Un outil de surveillance du génome facilite la détection des variantes de COVID-19

Des chercheurs suédois ont développé COVseq, un traqueur du génome SARS-CoV-2 qui peut être produit à grande échelle pour un petit coût.

Variantes du SRAS-CoV-2. Crédit d’image : Lightspring/Shutterstock.com

Une course contre la montre pour faire face à l’évolution du SARS-CoV-2

Des milliers de génomes viraux ont été identifiés et séquencés pour reconstituer l’évolution et la propagation mondiale du coronavirus. Ces informations sont essentielles pour identifier les variantes les plus contagieuses, pathogènes ou résistantes aux vaccins et traitements existants.

Les retombées potentielles du SRAS-CoV-2 pourraient forcer les pays à reprendre le verrouillage et rendre les efforts de vaccination actuels inefficaces. Cependant, les chercheurs tentent déjà de résoudre ces problèmes en développant plusieurs approches.

Premièrement, les vaccins se sont de plus en plus avérés efficaces contre la plupart des variantes actuelles, ce qui pourrait limiter la propagation des variantes actuelles et émergentes. Deuxièmement, des politiques ont été mises en œuvre pour identifier et retracer la source et la propagation des variantes afin de contenir la propagation. Enfin, les chercheurs ont également commencé à développer des outils génomiques pour faciliter le suivi des variants.

Le premier a fait l’objet d’une étude publiée dans la revue Nature Communications par des scientifiques du laboratoire Bienko-Crosetto de l’Institut Karolinska et du Laboratoire Science for Life (SciLifeLabthe en Suède. L’équipe a réussi à développer une technologie pour une surveillance rentable de la propagation mondiale des nouvelles variantes du SARS-CoV-2.

La nouvelle méthode, nommée COVseq, peut surveiller le génome viral à grande échelle à faible coût grâce à des copies PCR multiplex échantillonnées qui sont regroupées et téléchargées dans la même bibliothèque de séquençage en ligne.

« En effectuant des réactions dans de très petits volumes et en rassemblant des centaines d’échantillons dans la même bibliothèque de séquençage, nous pouvons séquencer potentiellement des milliers de génomes viraux par semaine à un coût inférieur à 15 dollars par échantillon », décrit Ning Zhang, chercheur postdoctoral au Département de biochimie médicale et de biophysique, Institut Karolinska et co-premier auteur de la présente étude.

Peu coûteux, précis et prêt pour une mise en œuvre à grande échelle

L’analyse comparant 29 échantillons positifs pour le SRAS-CoV-2 a révélé que COVseq avait une capacité égale à celle des méthodes standard pour identifier les petites modifications du génome, mais un examen plus approfondi de 245 autres échantillons a montré que COVseq avait une capacité particulièrement élevée à détecter les variantes virales émergentes préoccupantes.

Cela démontre l’efficacité de COVseq, qui est encore plus bénéfique grâce à la rentabilité par rapport aux autres méthodes de détection actuelles. En effet, les PCR multiplex sont peu coûteux et ne nécessitent pas de formation spécialisée, ce qui les rend largement accessibles aux travailleurs de première ligne du monde entier.

Notre méthode peu coûteuse pourrait être immédiatement utilisée pour la surveillance génomique du SRAS-CoV-2 par les agences de santé publique et pourrait également être facilement adaptée à d’autres virus à ARN, tels que les virus de la grippe et de la dengue »,

Nicola Crosetto, Département de biochimie médicale et de biophysique, Institut Karolinska

Un traqueur génomique aussi efficace et prometteur peut s’avérer particulièrement utile à mesure que les taux de vaccination augmentent dans le monde. Plusieurs pays dont l’Inde et le Royaume-Uni subissent déjà les effets de variantes nocives.

Pourtant, ce schéma n’a rien de nouveau, car il a été prouvé que plusieurs variantes étaient déjà présentes au début de la pandémie en Chine. Les chercheurs sont donc bien conscients de la capacité du SARS-CoV-2 à muter, et des outils peu coûteux et largement disponibles seront les plus efficaces pour identifier, suivre et traiter les variantes émergentes.