La chimiothérapie cherche à détruire les cellules tumorales et est un traitement standard du cancer depuis des décennies. Cependant, cela ne fonctionne pas toujours. « La chimiothérapie est bonne pour certains patients, mais elle n'est pas efficace dans tous les cas. Entre 20 et 50% des patients cancéreux ne répondent pas à ces médicaments », explique Geoff MacIntyre, chef du groupe d'oncologie informatique au National Cancer Research Center espagnol (CNIO). « Ces patients subiront les effets secondaires causés par la chimiothérapie sans aucun avantage clinique. »
L'équipe dirigée par MacIntyre, en collaboration avec la startup basée à l'Université de Cambridge et Cambridge L'entreprise Tailor Bio, a développé une méthode qui prédit quels patients ne répondront pas aux médicaments de chimiothérapie couramment utilisés, tels que les chimiothérapies à base de platine, de taxane et d'anthracycline.
« Nous avons trouvé un moyen de transformer les chimiothérapies conventionnelles en médicaments de précision », explique MacIntyre. L'œuvre est publiée dans Génétique de la natureavec les chercheurs du CNIO Joe Sneath Thompson et Barbara Hernando, et Tadrer Bio's Laura Madrid en tant que premiers auteurs.
« Surtout, notre étude présente des biomarqueurs pour la stratification des patients pour plusieurs médicaments qui n'ont pas été développés à l'origine comme thérapies ciblées », disent les auteurs en Génétique de la nature.
Notre test génomique quantifie les biomarqueurs pour l'utilisation ciblée de trois chimiothérapies. Ce test peut être appliqué à de nombreux types de cancer différents et, par conséquent, nos résultats pourraient bénéficier aux centaines de milliers de patients chaque année. «
Joe Sneath Thompson, chercheur CNIO
Reconnaître chaque tumeur par des changements de chromosome
La méthode développée par l'équipe CNIO est basée sur le fait que de nombreuses tumeurs accumulent des changements dans le nombre de chromosomes dans leurs cellules. Une conséquence, explique Laura Madrid, est que «les cellules cancéreuses n'ont pas la bonne quantité de matériel génétique».
Ces changements chromosomiques varient dans chaque tumeur, mais ensemble, ils forment des modèles caractéristiques, ou Signatures de l'instabilité chromosomique. L'étude désormais publiée développe des biomarqueurs en fonction de ces signatures de l'instabilité chromosomique.
Ces biomarqueurs nous permettent de « détecter à l'avance que les patients résistent à ces traitements afin qu'ils puissent éviter les effets secondaires inutiles », explique MacIntyre.
L'utilisation précise des avantages de la chimiothérapie non seulement les patients, mais aussi le système de santé en évitant le coût du traitement inutile et des complications liées aux effets secondaires du traitement.
Validé avec des données de plus de 800 patients
Une fois les biomarqueurs développés, l'équipe CNIO les a testés de manière innovante: avec un essai simuléc'est-à-dire avec les données existantes des patients. Les auteurs se sont appuyés sur une grande quantité de données de patients atteints de cancer qui avaient déjà été traités avec les chimiothérapies.
Plus précisément, le groupe a travaillé avec des données de 840 patients atteints de différents types de cancer. « Nous avons utilisé des données de patientes atteintes d'un cancer du sein, de la prostate, de l'ovaire et du sarcome », explique Hernando. « Nous avons pu démontrer l'efficacité de nos biomarqueurs de résistance pour trois types de chimiothérapie: composés platine, taxanes et anthracyclines ». Après le succès de cette étude, les travaux ont déjà commencé à développer d'autres tests de thérapies ciblées pour voir à quel point la technologie pourrait être largement appliquée.
Cette étude a été rendue possible grâce au soutien du Carlos III Health Institute, du ministère des Sciences et de l'Innovation, Cancer Research UK et de la Fondation « La Caixa ».
Un financement supplémentaire pour apporter cette technologie à la clinique
Pour apporter ces connaissances à la clinique, la technologie doit désormais être validée en milieu hospitalier.
Le groupe a déjà reçu un financement à cet effet du ministère de la transformation numérique et de la fonction publique. Ce projet, en collaboration avec Tailor Bio et le 12 Hospital universitaire d'Ocbrebre (H12O), évaluera l'intégration de la technologie dans le système de santé en analysant les échantillons de patients existants. Cela démontrera que la technologie est prête à être utilisée dans les essais cliniques d'ici 2026.
« Prendre un biomarqueur de la phase de découverte à la clinique est rarement facile. Mais avec la persistance et la collaboration, il est possible de transformer un projet de recherche en une technologie vraiment prometteuse », explique MacIntyre.
Le financement de cette nouvelle étude de validation a été fourni par l'Union européenne par l'intermédiaire de l'installation de reprise et de résilience, de NextGenerationUU Funds et du Plan de reprise, de transformation et de résilience (Composant 16, Reform 1), ministère de la transformation numérique et de la fonction publique.
