En quantifiant la probabilité d’infection par le coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2) en fonction de sa charge virale après un contact à haut risque, des chercheurs de France, d’Espagne et du Royaume-Uni montrent une corrélation substantielle de transmission augmentation de la probabilité et de la charge virale dans les variantes préoccupantes. Leur article est publié dans la prestigieuse revue eLife.
Même si les aérosols et les gouttelettes respiratoires ont été démontrés assez tôt comme principales voies de transmission du SRAS-CoV-2 – un agent causal de la maladie à coronavirus en cours (COVID-19) – la charge virale en tant que moteur de l’infectiosité a été établie, mais donc loin d’être quantifié.
Compte tenu du fait que les contacts à haut risque sont développés avant que le cas index ne soit diagnostiqué, il n’est pas étonnant que nous manquions d’informations sur les niveaux de charge virale au moment du contact. De plus, étant donné que les variantes préoccupantes du SRAS-CoV-2 sont associées à des charges virales plus importantes, sa contribution exacte devient une question d’intérêt primordiale.
De plus, comme les vaccins et les antiviraux ont le potentiel de réduire considérablement la quantité d’excrétion virale, il est essentiel de comprendre comment ils peuvent réellement contribuer à réduire la transmission virale. Tout cela signifie que nous devons approfondir les données disponibles pour tirer des conclusions fiables.
Dans cette nouvelle étude, dirigée par le Dr Aurélien Marc de l’Université de Paris en France, l’impact de la charge virale sur l’infectiosité a été quantifié à l’aide d’une grande quantité de données obtenues dans des cohortes prospectives de cas index et contacts.
Modèles statistiques de transmission virale
Aux fins de cette étude, ce groupe de recherche a utilisé les données d’un essai clinique sur l’efficacité de l’hydroxychloroquine qui a été mené en Espagne entre le 17 mars et le 28 avril 2020. En outre, une modélisation statistique détaillée a été poursuivie.
Ajustements individuels de la dynamique virale dans les cas index et apparition de contacts à haut risque. Les points noirs représentent la charge virale mesurée. Les carrés indiquent les contacts à haut risque documentés, les carrés vides représentant les contacts sans transmission et les carrés rouges représentant les contacts avec une infection ultérieure. Résultats obtenus dans les 41 cas index ayant trois mesures de charge virale.
Le rôle de la charge virale sur la probabilité de propagation a été étudié en détail en réanalysant de nombreux points de données différents à l’aide d’un modèle intra-hôte de la dynamique virale. En bref, les chercheurs ont reconstitué les niveaux de charge virale des cas index au moment du contact à haut risque afin d’en déduire sa relation avec la probabilité de transmission du SRAS-CoV-2.
En outre, ils ont utilisé le modèle pour prédire comment les changements dans les niveaux de charge virale ont un impact réel sur la probabilité de transmission – à la fois lorsqu’ils sont confrontés à une variante préoccupante ou lorsqu’un individu a reçu un vaccin pour conférer au moins une protection partielle contre les virus. réplication.
Prédictions basées sur des modèles de la dynamique de la charge virale et de l’infectiosité au fil du temps. Intervalle de prédiction de la charge virale (noir) et de la probabilité de transmission dans le temps après un contact à haut risque obtenu à partir de 1000 simulations du modèle. La zone ombrée représente la plage inter-quantile à 90 %. Contacts familiaux (à gauche). Contacts non domestiques (à droite).
Charges virales et propagation ultérieure du SRAS-CoV-2
L’étude a montré que l’effet de la charge virale était beaucoup plus important chez les contacts familiaux que chez les contacts non familiaux, avec une probabilité de transmission spécifique qui augmentait jusqu’à 48% lorsque la charge virale dépassait 10dix exemplaires par millilitre. De plus, la probabilité de transmission culminait au début des symptômes, bien qu’il y ait eu des variations individuelles significatives.
Comme nous savons déjà que la charge virale est multipliée par 2 à 8 avec les variantes préoccupantes, et si nous supposons qu’il n’y a aucun changement dans le schéma de contacts entre ces variantes, le modèle de cette étude prédit que des niveaux de charge virale plus élevés pourraient augmenter la probabilité de transmission. de 24 % à 58 % chez les contacts familiaux, ainsi que de 15 % à 39 % chez les contacts non familiaux.
Bien sûr, la déclaration des contacts à haut risque peut être sujette à plusieurs biais, et les contacts familiaux peuvent ne pas être uniques et peuvent se produire plusieurs fois, ce qui devra être abordé par des études à l’avenir (ainsi que l’utilisation de visages masques, ce qui n’a pas été pris en compte ici).
Prédire les schémas d’infection
En conclusion, cette étude quantifie la probabilité d’infection en fonction du niveau de charge virale suite à un contact à haut risque. Cette relation est prédictive des changements de paradigme du virus, qui sont le résultat de nouvelles variantes émergentes, ainsi que du déploiement de la vaccination.
« Le déploiement de la vaccination devrait conférer un niveau élevé de protection, en partie en raison d’un transport de virus plus faible chez les individus infectés », ont déclaré les auteurs de l’étude dans ce eLife papier. « Cependant, l’ampleur exacte de cette diminution est difficile à quantifier et dépend de la conception de l’étude qui reposait sur des tests systématiques ou n’incluait que des individus symptomatiques », ajoutent-ils.
Dans tous les cas, ces résultats peuvent intéresser les modélisateurs et les décideurs des maladies infectieuses. Pourtant, il existe une incertitude sur les prédictions des trajectoires individuelles, ce qui est inhérent à la nature du SARS-CoV-2 ; par conséquent, des études de modélisation supplémentaires sur le sujet seront nécessaires pour augmenter le potentiel pronostique de ces types d’approches.
