Les virus évoluent sous une pression accrue, et de nouvelles recherches de la Rockefeller University et de la University of Massachusetts Medical School aux États-Unis suggèrent que nos anticorps peuvent également l’être.
L’équipe a découvert que des anticorps ciblant le domaine de liaison au récepteur (RBD) du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SARS-CoV-2), l’agent causal de la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19), peuvent muter pour avoir plus de capacité de neutralisation et plus résilience à la mutation virale. La diversité accrue des anticorps pourrait protéger davantage contre les nouveaux variants de coronavirus circulant dans le monde et les menaces futures pendant la pandémie.
Le nombre de cas et de décès dans le monde continue d’augmenter. À ce jour, plus de 117,5 millions de cas ont été confirmés dans le monde, entraînant plus de 2,6 millions de décès.
Les chercheurs écrivent:
La maturation des anticorps peut être particulièrement importante car le SRAS-CoV-2 se diversifie et s’adapte à la gamme d’anticorps humains chez les individus vaccinés et précédemment infectés. De plus, un ensemble diversifié d’anticorps largement neutralisants provoqués par les pics du SRAS-CoV-2 qui présentent une certaine activité contre des sarbécovirus divergents peut atténuer la menace posée par ce groupe d’agents de menace pandémique.
L’étude «Développement de la puissance, de l’ampleur et de la résilience aux mutations d’échappement virales dans les anticorps neutralisant le SRAS-CoV-2» est disponible en pré-impression sur le bioRxiv* serveur, tandis que l’article est soumis à un examen par les pairs.
Les mutations d’anticorps sont bénéfiques contre le SRAS-CoV-2
Les chercheurs ont étudié les caractéristiques de six lignées d’anticorps et l’effet des mutations somatiques. Ils ont recueilli des échantillons de patients allant d’une infection au COVID-19 légère à modérément sévère à 1,3 mois ou 6,2 mois. Pour tester le pouvoir neutralisant, les chercheurs ont exposé les anticorps aux pseudotypes du VIH-1 SRAS-CoV-2 avec des mutations uniques qui ont été associées pour aider le coronavirus à échapper au système immunitaire.
Nous montrons que les mutations somatiques acquises dans les mois suivant l’infection confèrent à certains anticorps spécifiques du SRAS CoV-2 RBD une plus grande puissance et une plus grande ampleur de neutralisation. Plus important encore, l’acquisition de mutations somatiques confère à certains anticorps une résistance aux mutations virales qui permettraient autrement au SRAS-CoV-2 d’échapper à leurs effets neutralisants.
Les mutations des anticorps neutralisants ciblant le SRAS-CoV-2 comprenaient une plus grande puissance, qui a été observée dans les anticorps isolés à 6,2 mois que ceux à 1,3 mois.
Un avantage de la diversité dans les cellules de mémoire des cellules B est la capacité de détecter les envahisseurs étrangers qui sont étroitement liés à d’autres agents pathogènes qu’ils ont rencontrés. Les chercheurs ont étudié cela dans des anticorps mutants, car cela pourrait aider à reconnaître de nouveaux variants de coronavirus qui diffèrent par quelques mutations.
Les chercheurs ont constaté que des changements mutationnels de la résistance ont été observés dans 6,2 mois d’anticorps par rapport aux anticorps trouvés après 1,3 mois. Cela comprenait la limitation des chances de fuite virale et la résilience de l’activité de neutralisation.
Le pouvoir neutralisant est resté dans les anticorps mûris tels que C549, C099 et C080 lorsqu’ils sont exposés à la protéine de pointe RBD et lorsqu’ils sont légèrement modifiés par des substitutions. Les anticorps matures de la lignée C098 / 99 ont également montré une résistance et une capacité de neutralisation vis-à-vis des RBG avec deux mutations ou plus.
Structures d’anticorps anti-RBD 1,3 m de classe 2 et 3. (A) densité cryo-EM de 3,4 Â pour le complexe C548-S de classe 2 (seuls les domaines VH-VL de C548 sont représentés). (B) Vue rapprochée de l’épitope quaternaire impliquant des interactions de pontage entre les RBD adjacents. (C) boucles CDR mappées sur des surfaces RBD adjacentes. (D) Epitope de C548 mis en évidence sur les RBD adjacents. (E) Paratope C548 mappé sur les RBD adjacents. (F) Interactions entre RBD et C548 avec un sous-ensemble de résidus en interaction mis en évidence comme des bâtons. Les liaisons hydrogène potentielles sont représentées par des lignes pointillées. (G) Densité cryo-EM de 3,4 Â pour le complexe C032-S de classe 3 (seuls les domaines VH-VL de C032 sont représentés). (H) Superposition de la partie C032 – RBD de la structure complexe C032-S avec une structure ACE2-RBD (de PDB 6VW1). (I) Epitope de C032 mis en évidence sur la surface RBD. (J) Paratope C032 mappé sur la surface RBD. (K) Interactions entre les boucles RBD et C032 CDRH1 et CDRH3, avec un sous-ensemble de résidus en interaction mis en évidence comme des bâtons. Les liaisons hydrogène potentielles sont représentées par des lignes pointillées.
La mutation E484K a réduit le pouvoir neutralisant des anticorps matures
Compte tenu de la prévalence croissante de plusieurs variantes préoccupantes, les chercheurs ont examiné les mutations somatiques affectées sur les anticorps. Trois mutations trouvées dans des variantes préoccupantes comprennent K417N, N501Y et E484K. La mutation E484K est surtout remarquable pour sa résistance aux anticorps neutralisants provenant d’une infection naturelle et de la vaccination. Par conséquent, les chercheurs ont également exposé des anticorps à la substitution E484K par elle-même.
La substitution E484K, sape généralement l’activité des anticorps de classe 2, mais les substitutions trouvées dans des variantes préoccupantes n’ont pas eu d’impact sur l’activité des anticorps matures de classe 1 et de classe 3 testés ici », écrivent les chercheurs.
Les chercheurs suggèrent que d’autres anticorps peuvent avoir provoqué la pression sélective pour muter K417, E484 et N501 dans la RBD de la protéine de pointe.
La présence de la mutation E484 a diminué la capacité de neutralisation de plusieurs lignées d’anticorps tels que C051 et C052. Les chercheurs notent que l’ajout de mutations supplémentaires peut ne pas aider à arrêter la mutation. Cependant, l’anticorps C549 avait en partie un pouvoir neutralisant.
La plus grande puissance de neutralisation, la résistance à la mutation virale et l’étendue des anticorps spécifiques du SRAS CoV-2 RBD qui ont subi des degrés plus élevés de mutation somatique suggèrent que les schémas de vaccination qui provoquent des niveaux plus élevés de mutation et de diversification des anticorps sont souhaitables », a conclu l’équipe de recherche .
*Avis important
bioRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, orienter la pratique clinique / les comportements liés à la santé ou être traités comme des informations établies.
