La pandémie de COVID-19 a touché presque tous les pays du monde et l'Inde ne fait pas exception. Les chercheurs ont découvert que le coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2) a subi plusieurs mutations avec le temps.
Le virus a été détecté pour la première fois à Wuhan, dans la province chinoise du Hubei, en décembre 2019. Drs. Nidhan Biswas et Partha Majumder de l'Institut national de génomique biomédicale de Kalyani, au Bengale occidental, en Inde, sont prêts avec leurs résultats sur la version mutée du virus.
Les résultats seront bientôt publiés dans le prochain numéro COVID-19 d'un journal médical à comité de lecture publié par le Conseil indien pour la recherche médicale (ICMR) appelé Journal indien de recherche médicale.
Particules du virus MERS Micrographie électronique à balayage colorisée des particules du virus du syndrome respiratoire du Moyen-Orient (jaune) attachées à la surface d'une cellule VERO E6 infectée (bleu). Image capturée et rehaussée de couleurs au NIAID Integrated Research Facility à Fort Detrick, Maryland. Crédits: NIAID
Sommaire
Sur quoi portait cette nouvelle étude?
Depuis sa première détection en décembre 2019, le nouveau coronavirus ou le virus du SRAS CoV-2 a subi des mutations et compte actuellement 10 souches différentes.
L'une de ces souches est A2a. Cette souche du virus a infecté le plus grand nombre de personnes dans le monde.
Cette souche dominante, selon les chercheurs, est extrêmement virulente et peut infecter des cellules pulmonaires humaines en grand nombre et submerger rapidement le patient, en particulier ceux présentant des comorbidités sous-jacentes ou d'autres maladies telles que l'hypertension artérielle, le diabète, les maladies cardiaques, les maladies respiratoires et les maladies rénales. maladie.
Qu'ont fait les chercheurs?
Les chercheurs ont comparé ce nouveau virus à son prédécesseur, le virus du SRAS, qui a conduit à l'épidémie de SRAS en 2003. Cette épidémie a tué plus de 800 et infecté 8 000 personnes et était également tout à fait capable d'infecter les poumons.
La souche A2a du SRAS CoV-2 est cependant plus virulente selon les chercheurs. Ils ont expliqué que le taux de transmission de ce nouveau virus est une indication de la vitesse à laquelle cette nouvelle souche peut passer d'un individu à un autre.
Pour cette étude, l'équipe a examiné les données partagées du séquençage de l'ARN de différentes nations. Ces données sont disponibles dans la base de données publique, GISAID librement partagée par des chercheurs du monde entier au profit d'autres chercheurs.
Ils ont collecté 3636 séquences d'ARN de nouveaux coronavirus de 55 pays entre décembre 2019 et 6 avril 2020.
Qu'ont-ils trouvé?
Les chercheurs pensent que leurs travaux aideront au développement d'un vaccin efficace contre cette souche du virus. La souche du virus de Wuhan, ils ont écrit était le type « O » du virus. Cette nouvelle souche A2a est l'une des dix mutations issues de cette souche originale.
À partir des échantillons de l'infection, l'équipe a examiné des souches de 55 pays et de l'Inde. Dans 55 pays, ils ont examiné 3 636 séquences d'ARN de coronavirus. À partir de ceux-ci, ils ont noté qu'il y avait 50,8% ou 1 848 échantillons contenant la souche A2a. 580 séquences montraient la souche O et 505 séquences montraient la souche B1. Sur les 35 séquences d'ARN indiennes vérifiées, 47,5% ou 16 étaient des souches A2a et 13, 5 et 1 étaient A3, O et B, respectivement.
Majumder a déclaré dans sa déclaration: «Il (A2a) est devenu le type dominant de SRAS-CoV2.» Majumder, professeur et directeur fondateur du NIBMG, a déclaré: «Le coronavirus peut être classé en plusieurs types — O, A2, A2a, A3, B, B1, etc. Actuellement, il existe 11 types, dont le type O, qui est le «type ancestral» originaire de Wuhan. »
En Italie, 80% des échantillons contiennent des souches A2a, selon des rapports. Il y a une prédominance de ce train dans d'autres pays comme le Royaume-Uni, les États-Unis, l'Espagne, l'Islande, le Congo et le Brésil. Étant donné que la Chine n'a pas soumis de rapport de séquençage après février 2020, les souches chinoises ne sont actuellement pas connues.
Implications
Majumder a expliqué: «Pour vivre, un virus doit se propager en infectant d'autres animaux. Une mutation empêche généralement le virus de se transmettre. » Cependant, une mutation ne rend pas toujours un virus incapable de transmission, comme on l'a vu ici. La souche A2a provenant de la souche O est plus efficace pour infecter les humains. Il a déclaré: «Ces virus mutants augmentent la fréquence (de transmission) et remplacent parfois complètement le type d'origine du virus. C'est exactement ce que fait le SARS-CoV-2. »
Cette nouvelle étude sur les séquences d'ARN révèle également que la souche A2a du virus a modifié sa protéine de pointe. Dans les souches antérieures, la protéine de pointe était la clé de la liaison avec les récepteurs ACE2 sur les cellules hôtes qui permettaient l'entrée du virus dans les cellules pulmonaires. Dans l'A2a, la protéine de pointe est altérée afin qu'elle puisse se lier plus facilement aux récepteurs ACE2 et lui permettre ainsi un accès plus facile aux cellules pulmonaires. Majumder dit que la raison de l'émergence de la pandémie est la capacité d'infection facile de la souche A2a.
Les virus du SRAS-CoV-2 se lient aux récepteurs ACE-2 sur une cellule humaine, le stade initial de l'infection au COVID-19. Crédit d'illustration 3D conceptuelle: Kateryna Kon / Shutterstock
Les auteurs de l'étude conviennent que l'échantillon indien ne comptait que 35 séquences et était petit par rapport aux séquences internationales. Cependant, ils ont encore trouvé environ la moitié des séquences révélant la souche A2a. Ces personnes n'avaient pas non plus d'antécédents de voyage à l'étranger, ont-ils écrit. Ils appellent à de futures études sur plus d'échantillons de l'Inde pour vérifier si la souche A2a est bien dominante ici. Ils ont également déclaré qu'il était nécessaire d'explorer les effets de la génétique et de l'ethnicité dans le schéma d'infection, tout comme l'effet des schémas de déplacement parmi les personnes infectées.
Majumder a déclaré: « Il est inhabituel de voir un seul type parcourir le monde – mais c'est à quoi il ressemble pour le moment. »
