que la vaccination procurait une forte immunité au virus même si les COV sont en augmentation dans la communauté non vaccinée en général.
Sommaire
Arrière-plan
Certains des COV bien connus incluent les lignées B.1.1.7 (ou Alpha), B.1.351 (Beta) et P.1 (Gamma), qui ont toutes plusieurs mutations importantes dans la protéine de pointe virale, qui médie l’attachement viral au récepteur de la cellule hôte, l’enzyme de conversion de l’angiotensine 2 (ACE2), au domaine de liaison au récepteur (RBD), et l’entrée virale dans la cellule hôte après la fusion virus-membrane cellulaire.
De nombreuses souches différentes présentent les mêmes mutations qui confèrent des capacités d’évasion immunitaire, permettant au virus d’échapper à la neutralisation par les anticorps monoclonaux ainsi qu’aux anticorps neutralisants du plasma convalescent (PC). Une mutation d’échappement importante est E484K, trouvée dans de nombreux clones variants à différents endroits.
De décembre 2020 à avril 2021, près de 24 000 travailleurs de la santé ont été vaccinés avec une dose d’un vaccin à ARNm (acide ribonucléique messager) qui code pour la protéine de pointe virale. L’étude actuelle s’est concentrée sur l’analyse des infections percées dans cette population, en la comparant avec la communauté dans son ensemble.
Quelles ont été les conclusions ?
Il y avait 0,58 % (138) d’infections parmi le groupe vacciné, avec trois fois plus parmi les partiellement vaccinés par rapport à ceux qui avaient reçu les deux doses.
Parmi ces 138 individus, la plupart ont développé une infection à une médiane de 10 jours à compter de la première dose (intervalle : 1-113), un quart étant infecté à une médiane de 22 jours à compter de la deuxième dose (4-104).
Mutations associées aux COV
En utilisant un test de dépistage pour détecter les polymorphismes dans la région RBD, en particulier N501Y/T et E484K/Q, parmi les 138 infections, ils n’ont obtenu que 83 écouvillonnages. Parmi ceux-ci, il y avait respectivement 3 et 6 occurrences de ces polymorphismes. Si seuls les sujets complètement vaccinés étaient pris en compte, seuls 1 et 6 échantillons présentaient ces mutations.
Par rapport à un échantillonnage aléatoire d’écouvillons positifs pour le SRAS-CoV-2 parmi la population non vaccinée au cours de la période de janvier à avril 2021, ils ont trouvé qu’environ 37% des échantillons contenaient les mutations N501Y/T, et un cinquième les mutations E484K/Q, respectivement. Cela correspond à la prévalence générale croissante de ces polymorphismes.
Fréquence de COV comparable parmi la population vaccinée/non vaccinée
En testant si les infections parmi les receveurs du vaccin étaient causées par ces variantes ou d’autres variantes spécifiques ou étaient associées à des mutations spécifiques, les scientifiques ont examiné 68 séquences du génome entier (WGS) de 83 cas symptomatiques de COVID-19. Étonnamment, 15 d’entre eux avaient une charge virale très faible comme l’indiquent les valeurs de seuil de cycle élevé.
Du point de vue du génome, la lignée B.1.2 était la plus fréquente parmi 21 lignées différentes. Il y avait des mutations sur 20 sites dans le domaine N-terminal (NTD) ou RBD du pic, dont certaines étaient des mutations d’échappement. Ces derniers (L452R, T478K, E484K et S494P) étaient présents dans trois génomes ou moins chacun, et pas un seul génome n’a été trouvé avec plus de deux d’entre eux ensemble.
De même, aucun génome ne contenait à la fois E484K et N501Y. Ceci était comparable à la fréquence des mutations RBD et NTD dans la population générale, indiquant que la vaccination n’était pas associée à une prévalence plus élevée de ces mutations.
Quelles sont les implications ?
La présente étude s’est concentrée sur les infections autodéclarées par le SRAS-CoV-2 parmi les travailleurs de la santé vaccinés ou ceux qui avaient été exposés à un cas connu, et ne reflète pas la véritable prévalence de l’infection. Cependant, les résultats sont très comparables à ceux d’autres études sur les infections post-vaccinales, montrant une efficacité vaccinale de plus de 85 %.
Un point important est que la plupart des cas provenaient d’individus partiellement vaccinés, ce qui montre à quel point il est important de continuer les mesures de protection individuelle jusqu’à ce que la deuxième dose ait également été prise.
Encore une fois, les infections à rupture vaccinale sont plus souvent dues à des COV qui portent une mutation d’échappement, comme B.1.351, B.1.427, B.1.429 et P1, que les lignées dominantes B.1.1.7. La mutation E484K est également associée à l’évasion immunitaire.
Bien qu’une efficacité réduite du vaccin ait été signalée contre le COV B.1.351 jusqu’à sept jours après la deuxième dose de vaccin à ARNm, la prévalence des COV chez les individus vaccinés et non vaccinés semble être comparable à des moments similaires, ce qui indique que les vaccins ne sélectionnent pas pour les variantes d’échappement mutationnelle. L’augmentation de la prévalence des COV est plutôt liée à l’augmentation globale de ces souches.
Fait intéressant, l’étude a montré que la plupart des mutations N501Y ont été trouvées parmi les variantes B1.1.7 et les mutations E484K parmi les variantes B.1.526. Ces deux lignées sont prédominantes dans le nord-est des États-Unis où cette étude a été réalisée. Parmi le polymorphisme N501Y, tous ont été trouvés parmi des individus complètement vaccinés, la moitié d’entre eux renvoyant des valeurs seuil de cycle si élevées qu’il est impossible de séquencer les isolats.
Les résultats de notre étude sont préliminaires mais soulignent l’importance d’une vaccination complète contre les variantes circulantes, y compris les COV, et la nécessité de poursuivre la surveillance génomique du SRAS-CoV-2 à mesure que la couverture vaccinale s’étend, que l’agent pathogène évolue et que l’immunité diminue.. «
*Avis important
medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, orienter la pratique clinique/le comportement lié à la santé, ou traités comme des informations établies.
