Le Translational Genomics Research Institute (TGen), une filiale de City of Hope, le Pathogen and Microbiome Institute de la Northern Arizona University, et le Department of Ecology and Evolutionary Biology de l'Université de l'Arizona ont formé un syndicat dédié au suivi du COVID-19. coronavirus, il a été annoncé aujourd'hui.
Tirant parti de la puissance de la technologie de pointe et de l'analyse des «mégadonnées», les chercheurs de la toute nouvelle Arizona COVID-19 Genomics Union (ACGU) veulent mieux comprendre comment ce virus peut évoluer, comment il est transmis, et comment il se déplace dans la population générale. Cette approche épidémiologique moléculaire combine des méthodes d'épidémiologie traditionnelles avec une modélisation évolutive basée sur une analyse à haute résolution du génome du virus.
L'ACGU séquencera des échantillons de patients COVID-19 pour analyser les codes génétiques du virus, suivre ses différentes souches, montrer d'où provient chaque échantillon, d'où il peut avoir été transmis et – éventuellement – révéler des détails qui pourraient fournir des informations critiques pour diagnostics, cibles de médicaments antiviraux et développement de vaccins.
Ce n'est qu'en utilisant le séquençage génomique et des analyses avancées que nous pourrons commencer à comprendre pleinement cette maladie au niveau moléculaire, à la recherche de clés pour déverrouiller ses mystères. Nous avons la capacité de séquencer le génome de chaque souche de chaque patient – c'est ce vers quoi nous travaillons. «
Dr David Engelthaler, codirecteur et professeur agrégé de la division des agents pathogènes et du microbiome de TGen, la division des maladies infectieuses de Flagstaff connue sous le nom de TGen North
Le Dr Engelthaler est l'ancien épidémiologiste d'État de l'Arizona et coordonnateur de la biodéfense d'État. Il était auparavant au CDC et a mené des enquêtes sur les épidémies de maladies locales, nationales et internationales pendant plus de 25 ans, en commençant par l'épidémie de hantavirus de l'Arizona en 1993-1994. Il coordonnera le nouveau séquençage génomique de l'ACGU du virus du SRAS-CoV-2, qui cause la maladie COVID-19.
Les autres co-fondateurs de l'Union sont deux des principaux scientifiques des maladies infectieuses de l'Arizona: le Dr Paul Keim et le Dr Michael Worobey.
Le Dr Keim est un expert mondial des agents pathogènes tels que la peste et l'anthrax. Il a travaillé avec le FBI pour résoudre l'affaire des « lettres de l'anthrax » à la suite du 11 septembre. Au NAU, il est professeur régent de biologie, titulaire d'une chaire de microbiologie et directeur exécutif du Pathogen and Microbiome Institute (PMI). Il est professeur émérite à TGen, codirecteur de TGen North, et agira comme directeur de l'ACGU.
« Les séquences du génome sont idéales pour les efforts de recherche scientifique répartis et l'Arizona Union s'appuiera fortement sur des études nationales et mondiales pour suivre la maladie. Néanmoins, il est essentiel que les experts régionaux s'engagent dans ce processus pour maximiser les avantages pour les citoyens de l'Arizona », a déclaré le Dr Keim.
Le Dr Worobey est le chef du département d'écologie et de biologie évolutive de l'Université de l'Arizona et est mondialement connu pour son travail sur les pandémies virales. En utilisant l'épidémiologie génomique, il a définitivement suivi les origines et la propagation mondiale du VIH, et a également déterminé pourquoi la pandémie de «grippe espagnole» de 1918 a tué des millions de jeunes adultes.
« L'analyse moléculaire des virus fournit des indices cruciaux sur la façon dont les pandémies commencent et comment les combattre », a déclaré le Dr Worobey. « Nous allons capitaliser sur la richesse des talents et des infrastructures de l'Arizona dans cette entreprise. »
L'Arizona COVID-19 Genomics Union est similaire à d'autres groupes à travers le monde, travaillant à prendre pied sur ce nouveau coronavirus. Le partage rapide des données et des analyses a été et continue d'être essentiel à la compréhension scientifique, médicale et de santé publique de la pandémie. Ironiquement, le premier épicentre américain de COVID-19, Seattle, abrite également NextStrain, la maison Internet pour le suivi du génome de cet agent pathogène et d'autres.
Le consortium de scientifiques de l'Arizona espère que leur séquençage régional donnera aux fournisseurs de soins de santé et aux décideurs publics de l'Arizona un avantage pour répondre à cette pandémie.
Comme NextStrain, l'ACGU rendra publiques ses conclusions; ouvertement aux épidémiologistes et aux virologues du monde entier.
La source:
Institut de recherche en génomique translationnelle
