Une équipe de chercheurs des États-Unis et de la Chine a récemment discuté des effets de la nouvelle variante Omicron du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2), de son impact probable sur les thérapies de convalescence actuelles et de l’immunité des individus vaccinés contre cette variante. dans une nouvelle étude publiée sur le bioRxiv* serveur de préimpression.
Étudier: Évasion frappante des anticorps manifestée par la variante Omicron du SRAS-CoV-2. Crédit d’image : Dkoi/Shutterstock.com
Sommaire
Fond
L’émergence de la variante SARS-CoV-2 Omicron (B.1.1.529) a été initialement identifiée en novembre 2021 et a depuis été détectée dans plus de 60 pays. La variante Omicron pourrait devenir dominante dans les prochaines semaines à travers le monde en raison de sa transmissibilité accrue, similaire à ce qui a été observé lors de l’épidémie de variante Delta.
Environ 37 mutations de la protéine de pointe ont été signalées dans la variante Omicron, ce qui soulève des inquiétudes quant à l’efficacité des vaccins actuels contre la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) et à l’utilisation d’anticorps thérapeutiques pour la thérapie de convalescence.
À propos de l’étude
Dans la présente étude, l’équipe a collecté des sérums d’individus infectés par le SRAS-CoV-2 au printemps 2020, ainsi que d’individus vaccinés qui ont reçu l’un des BNT162b2, ARNm-1273, Ad26.COV2.S ou Vaccins ChAdOx1 nCoV-19 pour tester l’activité de neutralisation de ces échantillons contre les pseudovirus de type sauvage et B.1.1.529. Les chercheurs ont analysé l’activité des anticorps monoclonaux (mAb) contre tous les épitopes connus de la protéine de pointe.
Outre les 37 mutations signalées dans la protéine de pointe du variant B.1.1.529, environ 10 % des séquences Omicron dans la base de données GISAID contiennent une mutation R346K supplémentaire, qui a également été trouvée dans le variant Mu (B.1.621). Cette découverte a incité les chercheurs à travailler sur un pseudovirus supplémentaire avec cette mutation.
Environ 19 mAb approuvés pour le traitement COVID-19 ont été testés pour leur activité de neutralisation, individuellement ou en combinaison, dont 17 ciblent le domaine de liaison au récepteur (RBD) et deux d’entre eux sont dirigés vers le domaine N-terminal (NTD) de la protéine de pointe. Ils ont en outre étudié les substitutions d’acides aminés qui confèrent une résistance aux anticorps au variant Omicron.
Résultats de l’étude
L’étude a révélé que l’activité de neutralisation des sérums d’individus infectés et vaccinés était significativement plus faible contre la variante B.1.1.529. Une réduction de 32 fois de la dose infectieuse de 50 % (ID50) a été observé dans des échantillons d’individus infectés contre la variante Omicron. Les individus vaccinés avec des vaccins à ARNm ont montré une réduction de 21 fois (BNT162b2) et de 8,6 fois (ARNm-1273) de l’ID50 titres. Les sérums des individus qui ont reçu les vaccins Ad26.COV2.S et ChAdOx1 nCOV-19 ont provoqué des valeurs de titre inférieures à la limite de détection (LOD) contre la variante Omicron.
L’équipe a signalé que 18 mAb ont perdu complètement ou partiellement leur activité de neutralisation contre le variant B.1.1.529. Une réduction de plus de 100 fois a été observée pour les mAb des classes RBD 1, 2 et 3. Une modeste diminution de 10 fois a été signalée pour les mAb de classe 4. Les constructions pseudovirales Omicron avec la substitution R346K ont rendu tous les mAb inactifs.
Résistance de B.1.1.529 à la neutralisation par les sérums. une, Arbre phylogénétique non enraciné de B.1.1.529 avec d’autres variantes majeures du SRAS-CoV-2. b, Les mutations de pointe clés trouvées dans les virus isolés dans la lignée principale de B.1.1.529 sont indiquées. c, Neutralisation des pseudovirus D614G et B.1.1.529 par les sérums de patients convalescents. ré, Neutralisation des pseudovirus D614G et B.1.1.529 par les sérums des vaccinés. Dans les quatre groupes de vaccination standard, les individus qui ont été vaccinés sans infection documentée sont désignés par des cercles et les individus qui ont été à la fois vaccinés et infectés sont désignés par des triangles. Au sein du groupe boosté, les vaccinés Moderna sont désignés par des carrés et les vaccinés Pfizer sont désignés par des losanges. e, Neutralisation des virus D614G et B.1.1.529 authentiques par les sérums des vaccinés. Les vaccinés Moderna sont désignés par des carrés et les vaccinés Pfizer sont désignés par des losanges.
En outre, les chercheurs ont découvert quatre nouvelles mutations de S371L, N440K, G446S et Q493R dans la protéine de pointe Omicron, qui confèrent une résistance accrue aux anticorps à la variante. La substitution Q493R s’est avérée conférer une résistance aux mAb des classes RBD 1 et 2, tandis que les mutations N440K et G446S ont montré une résistance aux mAb de classe 3.
Remarquablement, la substitution S371L a conféré une résistance aux mAb des quatre classes. L’encombrement stérique a été signalé comme la raison la plus probable de la résistance aux anticorps dans la variante Omicron. Une analyse détaillée a révélé que le variant B.1.1.529 échappe à tous les AcM disponibles qui ciblent soit le RBD soit le NTD.
Conclusion
Les résultats de la présente étude démontrent la diminution de l’efficacité des vaccins les plus largement utilisés contre la variante Omicron. Les sérums de patients convalescents ont présenté des résultats similaires, ajoutant aux préoccupations croissantes concernant les percées vaccinales et le taux élevé de réinfections par la variante Omicron.
La présente étude a également examiné des échantillons de sérum d’individus ayant reçu des rappels de vaccin à ARNm et a constaté que même une troisième dose ne pouvait pas provoquer une activité de neutralisation adéquate, confirmant les soupçons de leur faible efficacité contre la variante Omicron. La variante B.1.1.529, avec la substitution supplémentaire R346K, diminue la portée de la thérapie de convalescence, soulignant ainsi le besoin urgent de repenser les thérapies existantes. À ce rythme, toute nouvelle mutation pourrait rendre le virus pan-résistant à toutes les thérapies actuelles.
La variante SARS-CoV-2 Omicron présente de nouvelles menaces pour les systèmes de santé mondiaux, les obligeant ainsi à intervenir avec des stratégies avancées pour faire face à la crise en cours. L’émergence de nouvelles variantes potentiellement dangereuses nécessite des recherches plus approfondies qui pourraient aider à détecter de nouvelles variantes et également à prédire leur évolution.
*Avis important
bioRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne devraient pas être considérés comme concluants, orienter la pratique clinique/le comportement lié à la santé, ou traités comme des informations établies
