Dans cette interview, News Med parle à Gabriela Saldanha de la fragmentation de l’ADN et du séquençage Sanger.
Sommaire
Qu’est-ce que le séquençage de Sanger et l’analyse de fragments d’ADN ? Où sont utilisées ces analyses ?
Le séquençage de Sanger par électrophorèse capillaire est l’étalon-or pour le séquençage de l’ADN, même avec l’avènement du séquençage de nouvelle génération (NGS). Le test et son interprétation sont simples et ciblés et conviennent mieux aux fragments d’ADN d’une longueur de 75 à 1 000 bases. La meilleure pratique actuelle dans de nombreux laboratoires consiste à confirmer les résultats NGS avec le séquençage Sanger, et le séquençage Sanger est la méthode la plus rentable pour séquencer des échantillons uniques.
L’analyse des fragments sépare et analyse les fragments d’ADN amplifiés par PCR. L’analyse à répétition en tandem courte (STR) est un sous-ensemble de l’analyse de fragments et, dans le passé, a été le plus souvent utilisée dans les analyses médico-légales et de paternité. Cependant, l’analyse STR peut également prendre en charge des applications non médico-légales telles que l’authentification de lignée cellulaire, MLPA, l’analyse microsatellite et la déconvolution d’échantillons mixtes.
Crédit image : Promega
Quelle instrumentation est nécessaire pour le séquençage Sanger et l’analyse des fragments ? La plupart des chercheurs auront-ils ces instruments dans leurs laboratoires ou sous-traiteront-ils le travail ?
Un système d’électrophorèse capillaire à résolution simple base est un équipement standard pour effectuer ces analyses. Dans le passé, de nombreux laboratoires envoyaient des échantillons aux laboratoires principaux pour analyse, car l’équipement était souvent trop gros ou trop cher pour les laboratoires qui n’avaient besoin de traiter qu’une poignée d’échantillons.
Pour résoudre ce problème, nous avons développé le système Spectrum Compact CE, un instrument d’électrophorèse à 4 capillaires de paillasse automatisé qui peut traiter aussi peu que quatre échantillons ou jusqu’à 32 échantillons en une seule passe sans gaspillage de consommables. Avec le Spectrum Compact, les laboratoires peuvent effectuer leur propre séquençage Sanger ou analyse de fragments à la demande.
Quelle valeur le système Spectrum Compact CE apporte-t-il à un laboratoire ?
L’un des énormes avantages de cet instrument est qu’il est personnel. Une personne peut entrer dans le laboratoire et, avec une formation minimale, changer tous les consommables, sélectionner les produits chimiques qu’elle souhaite utiliser et réaliser l’expérience. C’est un système incroyablement flexible et abordable qui est accessible à tous dans le laboratoire – il démocratise l’utilisation de l’instrument en laboratoire. En éliminant le besoin d’envoyer des échantillons aux installations principales, le Spectrum Compact aide également les laboratoires à réduire les coûts par échantillon et à contrôler leurs propres délais.
PENSEZ SPECTRE COMPACT
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En quoi le système Spectrum Compact CE est-il différent des autres séquenceurs génétiques ?
Le système Spectrum Compact CE est de conception à faible débit. Nous avons entendu de nombreux scientifiques qui ne traitent pas suffisamment d’échantillons pour justifier l’achat d’un instrument à haut débit. Cet instrument a donc été conçu pour répondre à ces besoins spécifiques.
Quels domaines d’application utilisent le système Spectrum Compact CE ?
Le Spectrum Compact est la solution pour les laboratoires universitaires, de recherche clinique et de médecine légale qui cherchent à prendre en main les analyses génétiques. L’instrument prend en charge des applications aussi variées que la recherche sur l’instabilité des microsatellites, l’analyse d’échantillons mixtes, l’analyse médico-légale STR et l’authentification de lignées cellulaires.
Qu’est-ce que l’authentification de la lignée cellulaire et comment le système Spectrum Compact CE prend-il en charge cette application ?
