Dans une récente étude publiée sur bioRxiv* serveur de préimpression, les chercheurs ont évalué de manière critique les résultats d’une étude qui affirmait que le coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2) était entré chez l’homme via deux événements de propagation zoonotiques distincts.
Sommaire
Arrière plan
À l’échelle mondiale, les biologistes ont encore du mal à comprendre comment le SRAS-CoV-2 est entré dans la population humaine, cependant, il est crucial de connaître les origines du SRAS-CoV-2 pour prévenir une autre pandémie d’une ampleur sans précédent comme la pandémie de COVID-19 .
À propos de l’étude
Dans la présente étude, les chercheurs ont utilisé des simulations d’épidémies pour démontrer la futilité des conclusions de l’étude Pekar et al. étude. Ils ont également soulevé des inquiétudes concernant une autre étude réalisée par Worobey et al., qui a exclu des points de données clés et est arrivé à des conclusions injustifiées sur l’origine du SARS-CoV-2.
Le Pékar et al. l’étude a fourni des preuves solides de l’hypothèse d’origine naturelle du SRAS-CoV-2. Cependant, selon les auteurs, cette étude s’est fortement appuyée sur des modèles phylodynamiques irréalistes du SRAS-CoV-2 et a exclu de manière douteuse des informations sur les génomes du SRAS-CoV-2.
Résultats de l’étude
Pekar et coll. a utilisé FAVITES, un outil informatique, pour simuler l’épidémie de SRAS-CoV-2 en partant du principe que la super-propagation se produit lorsque les patients présentant un degré élevé de connexions secondaires tombent malades et commencent à infecter leurs contacts étroits. Lythgoe et al. ont montré que les événements de super-propagation génèrent des polytomies car la diversité virale intra-hôte est faible à un moment donné. FAVITES a utilisé le réseau et les machines sans échelle conçus pour le virus de l’immunodéficience humaine (VIH) et n’a pas réussi à capturer les événements de super-propagation du SRAS-CoV-2 dans le monde réel.
La plupart des événements de super-propagation du SRAS-CoV-2 se sont produits en peu de temps, au cours desquels la diversité intra-hôte et la probabilité d’évolution intra-hôte étaient faibles. Par conséquent, la super-propagation du SRAS-CoV-2 a généré des polytomies à un rythme plus élevé que les processus de transmission et de mutation dans le Pekar et coll. étude. Les chercheurs ont noté que la prémisse de la véritable phylogénie précoce de l’épidémie de SRAS-CoV-2 comprenant deux polytomies basales dans le Pekar et coll. étude était donc incertaine. Il s’est également avéré que leur modèle phylodynamique était un mauvais ajustement pour l’échelle de temps de l’évolution du SRAS-CoV-2 par rapport à son échelle de temps de super-propagation.
La phylogénie précoce du SRAS-CoV-2, composée de deux polytomies basales, n’est pas un fait empirique mais une estimation de la structure phylogénétique, qui dépend des données utilisées. Ainsi, la prémisse empirique derrière leur procédure de test était erronée. Ils ont affirmé qu’il devait y avoir eu deux événements de débordement au HSM, l’un générant la lignée A et l’autre générant la lignée B, qui ne différaient que de deux mutations. Au contraire, il est possible qu’il y ait eu de nombreuses séquences intermédiaires entre la lignée A et la lignée B, qu’elles ont exclues de l’analyse de l’étude.
Les chercheurs ont illustré que Pekar et coll. exclu plusieurs génomes intermédiaires C/C potentiels, 11 du Sichuan et un de Wuhan en Chine. Lin et coll. séquencé plusieurs intermédiaires C/C, dont cinq avaient un génotype identique au génome de référence Wuhan-Hu-1. Ces cinq intermédiaires C/C représentaient probablement les véritables intermédiaires C/C, fournissant des preuves empiriques supplémentaires contre les deux hypothèses de débordement ou d’origine naturelle.
De plus, le processus d’échantillonnage aléatoire de Pekar et al. était irréaliste et significativement biaisé contre les polytomies. Ils ont ensemencé leurs épidémies avec un individu infecté au hasard pour exécuter les simulations de transmission et de mutation décrites précédemment jusqu’à ce qu’ils échantillonnent 50 000 individus infectés. Ensuite, ils ont sous-échantillonné des individus au hasard. Cependant, au début de l’épidémie de SRAS-CoV-2 à Wuhan, les chercheurs n’ont pas prélevé au hasard des échantillons de la population générale, mais plutôt par recherche des contacts. La recherche des contacts ajoute intuitivement un biais dans la détermination des cas, augmentant la probabilité de lignées polytomiques. Bien qu’il ne soit pas facile de quantifier l’effet de la recherche des contacts, il doit être pris en compte lors de la révélation de quelque chose d’aussi important que l’origine du SRAS-CoV-2 qui a provoqué la pandémie sans précédent de COVID-19.
conclusion
Pekar et al. les tests d’hypothèse présentaient une sous-estimation de la probabilité de deux polytomies basales. Peut-être que les alertes médicales et la détermination biaisée des cas ont confondu les conclusions de Pekar et coll. (et Worobey et al.) a tenté de faire à partir des schémas phylogénétiques et spatiaux des premières données sur l’épidémie de SRAS-CoV-2. Bien que leur analyse ait contribué aux efforts visant à donner un sens aux premières phylogénies des épidémies, les modèles utilisés peuvent avoir été insensibles à leurs hypothèses sous-jacentes. En outre, ces hypothèses sous-jacentes étaient en conflit avec les réalités empiriques de la détection précoce des cas d’épidémie. Par conséquent, leurs conclusions ne semblent pas justifiées et l’origine du SRAS-CoV-2 reste inconnue.
*Avis important
bioRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique/les comportements liés à la santé, ou traités comme des informations établies.
