La variante britannique du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2), connue sous le nom de B.1.1.7 ou VOC-202012/01, est apparue au Royaume-Uni à la fin de 2020, se propageant rapidement pour devenir la variante dominante dans plusieurs pays. Un document de recherche récemment téléchargé sur le serveur de pré-impression medRxiv* par Vespignani et coll. (22 février 2021) utilise des modèles mathématiques pour cartographier la propagation de cette lignée à travers l’Europe, établissant qu’une augmentation de 50% de la transmissibilité de la variante lui permettrait de devenir dominante dans les grandes zones métropolitaines d’ici la fin mars 2021.
Comment le modèle a-t-il été construit?
Plusieurs villes européennes et leurs grandes régions métropolitaines ont été incluses dans l’étude: Berlin, Francfort, Milan, Rome, Barcelone et Madrid. Les données du Danemark, de la Grèce, de la Pologne et du Portugal ont également été utilisées, et les individus ont été divisés en dix groupes d’âge âgés de 0 à 80 ans et plus.
Le modèle suppose que seules les variantes B.1.1.7 et de type sauvage existent, et fixe également la date d’émergence de la lignée B.1.1.7 au 13 septembre.e 2020, avec une transmissibilité de 50% par rapport au sauvage. Il a pris en compte les interventions non pharmaceutiques telles que les verrouillages à l’aide de données provenant des autorités locales. Trois scénarios ont été envisagés: le statu quo, où les interventions non pharmaceutiques et les comportements de la population restent les mêmes; relaxation conservatrice, où le contact avec la population est augmenté de 25%; ou relaxation modérée, où le contact avec la population est augmenté de 50%.
En supposant un comportement de statu quo, la lignée B.1.1.7 devrait devenir la lignée dominante au Danemark, en Grèce et au Portugal d’ici le 15 février.e, et la Pologne d’ici le 15 marse, les grandes villes examinées en détail échouant également entre ces dates. Fait intéressant, les comportements détendus avaient relativement peu d’influence sur la proportion de la population, avec, par exemple, 92% des SRAS-SoV-2 appartenant à la lignée B.1.1.7 à Barcelone au 31 mars.st dans des conditions de statu quo, et 93% et 94% dans des conditions de relaxation conservatrice et modérée, respectivement.
Fraction de nouveaux cas attribuables à la variante B.1.1.7. Chaque graphique montre la fraction de nouveaux cas hebdomadaires attribuables à la variante dans différentes régions pour différents scénarios de restrictions sous l’hypothèse d’une augmentation de 50% de la transmissibilité. Les lignes horizontales pointillées représentent le seuil de dominance de 50% des nouveaux cas causés par la variante B.1.1.7. Les zones ombrées représentent l’IC à 50%.
On s’attendait à ce que les villes dominent actuellement la lignée B.1.1.7 de 85 à 94% à Madrid, Berlin, Milan et Rome, avec une proportion moindre de 74 à 80% à Francfort à la fin du mois de mars. De même, les pays devraient voir une représentation de 93 à 95% de B.1.1.7 au Danemark, en Grèce et au Portugal, avec un taux moindre de 72 à 79% en Pologne. Chaque emplacement devrait connaître un taux de mortalité fluctuant et culminant différemment selon le modèle, qui a été comparé aux données hebdomadaires sur les décès de chaque emplacement datant d’avril 2020 avec un bon accord.
Les données collectées par PCR confirmant la variante du SRAS-CoV-2 ont ensuite été collectées au Portugal, au Danemark et dans les régions italiennes de Milan et Rome et comparées au modèle. Le modèle était conforme à la proportion observée de B.1.1.7 dans la population dans un intervalle de confiance de 95%, ce qui suggère que des prévisions à plus long terme sont valables. Il faut cependant noter que le Portugal ne disposait que de deux points de données pour cette comparaison entre décembre 2020 et janvier 2021, tandis que Milan et Rome n’en avaient qu’un. Le Danemark, cependant, en avait sept qui correspondaient bien à la courbe prévue entre décembre 2020 et février 2021.
Les auteurs notent que l’étude est limitée en ne tenant pas compte de la densité de population ou de la mobilité dans les régions d’intérêt. De plus, les individus présymptomatiques ou asymptomatiques peuvent ne pas avoir été détectés par les tests PCR utilisés, et ainsi le nombre d’individus positifs au COVID-19 pourrait être sous-dénombré.
