La riche diversité génétique et l’histoire évolutive des primates – le groupe qui comprend les singes, les grands singes, les lémuriens et les humains nous-mêmes – ont été révélées dans leur intégralité pour la première fois dans un nouveau document de recherche publié aujourd’hui. Et les résultats nous aideront à mieux comprendre les maladies génétiques, la santé humaine, notre évolution et même les mutations qui font de nous des humains uniques.
Des universitaires du monde entier, dont l’Université de Salford, ont séquencé les génomes de plus de 200 espèces de primates, soit près de la moitié du total actuel, pour créer le tout premier catalogue mondial de la diversité génétique des primates. Paru aujourd’hui dans la revue Science, les nouvelles données ouvriront une nouvelle ère dans la recherche sur les primates. Alors que les recherches génétiques précédentes sur les primates se sont principalement concentrées sur des parties relativement petites du génome, telles que des gènes spécifiques, cette étude est la première à publier un échantillon diversifié de génomes entiers à travers l’arbre généalogique des primates. À titre de comparaison, si les gènes sont des paragraphes et les chromosomes sont des chapitres, le génome entier est le livre entier qui comprend tout l’ADN d’un organisme.
Travaillant avec 75 collègues en Espagne, en Allemagne, aux États-Unis, au Brésil, parmi 20 autres pays, l’équipe de Salford a fourni 205 échantillons totalisant 77 espèces, soit plus de 30% des espèces analysées dans la nouvelle étude, à partir de leur grande collection génétique de primates. , unique en son genre en Europe. L’équipe de Salford a également utilisé les informations des archives fossiles en combinaison avec les séquences du génome pour produire un nouvel arbre généalogique des meilleurs primates à ce jour. Les résultats ont créé une image précise de la façon dont toutes les différentes branches, y compris les humains, sont liées les unes aux autres, et quand ces branches se séparent les unes des autres.
Le professeur Jean Boubli, titulaire de la chaire d’écologie tropicale et de conservation à l’Université de Salford, l’un des auteurs de l’article et l’un des principaux chercheurs du Primate Conservation Sequencing Consortium (PCSC) qui a dirigé cette recherche, a déclaré : « Cela change vraiment la donne dans l’étude de nombreux aspects de l’évolution des primates. Et cela touche à la conservation. Beaucoup de ces espèces sont menacées et les résultats ici pourraient contribuer aux efforts de conservation. C’est une collaboration fantastique qui va ouvrir de nombreuses portes à la recherche future.
Cette étude montre la puissance des génomes entiers pour comprendre la diversité des primates et comment les primates ont évolué au fil du temps. Nous avons maintenant un arbre généalogique de primates de haute qualité, utilisant de loin le plus grand ensemble de données jamais publié. Elle montre comment les primates se sont diversifiés au cours des 60 derniers millions d’années, depuis leur origine quelques millions d’années après l’extinction des dinosaures jusqu’à nos jours. Pour la première fois, nous disposons d’une échelle de temps vraiment robuste pour ces événements évolutifs, et nous pouvons maintenant commencer à essayer d’identifier ce qui pourrait les avoir causés.
Dr Robin Beck, lecteur en biologie, Université de Salford, expert en fossiles et en phylogénétique et co-auteur de l’article.
Le Dr Dorien de Vries est une chercheuse postdoctorale à l’Université de Salford qui a utilisé son expertise dans les archives fossiles de primates pour identifier les fossiles qui pourraient être utilisés pour aider à calculer l’échelle de temps du nouvel arbre généalogique des primates. Dit-elle: « Connaître la chronologie de l’évolution des primates fournit un excellent cadre pour de nombreux types de recherches futures. Par exemple, ce n’est qu’alors que vous pourrez calculer et comparer les taux de mutation entre différents groupes de primates (comme nous l’avons fait dans l’article), ce qui a des implications importantes pour les taux d’évolution, et quelles sont les différences entre les petits et les grands primates, parmi de nombreuses autres questions.
La Dre Mareike Janiak, une ancienne chercheuse postdoctorale de Salford maintenant au Centre canadien de génomique computationnelle, a combiné ces données fossiles avec les données génomiques pour calculer quand différents groupes de primates se sont développés, une analyse qui n’était possible qu’en utilisant un grand supercalculateur. En raison de l’immense taille des données impliquées, même sur un supercalculateur, l’analyse a nécessité un mois complet.
Il s’agissait d’un vaste effort de collaboration qui a été rendu possible en combinant l’expertise de chercheurs de nombreux horizons, y compris des biologistes de terrain, des experts en fossiles et des informaticiens. Il y a quelques années à peine, seuls une vingtaine de génomes de primates étaient disponibles, c’est donc un énorme bond en avant pour le domaine.
Dr Mareike Janiak.
Le professeur Ian Goodhead, doyen associé pour la recherche et l’innovation à l’École des sciences, de l’ingénierie et de l’environnement et chercheur en génomique, a déclaré : « Cette étude montre à quel point il est efficace de rassembler plusieurs disciplines pour aider à répondre à certaines des questions scientifiques les plus difficiles. L’Université de Salford a investi près d’un million de livres sterling dans la biologie computationnelle et moléculaire au cours des dernières années, et c’est formidable de voir que cela rapporte tant aux chercheurs qu’aux étudiants ; des études comme celle-ci mettent en évidence la façon dont les futurs biologistes travailleront. Au cours des prochaines années, nous espérons étendre ce travail pour apporter de nouvelles contributions aux efforts de conservation en Amazonie, et plus largement.
