Dans une récente étude publiée sur medRxiv* serveur de préimpression, les chercheurs ont enquêté sur des cas de réinfection par variante du SRAS-CoV-2 au Danemark.
L’évolution du SRAS-CoV-2 a conduit à l’émergence de multiples variantes préoccupantes (VOC) avec une transmissibilité et une évasion immunitaire accrues telles qu’Omicron, entraînant une recrudescence des réinfections par le SRAS-CoV-2 et des difficultés d’atténuation du COVID-19 globalement. Des études ont enquêté sur les fréquences de réinfection du SRAS-CoV-2, mais se sont limitées aux données d’analyse de la réaction en chaîne du polymère de la transcriptase inverse (RT-PCR), dans lesquelles les lignées SARS-CoV-2 Pango ne sont pas spécifiées. De plus, un rapport de séquençage génomique est généralement classé comme infection initiale ou réinfection, mais les données de séquençage de nouvelle génération (NGS) pour une infection initiale et une réinfection sont rarement rapportées ensemble pour un individu.
Étude : L’augmentation des cas de réinfection par le SRAS-CoV-2 Omicron révèle une immunité post-COVID-19 inefficace au Danemark et indique la nécessité d’un séquençage de nouvelle génération. Crédit d’image : Noiel/Shutterstock
Sommaire
À propos de l’étude
Dans la présente étude, les chercheurs ont caractérisé les réinfections par le SRAS-CoV-2 par variant sur la base de l’intégration de l’analyse RT-PCR et de l’analyse du séquençage du génome suivant (NGS) des séquences obtenues à partir d’individus danois positifs pour le SRAS-CoV-2 et du GISAID ( initiative mondiale sur le partage des données sur la grippe aviaire).
Les données NGS et les métadonnées cliniques des infections et réinfections primaires par le SRAS-CoV-2 d’un même individu résidant au Danemark ont été analysées. Au total, 21 708 entrées de réinfections étaient disponibles entre le 1er mars 2020 et le 28 août 2022, avec des données sur les dates de prélèvement d’échantillons sur les infections primaires et les réinfections par le SRAS-CoV-2.
L’équipe a documenté les métadonnées cliniques du SRAS-CoV-2 en tant que points temporels des infections initiales et ultérieures du SRAS-CoV-2 pour mesurer la durée entre les infections initiales et ultérieures du SRAS-CoV-2. De plus, les résultats d’analyse RT-PCR et les résultats d’analyse NGS étaient disponibles pour les infections primaires et les réinfections, respectivement.
L’équipe a exclu 70 entrées de cas (< un pour cent de cas totaux) (n=70) avec les lignées identiques de Pango pour des infections primaires et des réinfections puisque de telles entrées pourraient être représentatives des infections SARS-CoV-2 non résolues au lieu des réinfections. De plus, les données sur les COV bêta, gamma et « autres » (sans nomenclature Pango universellement acceptable) ont été exclues en raison des faibles niveaux de séquence.
Les cas de réinfection ont été stratifiés par variant et sous-variant. La base de données GISAID a été consultée pour deux fichiers : un ensemble de fichiers comprenant des métadonnées actuelles pour > 12 millions de séquences de SRAS-CoV-2 et le deuxième ensemble comprenant des fichiers de métadonnées filtrés des seuls résidents du Danemark avec deux infections associées au SRAS-CoV-2 documentées.
Résultats
L’infection primaire et la réinfection par Omicron (c’est-à-dire les infections Omicron-Omicron) ont été signalées sur une courte période (même dans les trois semaines, une moyenne de 22 semaines) que les infections non Omicron-Omicron. Les réinfections par Omicron dans les dix semaines suivant l’infection initiale par Omicron ont été largement signalées en raison de BA.1 suivi de BA.2.
La fréquence de réinfection était significativement plus élevée avec Omicron (25 %, N = 1875) après des infections primaires avec n’importe quel COV. Aucun cas de réinfection induite par Alpha VOC n’a été signalé, tandis que Delta VOC a provoqué des réinfections dans 2,3 % (n = 169) des cas. Les estimations pré-Omicron de l’immunité naturelle induite par l’infection étaient supérieures à 90%, qui sont tombées à moins de 10% en trois à quatre mois.
Parmi les personnes atteintes d’infections primaires induites par Delta, les réinfections dues à la variante Delta <1 % (n = 18) mais pour les réinfections à Omicron étaient de 41 % (n = 3060 cas). De plus, les réinfections avec le même COV mais des sous-variantes différentes n'étaient que de 0,3 % (n = 24), à l'exception d'Omicron (4,6 %, n = 340). 93% des personnes réinfectées à partir de mars 2020 ont eu des réinfections par Omicron, ce qui indique que l'infection initiale par le SRAS-CoV-2 avec la souche Wuhan-Hu-1, Alpha VOC ou la variante Delta VOC n'a pas été en mesure de conférer une protection immunitaire adéquate contre les réinfections, en particulier pour Omicron réinfections.
Des réinfections par Omicron ont été signalées parmi 62 % (n = 211), 20 %, (n = 68) et 30 % (n = 102) des cas dans lesquels des infections primaires au SRAS-CoV-2 ont été causées par Omicron BA.1, BA .2 et BA.5, respectivement, les personnes atteintes d’infections primaires BA.2 ont démontré des fréquences de réinfection élevées (38 %, n = 129) avec la sous-variante Omicron BA.5 (26 %, n = 89). Les résultats ont indiqué que même si la protéine de pointe (S) du SRAS-CoV-2 des trois sous-variantes d’Omicron est similaire, les différences dans les sous-variantes d’Omicron étaient suffisantes pour empêcher les nAb induits par l’infection Omicron BA.1/2 (anticorps neutralisants) de se lier avec Omicron BA.5 S.
conclusion
Les découvertes d’étude ont prouvé que la plupart des cas de réinfection SARS-CoV-2 se sont produits en raison d’Omicron. Les réinfections par Omicron parmi les personnes atteintes d’une infection primaire par Omicron se sont produites dans un court laps de temps, moins de trois semaines. Les résultats ont indiqué que les infections primaires avec des COV non Omicron étaient inadéquates pour fournir une protection immunitaire pour prévenir les réinfections avec Omicron.
En outre, les résultats mettent en évidence la transmissibilité et l’évasion immunitaire d’Omicron et la nécessité de vaccins SARS-CoV-2 mis à jour, d’une surveillance continue du SARS-CoV-2 et d’évaluations évolutives du SARS-CoV-2 pour guider l’élaboration de politiques pour une meilleure santé publique à travers le monde. En outre, l’analyse souligne la nécessité d’analyser les données NGS au niveau individuel pour fournir des estimations précises des risques de réinfection par le SRAS-CoV-2.
*Avis important
medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique/les comportements liés à la santé, ou traités comme des informations établies.
