La population indienne est génétiquement l'une des plus diverses au monde, mais elle reste sous-représentée dans les ensembles de données mondiaux. Dans une étude publiant dans la revue cellulaire Celluleles chercheurs ont analysé les données génomiques de plus de 2 700 personnes de toute l'Inde, capturant la variation génétique de la plupart des régions géographiques, des groupes linguistiques et des communautés. Ils ont constaté que la plupart des ancêtres du peuple indien moderne remontent aux agriculteurs iraniens néolithiques, aux pasteurs en steppe eurasiens et aux chasseurs-cueilleurs d'Asie du Sud.
Cette étude comble un écart critique et remodèle notre compréhension de la façon dont les migrations anciennes, le mélange archaïque et les structures sociales ont façonné la variation génétique indienne. L'étude de ces sous-populations nous permet d'explorer comment l'ascendance, la géographie, la langue et les pratiques sociales anciennes interagissaient pour façonner la variation génétique. Nous espérons que notre étude fournira une compréhension plus approfondie de l'origine de la variation fonctionnelle et éclairera les stratégies de santé de précision en Inde. »
Priya Moorjani, auteur principal, Université de Californie, Berkeley
Les chercheurs ont utilisé des données de l'étude du vieillissement longitudinal en Inde, une évaluation diagnostique de la démence (LASI-DAD) et généré des séquences du génome entier de 2 762 personnes en Inde, y compris des personnes qui parlaient une gamme de langues différentes. Ils ont utilisé ces données pour reconstruire l'histoire évolutive de l'Inde au cours des 50 000 dernières années à grande échelle, montrant comment l'histoire a un impact sur l'adaptation et la maladie chez les Indiens actuels. Ils ont montré que la plupart des Indiens tirent des ascendances des populations liées à trois groupes ancestraux: les agriculteurs iraniens néolithiques, les pasteurs en steppe eurasiens et les chasseurs-cueilleurs sud-asiatiques.
« En Inde, les variations génétiques et linguistiques vont souvent de pair, façonnées par des migrations et des pratiques sociales anciennes », explique l'auteur principal Elise Kerdoncuff d'UC-Berkeley. « Assurer la variation linguistique entre les personnes dont nous incluons les génomes, ce qui aide à prévenir les interprétations biaisées des modèles génétiques et à découvrir la variation fonctionnelle liée à toutes les grandes communautés pour éclairer à la fois la recherche évolutive et les enquêtes biomédicales futures. »
L'un des objectifs clés de l'étude était de comprendre comment les antécédents de la population complexe de l'Inde ont façonné la variation génétique liée à la maladie. En Inde, de nombreuses sous-populations présentent un risque accru de troubles génétiques récessifs, ce qui est dû en grande partie à l'isolement historique et au mariage au sein des communautés.
Un autre axé était sur l'impact de la sensibilité archaïque à l'ascendance des hominines, spécifiquement à la sensibilité à la maladie néandertale et de Denisovan. Par exemple, certains des gènes hérités de ces groupes archaïques ont un impact sur les fonctions immunitaires.
« L'une des découvertes les plus frappantes et les plus inattendues était que l'Inde abrite la plus grande variation de l'ascendance néandertalienne chez les non-africains », a déclaré l'auteur co-dirigé Laurits Skov, également d'UC-Berkeley. « Cela nous a permis de reconstruire environ 50% du génome néandertalien et 20% du génome de Denisovan des individus indiens, plus que toute autre étude antérieure d'ascendance archaïque. »
Une contrainte de ce travail était la disponibilité limitée de l'ADN ancien d'Asie du Sud et du Centre-Sud. À mesure que des génomes plus anciens deviennent disponibles, les chercheurs pourront affiner ce travail et identifier la source de l'agriculteur iranien néolithique et d'ascendance liée au pastoraliste des steppe chez les Indiens contemporains. Ils prévoient également de continuer à étudier la cohorte LASI-DAD pour permettre un examen plus approfondi de la source des adaptations génétiques et des variantes de maladie à travers l'Inde.