L’identification erronée des lignées cellulaires est un problème majeur dans la recherche biologique. Lorsque les scientifiques travaillent avec des lignées cellulaires, il est important que l’identité des cellules soit régulièrement authentifiée pour s’assurer que les résultats de la recherche sont valides. De nombreux organismes de financement et revues exigent désormais que les scientifiques procèdent à l’authentification des lignées cellulaires pour soumettre des subventions ou des manuscrits. Le profilage STR est considéré comme la meilleure pratique pour authentifier les lignées cellulaires. Le système Spectrum Compact CE peut effectuer l’authentification de la lignée cellulaire à l’aide de chimies de profilage STR standard, comme le GenePrint® 24 système. Cette combinaison d’instrument et de kit STR est conforme aux directives ANSI/ATCC ASN-0002-2021 pour l’authentification des lignées cellulaires humaines.
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Quels consommables sont nécessaires pour utiliser le système Spectrum Compact CE ?
L’instrument est compatible avec les produits chimiques de séquençage Sanger existants et les kits STR à 4, 5 et 6 colorants de Promega et d’autres sociétés.
Les consommables plug-and-play rendent l’instrument extrêmement simple à configurer et à utiliser. L’installation est simple et le format empêche la contamination et le déversement. Chaque personne qui a touché l’instrument pendant la formation interne a commenté la facilité d’installation des consommables.
Les consommables sont également séparés, ce qui offre plus d’efficacité, de flexibilité et de durabilité par rapport aux autres instruments qui vous obligent à changer chaque consommable en même temps.
L’interface et le logiciel sont-ils faciles à utiliser ? Est-ce aussi quelque chose avec lequel n’importe qui dans le laboratoire peut travailler?
Le logiciel Spectrum Compact Control fournit une interface utilisateur simple avec un affichage clair des fonctionnalités utiles, y compris la configuration de l’exécution, l’état des consommables et les informations d’utilisation de la matrice, ainsi que des rappels de maintenance du système. Les utilisateurs peuvent surveiller la progression de l’exécution et afficher les résultats analysés pendant qu’une exécution est en cours. Vous pouvez également exporter des fichiers dans des formats compatibles avec les logiciels d’analyse de données disponibles dans le commerce tels que GeneMarker® HID pour les systèmes de spectre, GeneMarker®expert en mutation® et GeneMapper®.
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À quel type d’assistance les utilisateurs du système Spectrum Compact CE peuvent-ils s’attendre de la part de Promega ?
Il y a une garantie extensible d’un an avec un entretien préventif inclus à l’achat, ainsi qu’une installation et une formation sur site. Les utilisateurs ont également accès à l’équipe de scientifiques de Promega qui peut prendre en charge la validation chimique des nouveaux flux de travail, la formation aux applications et la maintenance préventive supplémentaire.
Quelle est la prochaine étape pour le système Spectrum Compact CE ?
Une prochaine mise à jour du logiciel de contrôle au quatrième trimestre de 2022 offrira aux clients une flexibilité encore plus grande avec les consommables et les produits chimiques. Pour plus d’informations sur le système Spectrum Compact CE, visitez la page du produit.
A propos de l’auteur:
Gabriela Saldanha est responsable de la commercialisation stratégique au sein du portefeuille de solutions génomiques chez Promega. La carrière de Gabriela s’étend sur plus de 25 ans dans le laboratoire et dans le développement, la stratégie et la mise en œuvre de produits liés à l’amplification des acides nucléiques, l’analyse de l’expression et le génotypage, plus récemment à la tête du lancement et de la commercialisation du système de séquençage ProDye Terminator et du système Spectrum Compact CE. L’une de ses passions est de partager la nécessité de l’authentification des lignées cellulaires pour préserver l’intégrité des lignées cellulaires.
À propos de Promega
Avec un portefeuille de plus de 3 000 produits couvrant les domaines de la génomique, de l’analyse et de l’expression des protéines, de l’analyse cellulaire, de la découverte de médicaments et de l’identité génétique, Promega est un leader mondial dans la fourniture de solutions innovantes et d’un support technique aux scientifiques de la vie dans les milieux universitaires, industriels et gouvernementaux. .
Les produits Promega sont utilisés par les scientifiques de la vie qui posent des questions fondamentales sur les processus biologiques ainsi que par les scientifiques qui appliquent les connaissances scientifiques pour diagnostiquer et traiter les maladies, découvrir de nouvelles thérapies et utiliser la génétique et les tests ADN pour l’identification humaine.
