Dans une récente étude publiée sur medRxiv* serveur de préimpression, les chercheurs ont évalué la colonisation simultanée de champignons dans le nasopharynx des patients atteints de la maladie grave à coronavirus 2019 (COVID-19). Ils ont exploré les voies de l’immunité antifongique en analysant les données de leur étude précédente comprenant des patients atteints d’infections aiguës par le SRAS-CoV-2 (coronavirus du syndrome respiratoire aigu sévère 2).
Sommaire
Arrière plan
Des études ont signalé des infections fongiques comme des complications graves de l’infection au COVID-19 ; cependant, la fréquence de la colonisation fongique et leur association avec les réponses immunologiques chez les patients positifs pour le SRAS-CoV-2 n’ont pas été bien caractérisées et justifient une enquête plus approfondie.
Les auteurs de la présente étude ont précédemment effectué une analyse de séquençage d’acide ribonucléique unicellulaire (scRNA-seq) pour caractériser le microenvironnement des voies respiratoires supérieures (URT) dans les infections par le SRAS-CoV-2 et ont montré une baisse profonde de l’interféron (IFN) de type I et III niveaux dans l’URT, dans une relation directement proportionnelle à la gravité du COVID-19. Les échantillons ont été classés en fonction de la classification taxonomique méta-transcriptomique et de la base de données de référence NCBI (centre national d’information sur la biotechnologie).
À propos de l’étude
Dans la présente étude transversale, les chercheurs ont caractérisé les caractéristiques cliniques de 56 (sur 58) participants à l’étude précédente et ont identifié ceux atteints d’infections graves par le SRAS-CoV-2 et concomitantes Candidose détection de transcription dérivée de l’espèce dans l’URT [tracheal and nasopharyngeal (NP)] échantillons.
L’étude comprenait 15, 35 et six personnes en bonne santé, des patients atteints de COVID-19 en phase aiguë et des patients intubés négatifs pour le SRAS-CoV-2, respectivement. Les échantillons d’écouvillons NP obtenus des participants ont été soumis à une analyse scRNA-seq pour déterminer la composition cellulaire de l’épithélium nasal. Des échantillons de patients COVID-19 ont été obtenus dans les neuf jours suivant l’hospitalisation, estimés dans les 14 jours suivant les premiers symptômes respiratoires.
En plus des données de l’étude précédente, les données d’ETA appariées (aspirations endotrachéales obtenues à partir de quatre patients atteints de COVID-19 sévère ont été analysées. Presque tous les échantillons ETA ou NP positifs pour Candida ont été obtenus dans les sept jours suivant l’hospitalisation. La plupart (six sur huit) ont été intubés pendant ≥ 1,0 jour, dont cinq avaient reçu des corticostéroïdes pendant ≥ 1,0 jour avant le prélèvement de l’échantillon.
Les patients ont été cliniquement évalués pour les infections fongiques parmi trois patients atteints de COVID-19 Espèces de Candida. abondance, tel qu’identifié précédemment par la méta-transcriptomique. En outre, l’équipe a étudié si les tissus nasaux de ces personnes montraient une expression réactive ou aberrante ou réactive de l’IL-17. L’expression des interleukines (IL)-1β, 4 et 17A et des gènes IFN-α, g a été évaluée. Les cellules épithéliales nasales ont été examinées pour les signatures transcriptomiques compatibles avec les niveaux de cytokines.
Résultats
Les patients atteints de COVID-19 sévère ont systématiquement exprimé une plus grande expression génique induite par l’IL-17A et des niveaux sérologiques de 1,3-β-D-glucane (incitant un traitement antifongique à la micafungine) par rapport aux patients COVID-19 légers ou modérés et aux individus en bonne santé. Une expression significative de cascades inflammatoires antifongiques a été observée dans les tissus épithéliaux de l’URT de patients gravement infectés par le SRAS-CoV-2, même parmi ceux dépourvus de matériel génomique détectable provenant d’organismes pathogènes fongiques.
Candida albicans était le deuxième microbe le plus abondant (six échantillons de NP) après le SRAS-CoV-2 dans la cohorte de l’étude. De plus, élevée Candida dubliniensis et Candida glabre l’expression ont été observées dans quatre et deux échantillons de NP de patients COVID-19 sévères, respectivement. En outre, C. albicans a été détecté dans presque tous (sauf un) les échantillons ETA de personnes atteintes d’infections graves par le SRAS-CoV-2, et tous C. albicans-des échantillons ETA positifs ont montré C. dubliniensis positivité.
Espèces de Candida. les lectures n’ont été détectées que chez les patients atteints de COVID-19 sévère nécessitant une ventilation mécanique et une intubation. Les résultats d’ARN-seq étaient généralement corrélés à ceux des aspirations ETA. Les résultats ont indiqué une préoccupation clinique importante pour les patients COVID-19 sévères hospitalisés pour le test d’infection à Candida. Les taux de mortalité à 28 jours parmi les patients COVID-19 étaient comparables entre Espèces de Candida. individus positifs vs négatifs.
Presque toutes Candidose-les patients COVID-19 positifs avaient des antécédents de DT2 (diabète sucré de type II) et huit patients étaient hypertendus. Parmi les participants, l’exposition au gène IL-17A a amélioré l’expression des gènes impliqués dans la kératinisation [small proline-rich protein (SPRR)-2G, 2E and 2F]neutrophiles, lymphocytes et chimioattraction des monocytes [chemokine (C-C motif) ligand 20 (CCL-20), C-X-C motif chemokine ligand (CXCL)-1, 2, and 3]et facteurs inflammatoires S100 (protéine de liaison au calcium) -A7, A8.
Gènes induits par l’IL-17A [SAA-1 (serum amyloid A1), SAA-2, SAT-1 (spermidine/spermine N1-acetyltransferase 1, LCN-2 (lipocalin 2), GLUL (glutamate-ammonia ligase) and S100A8] ont été régulés positivement de manière significative parmi les cellules épithéliales nasales de patients atteints d’une infection grave par le SRAS-CoV-2. Fait intéressant, l’équipe n’a pas observé une plus grande abondance de module de gènes IL-17A chez les patients gravement infectés par le SRAS-CoV-2 avec Candidose espèces que celles sans organismes fongiques.
De même, aucune différence significative n’a été observée dans les gènes induits par l’IFN entre les participants avec la présence et l’absence de Candidose espèces. Les participants présentant une abondance élevée de gènes induite par l’IFNα dans l’épithélium nasal n’ont pas montré de régulation positive du gène induite par l’IL17A. Les résultats ont montré que l’induction génique stimulée par l’IL-17A dans la muqueuse nasale dénotait une caractéristique partagée par les patients atteints d’une infection grave par le SRAS-CoV-2 et montrait une corrélation avec l’absence de réponses immunitaires antivirales robustes induites par l’IFN.
Dans l’ensemble, les résultats de l’étude ont montré que la stimulation de l’IL-17 était en partie due à Candidose la colonisation des espèces et la signalisation IFN de type I/III émoussée comme caractéristique commune des infections graves par le SRAS-CoV-2.
*Avis important
medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique/les comportements liés à la santé, ou traités comme des informations établies.