Le coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2), l’agent causal de la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19), a infecté environ 2,7 millions de personnes et entraîné environ 40 000 décès dans la région du Pacifique occidental.
Sommaire
Arrière-plan
La Papouasie-Nouvelle-Guinée (PNG), avec une population de 8,8 millions d’habitants (dont 87 % vivent dans des zones rurales), a connu la première vague de COVID-19 en avril 2020, qui a été rapidement maîtrisée en août 2020. cas entraînant la deuxième vague d’infection par le SRAS-CoV-2, avec près de 177 774 cas confirmés à la fin juillet.
Le nombre total de cas a grimpé en flèche en octobre 2021. En raison de difficultés logistiques, les tests de dépistage de l’infection par le SRAS-CoV-2, les enquêtes épidémiologiques et la surveillance des maladies ont été entravés dans le pays, ce qui a eu un impact sur la mise en œuvre de mesures de santé publique pour contrôler la propagation de la maladie.
Après des preuves pathologiques, immunologiques et épidémiologiques suffisantes, une lignée PANGO du SRAS-CoV-2 a été marquée comme variante préoccupante (VOC) par les organismes locaux ou internationaux. Actuellement, quatre lignées de SARS-CoV-2 ont été classées comme COV par l’Organisation mondiale de la santé (OMS), affichant un nombre exceptionnellement élevé de mutations entraînant une évasion immunitaire et une transmissibilité élevée.
La surveillance génomique est désormais considérée comme un mandat pour contrôler et gérer la pandémie en détectant et en identifiant les nouvelles variantes émergentes, les épidémies et la transmission de la maladie, permettant ainsi des interventions de santé publique appropriées pour contrôler la propagation de la maladie.
L’étude
Une étude récente publiée dans la revue Évolution des virus caractérisé les lignées de SARS-CoV-2 circulant en Papouasie-Nouvelle-Guinée au cours de la deuxième vague de COVID-19, décrit l’ensemble de données génomiques unique dans la région et examiné la croissance soudaine d’une lignée mal définie mais répandue de SARS-CoV-2 dans la région du Pacifique occidental.
Pour cette étude, un système génomique de routine du SARS-CoV-2 de PNG a été établi. Une analyse phylodynamique et phylogénétique des séquences générées à partir d’individus infectés par le SRAS-CoV-2 a été effectuée.
Résultats
Sur le total des échantillons positifs au SRAS-CoV-2 séquencés, 1 797 échantillons ont satisfait aux mesures de contrôle de qualité interne (CQ) et 1 672 échantillons ont été liés avec succès au PNG NCC et aux métadonnées épidémiologiques d’Ok Tedi Mining Limited (OTML).
L’attribution de la lignée PANGO de 1 797 échantillons PNG était très instable avec des changements constants entre trois lignées fortement liées – AU/B.1.466/B.1.459. Les échantillons nécessitaient des réaffectations fréquentes entre ces groupes, quelle que soit la qualité de la séquence ou la couverture du génome.
Sur le total des séquences PNG, 88 % appartenaient à des lignées hautement apparentées B.1.459, B.1.466.2, AU.1 ou AU.3 associées à la région de l’Asie du Sud-Est et du Pacifique. De plus, 5 % des séquences ont été typées comme lignées B.6/B.6.B et 2,4 % des séquences appartenaient aux lignées B ou B.1. Pendant ce temps, un seul échantillon a été identifié comme COV (Delta-B.1.617.2).
L’analyse phylogénétique a montré cinq grands groupes avec un mélange de lignées B.1, B.1.466.2, B.1.459 et AU dans les groupes et des échantillons étroitement liés typés comme lignées PANGO. L’analyse de la distribution temporelle a révélé un passage des lignées B.6.8/B.6 au milieu de 2020 aux lignées B.1 et B.1.459/B.1.466.2/AU au début de 2021. Les échantillons de 2020 n’ont pas enregistré toute autre lignée.
Des grappes géographiquement diverses ont été identifiées, chaque grappe étant concentrée dans une zone particulière de la PNG. «Cluster 2» – le plus grand cluster, était connecté à la province de l’Ouest et aux mines OTML, tandis que les plus petits clusters étaient liés à l’île de la Nouvelle-Bretagne, au district de la capitale nationale, ainsi qu’aux plus grandes provinces environnantes ou à une propagation vers la Nouvelle-Bretagne à partir de les provinces des hautes terres.
Les données génomiques disponibles ont estimé l’introduction de 55 événements dans la PNG, dont seulement trois consistaient en un seul cas sans aucune preuve de transmission. Il est important de noter que la cohérence avec les grands groupes génomiques a été identifiée avec les groupes d’importation. Vingt-quatre clusters génomiques d’importation avec au moins cinq séquences ont été trouvés (le plus grand ayant 926 séquences).
Le premier cluster génomique d’importation avec un minimum de cinq génomes a été détecté entre juillet 2020 et mars 2021. Il a été estimé qu’entre février 2020 et mars 2021, des clusters de génomes d’importation avec au moins cinq génomes ont été introduits. On estime que la plupart des événements d’importation se sont produits vers mars 2021.
Dans l’ensemble, 90 % des grappes de génomes étaient constituées des lignées PANGO B.1.459, B.1.466.2.3 (AU.3) et B.1.466.2.1 (AU.1) avec 256, 198 et 387 génomes, respectivement.
L’utilisation d’un cadre coalescent pour les quatre plus grands clusters génomiques d’importation a estimé un taux de croissance coalescent similaire entre les clusters – avec des preuves de croissance épidémique dans tous les clusters. Le temps de doublement des clusters d’importation génomique se chevauchait avec un temps de doublement de neuf jours pour le plus grand cluster d’importation (cluster A) et un temps de doublement de huit jours pour le plus petit cluster (cluster B).
L’intensité d’échantillonnage était inférieure à 0,02 et était incertaine, le groupe A ayant l’intensité d’échantillonnage la plus élevée (0,011). Ces estimations suggèrent que l’échantillonnage génomique représente une très petite proportion d’épidémies pour chaque grappe d’importation.
Conclusion
Les résultats ont révélé de multiples nouvelles introductions ainsi qu’une expansion rapide de B.1.466.2 et des lignées associées en Papouasie-Nouvelle-Guinée. De plus, les résultats ont souligné les difficultés causées par des attributions de lignées instables lorsque la génomique est utilisée pour définir des grappes rapides.
