Dans une récente étude publiée sur medRxiv* serveur de pré-impression, des chercheurs australiens et suisses ont recueilli des données pour aider à suivre et à gérer les vagues d’infection en cours et futures par la nouvelle variante préoccupante du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2) Omicron dans le monde.
Étude : SARS-CoV-2 Omicron BA.5 : Tropisme évolutif et évasion des réponses humorales puissantes et résistance aux immunothérapies cliniques par rapport aux variantes virales préoccupantes. Crédit d’image : Fit Ztudio / Shutterstock
Sommaire
Arrière plan
Les déterminants de la propagation préférentielle de BA.5 par rapport aux sous-variantes BA.2.12.1 et BA.4 Omicron sont complexes, notamment la prévalence de l’infection, la couverture vaccinale contre la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) et le temps écoulé depuis l’exposition antigénique antérieure . Parmi la population vaccinée, les changements dans le mécanisme d’entrée virale pourraient également déterminer le tropisme viral et la gravité ultérieure de la maladie. Plus important encore, des études antérieures ont utilisé des modèles animaux pour mettre en évidence un changement du tropisme BA.5 vers les lignées pré-Omicron.
À propos de l’étude
Dans la présente étude, les chercheurs ont développé une plate-forme de neutralisation de virus vivants rapide et plus sensible de 20 heures (R20) pour démontrer la menace de transmission relative des variantes du SRAS-CoV-2 dans les populations précédemment infectées et vaccinées. Il a permis des études de neutralisation sur des isolats viraux primaires récupérés à partir d’écouvillons nasopharyngés de patients. De plus, cela a aidé à déterminer quels anticorps monoclonaux (mAbs) conservaient leur efficacité contre les variants isolés. Plus important encore, R20 pourrait capturer des changements subtils du tropisme viral vers ou à l’opposé de la voie de l’enzyme de conversion de l’angiotensine 2 (ACE2)-protéase transmembranaire, sérine 2 (TMPRSS2).
Les chercheurs ont isolé des écouvillons nasopharyngés primaires d’une cohorte de donneurs australiens, qui ont été triplement vaccinés mais qui ont quand même contracté une infection à Omicron BA.1 au cours des vagues qui se chevauchent d’Omicron BA.2 et BA.5. À cette fin, ils ont utilisé une lignée cellulaire ACE2 / TMPRSS2 génétiquement modifiée pour déterminer l’infectivité de BA.5 sur les rapports de particules et établir le mode d’entrée de BA.5 par rapport aux autres sous-lignées Omicron. Notamment, la plate-forme d’étude est nouvelle en ce qu’elle a utilisé des échantillons de diagnostic primaires pour cartographier l’utilisation accrue ou réduite de TMPRSS2, révélant en temps réel le moment où une variante commence à se développer au sein d’une communauté en fonction de changements subtils de tropisme viral.
Les chercheurs ont également testé 13 lots d’immunoglobulines polyclonales G (IgG) collectées auprès de plus de 10 000 donneurs de plasma (convalescents et vaccinés) fin 2021 avant le début de la vague Omicron aux États-Unis. Ils ont regroupé des lots d’IgG concentrés pour évaluer l’infectivité de BA.5 et la neutralisation humorale in vitro. Enfin, l’équipe a testé le potentiel de neutralisation des mAb thérapeutiques de qualité clinique sotrovimab et Evusheld contre les sous-variantes d’Omicron.
Résultats de l’étude
La plateforme d’étude a détecté que les sérums des individus infectés et vaccinés ou des IgG des donneurs neutralisaient puissamment la souche SARS-CoV-2 ancestrale (clade A). Cependant, le potentiel de neutralisation des sérums de patients contre toutes les sous-lignées Omicron a été réduit de sept à 15 fois par rapport à une diminution de 4,3 et 1,5 fois observée pour Beta et Delta par rapport au clade A, respectivement.
En outre, les 13 lots d’IgG humaines polyclonales ont neutralisé les lignées Omicron BA.1, BA.2 et BA.5 de la même manière. De plus, l’infectivité de BA.5 était équivalente au clade A et réduisait considérablement les titres de neutralisation chez tous les donneurs de la cohorte australienne, comme BA.1.
Plus la chute de 50% de mort cellulaire en culture est importante (LD50) en présence de l’inhibiteur de TMPRSS2 Nafamostat, plus TMPRSS2 est utilisé par l’isolat viral pour l’entrée dans la cellule hôte. Les auteurs ont observé une baisse de sept fois de l’infectiosité de BA.5 en présence de Nafamostat, confirmant sa plus grande sensibilité au Nafamostat et une augmentation du rapport infectiosité/particules par rapport aux autres sous-lignées Omicron. La puissance d’Evusheld a chuté contre BA.5 par rapport à BA.2. Au contraire, le sotrovimab n’a pas pu neutraliser BA.2 mais activement neutralisé BA.5, bien qu’à une puissance inférieure à celle du clade A du SRAS-CoV-2.
conclusion
L’étude a mis en évidence que toutes les sous-lignées d’Omicron, y compris BA.5, représentent un défi permanent pour les stratégies de vaccination actuelles. BA.1 et BA.2 avaient un tropisme similaire envers les cellules des voies respiratoires supérieures, tandis que BA.5 semblait avoir évolué tropisme vers les voies d’entrée variantes pré-Omicron. Cela a non seulement donné à BA.5 un plus grand potentiel d’évasion des anticorps, mais aussi un potentiel de transmission accru dans la communauté. Malheureusement, les infections antérieures à Omicron chez les personnes triplement vaccinées ont aidé à développer des réponses puissantes aux variantes pré-Omicron précoces, mais pas substantiellement contre BA.5. Par conséquent, à l’avenir, les stratégies vaccinales capables d’augmenter rapidement l’étendue de la neutralisation des variantes actuelles seraient plus pragmatiques.
De plus, les chercheurs doivent surveiller de près les changements de tropisme dans les futures variantes du SRAS-CoV-2, d’autant plus que le tropisme s’aligne sur une plus grande gravité de la maladie. Les tests utilisés dans la présente étude n’avaient besoin que d’échantillons de diagnostic primaires pour analyser l’infectiosité d’une variante dès son apparition dans la communauté. Par conséquent, dans de tels cas, ils pourraient s’avérer très utiles.
*Avis important
medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique/les comportements liés à la santé, ou traités comme des informations établies.
