Le coronavirus à l’origine du COVID-19, le SRAS-CoV-2, s’est probablement propagé pour la première fois aux humains à partir d’animaux lors de deux événements de transmission distincts sur un marché de Wuhan fin novembre 2019, selon une paire d’analyses par des équipes internationales co-dirigées par Scripps Research scientifiques.
Les analyses, publiées le 26 juillet 2022 dans La science et publiés dans des versions antérieures pré-imprimées en février, étaient principalement basés sur les emplacements des cas et des échantillons environnementaux, ainsi que sur les séquences génomiques des isolats du SRAS-CoV-2, dès les premières semaines de la pandémie en Chine.
Les événements en amont sont encore obscurs, mais nos analyses des preuves disponibles suggèrent clairement que la pandémie a résulté d’infections humaines initiales d’animaux à vendre sur le marché de gros des fruits de mer de Huanan fin novembre 2019. »
Kristian Andersen, PhD, co-auteur principal des deux études et professeur au département d’immunologie et de microbiologie de Scripps Research
Dans la première analyse, co-senior rédigée par Michael Worobey, DPhil, de l’Université de l’Arizona, les chercheurs ont examiné le schéma géographique des cas de COVID-19 au cours du premier mois de l’épidémie, en décembre 2019.
« Dans une ville couvrant plus de 3 000 miles carrés, la zone avec la plus forte probabilité de contenir la maison de quelqu’un qui a eu l’un des premiers cas de COVID-19 au monde était une zone de quelques pâtés de maisons, avec le marché de Huanan en plein tamponnez à l’intérieur », explique Worobey.
Ils ont pu déterminer les emplacements de 155 des 174 cas de COVID-19 identifiés par l’Organisation mondiale de la santé pour ce mois. Leur analyse statistique a montré que ces cas se regroupaient étroitement autour du marché de Huanan, alors que les cas ultérieurs étaient largement dispersés dans tout Wuhan, une mégapole tentaculaire de 11 millions d’habitants. Une découverte frappante était que les premiers patients COVID-19 sans antécédents d’avoir récemment visité le marché résidaient beaucoup plus près de celui-ci, en moyenne, que les patients qui avaient visité le marché, montrant l’association étroite entre les premiers cas et le marché.
Les chercheurs ont également déterminé que des mammifères désormais connus pour être infectables par le SRAS-CoV-2, notamment des renards roux, des blaireaux de porc et des chiens viverrins, ont été vendus vivants sur le marché de Huanan dans les semaines précédant les premiers cas de COVID-19 enregistrés. Les scientifiques ont développé une carte détaillée du marché et ont montré que les échantillons positifs au SRAS-CoV-2 signalés par des chercheurs chinois au début de 2020 montraient une association claire avec la partie occidentale du marché, où des animaux vivants ou fraîchement abattus étaient vendus à la fin 2019.
« Il y a eu un large accord sur le fait que le marché de Huanan était un endroit où la propagation précoce du virus a été amplifiée, mais ce que nos données montrent, c’est que le marché était également l’épicentre précoce et très probablement le lieu d’émergence », déclare le co-auteur Joshua Levy, PhD, chercheur postdoctoral au laboratoire Andersen.
La deuxième étude, une analyse des données génomiques du SRAS-CoV-2 des premiers cas, a été codirigée par Andersen et Worobey, avec Jonathan Pekar et Joel Wertheim, PhD, de l’UC San Diego, et Marc Suchard, MD, PhD, de l’UCLA.
Ici, les chercheurs ont combiné la modélisation épidémique avec des analyses de l’évolution précoce du virus basées sur les premiers génomes échantillonnés. Ils ont déterminé que la pandémie, qui impliquait initialement deux lignées subtilement distinctes de SRAS-CoV-2, provenait probablement d’au moins deux infections distinctes d’humains à partir d’animaux sur le marché de Huanan fin novembre 2019. Les analyses ont également suggéré que, dans cette période , il y avait de nombreuses autres transmissions d’animal à humain sur le marché qui ne se sont néanmoins pas manifestées dans les cas enregistrés de COVID-19.
Selon les auteurs, les deux études montrent collectivement que le SRAS-CoV-2, comme le SRAS-CoV-1 avant lui, est né de sauts d’animaux à humains ; dans ce cas, d’animaux vendus sur un marché spécifique à Wuhan, probablement suite à la transmission à ces animaux par des chauves-souris porteuses de coronavirus dans la nature ou dans des fermes en Chine.
« Pour mieux comprendre l’origine du SRAS-CoV-2, nous devons mieux comprendre les événements en amont du marché de Huanan, ce qui nécessitera une collaboration et une coopération internationales étroites », a déclaré Andersen.
Le financement de la recherche a été fourni principalement par les National Institutes of Health et la National Science Foundation.
