Alors que Delta (B.1.617.2) a dépassé Alpha (B.1.1.7) en tant que variante dominante du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2) aux États-Unis, Alpha est resté une force avec laquelle il faut compter dans New York plus tôt cette année. Nouvelle recherche publiée sur le preprint medRxiv* Le serveur détaille les infections majeures chez les personnes vaccinées et non vaccinées vivant à New York.
La majorité des infections provenaient de la variante Alpha ou Iota (B.1.526). L’équipe de recherche n’a trouvé aucune preuve de variantes plus répandues dans la population vaccinée que chez les non vaccinés.
Sommaire
Comment ils ont fait
Les chercheurs ont effectué le séquençage du génome du SRAS-CoV-2 chez des individus positifs pour COVID-19 14 jours ou plus après avoir terminé leur vaccination avec l’un des trois vaccins approuvés par la FDA. Le groupe témoin était composé de participants sélectionnés au hasard pour la surveillance génomique qui ont été testés positifs pour COVID-19 mais qui n’étaient pas vaccinés. Tous les participants faisaient partie du système de santé NYU Langone avec des hôpitaux de la région métropolitaine de New York et de Long Island.
Ils ont évalué la distribution des variantes et les taux de mutation à chaque résidu dans le pic entre les individus vaccinés et non vaccinés.
Infections révolutionnaires chez les personnes vaccinées
Au total, 126 367 personnes étaient complètement vaccinées au 30 avril 2021, dont 98 % avaient été vaccinées avec un vaccin à ARNm. Parmi ces personnes vaccinées, il y a eu 86 cas de coronavirus – 69 avaient Pfizer/BioNTech, 16 avaient Moderna et 1 avait le vaccin Johnson & Johnson – entre le 1er février et le 30 avril.
Environ 80% des cas ont produit des génomes complets du SRAS-CoV-2 qui ont fourni suffisamment d’informations pour que les chercheurs puissent retracer la lignée du virus.
Au total, 7 personnes avec des génomes complets du SRAS-CoV-2 ont dû être hospitalisées et une personne est décédée.
Arbre de probabilité maximale de percée du vaccin contre le SRAS-CoV-2, contrôle apparié non vacciné et séquences de référence mondiales. Arbre de QI de 5 056 séquences complètes du génome du SRAS-CoV-2 (paires de bases 202-29 657 selon Wuhan-Hu-1 comme référence), y compris 67 découvertes vaccinales (orange) et 1 187 séquences de contrôle SARS-CoV-2 non vaccinées de notre cohorte NYU (grande région de New York) (violet) avec 1 361 autres séquences de référence mondiales américaines (cyan) et 2 441 non américaines (noir). L’arbre a été généré avec un modèle de substitution GTR+I+G et 1000 répliques bootstrap, et l’échelle de substitution de l’arbre est indiquée en bas à droite. Les branches de l’arbre sont colorées comme indiqué. Les séquences de percée vaccinale sont en outre mises en évidence par des triangles oranges en tant que symboles de branche et des rayons gris rayonnant de la racine au bord extérieur de l’arbre. Les hospitalisations dues au COVID-19 parmi les infections à percée vaccinale sont indiquées par des triangles noirs (h). Les variantes responsables de la plupart des infections à percée vaccinale dans notre cohorte d’étude sont étiquetées avec les lignées Pango respectives (classification de l’OMS entre parenthèses).
Prévalence des variantes Alpha et Iota à New York
Parmi les 67 infections avec des génomes complets du SRAS-CoV-2, environ 38,8 % provenaient d’Alpha et 41,8 % provenaient de la variante Iota et de ses sous-lignées B.1.526.1 et B.1.526.2. Un seul cas était de Gamma (P.1), et 17,9% provenaient d’autres variantes.
Les infections à coronavirus de la variante Alpha étaient liées à une charge virale plus élevée dans le corps. Cependant, la quantité de charge virale ne différait pas significativement avec les infections causées par la variante Iota.
Chez des individus non vaccinés, les chercheurs ont séquencé 1 187 séquences SARS-CoV-2. Alpha a causé environ 29,1% des infections et 41% provenaient de Iota et de ses sous-lignées.
Douze cas ou 1 % des infections provenaient de Gamma et 28,9 % provenaient d’autres variantes diverses.
Il y a eu 7 hospitalisations chez des individus non vaccinés : 5 patients avaient le COVID-19 d’Alpha et 2 patients avaient des cas de la variante Iota.
Une analyse plus approfondie n’a montré aucune différence dans la conclusion d’une variante d’intérêt ou d’une variante préoccupante chez les individus vaccinés et non vaccinés positifs au COVID-19. Les résultats correspondent au séquençage génomique en février et avril 2021 qui a confirmé qu’Alpha et Iota circulaient à New York à l’époque.
«En conséquence, nos échantillons de découverte de vaccins impliquaient principalement des clades B.1.1.7 et B.1.526 et étaient dispersés parmi les contrôles non vaccinés ainsi que d’autres séquences américaines. Il n’y avait aucune preuve d’un regroupement important qui pourrait indiquer des transmissions ultérieures ou des chaînes de transmission d’infections vaccinales percées. Au lieu de cela, ils étaient largement distribués et semblaient principalement impliquer des grappes indépendantes d’infections », ont écrit les chercheurs.
Les mutations de la protéine de pointe ont contribué à des infections révolutionnaires
Dans les 67 infections vaccinales révolutionnaires et les 1 187 infections non vaccinées, les mutations de pointe étaient à 233 résidus d’acides aminés de plus par rapport à la souche d’origine.
La plupart des mutations se sont produites chez des individus non vaccinés, et seul le site D614 était également muté dans les deux groupes. Cependant, 41 sites ont montré plus de taux de mutations chez les individus vaccinés infectés par COVID-19.
« Il est intéressant de noter que le degré d’enrichissement était plus élevé sur les 41 sites enrichis par percée par rapport aux 191 sites enrichis dans les contrôles. Les facteurs contributifs comprenaient vraisemblablement des mutations aléatoires en l’absence de pression immunitaire chez les témoins, une sélection adaptative de mutations d’échappement immunitaire dans les percées vaccinales, mais aussi un nombre de cas inégal dans les deux groupes », a écrit l’équipe.
En ignorant les mutations uniques dans l’ensemble de données, les 41 sites de mutation sont passés à 21 dans le groupe vacciné.
Les mutations semblaient être davantage des délétions du domaine N-terminal, des mutations du domaine de liaison au récepteur, une mutation -K417, S477, E484 et N501- près du site de liaison de la furine et des domaines C-terminaux. Toutes ces mutations sont associées à une évasion immunitaire ou à une liaison accrue aux récepteurs ACE2.
Les chercheurs ont écrit: «En conclusion, nos données indiquent que la percée du vaccin chez les individus entièrement vaccinés par l’ARNm n’est pas plus fréquente avec le VOC Alpha ou le VOI Iota local de NY, ce qui souligne la grande efficacité des vaccins à ARNm COVID-19 contre différentes variantes. La variante Alpha semble surreprésentée dans le groupe hospitalisé, bien que le faible nombre de cas d’hospitalisations ne permette pas de tirer des conclusions définitives. La présence accrue de mutations dans des régions clés de la protéine de pointe dans le groupe de découverte du vaccin est potentiellement préoccupante et nécessite une surveillance continue. La surveillance génomique des cas de percée vaccinale devrait être effectuée à plus grande échelle aux États-Unis et dans le monde entier pour obtenir un nombre de cas plus élevé et l’inclusion de différents COV et VOI. »
*Avis important
medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, orienter la pratique clinique/le comportement lié à la santé, ou traités comme des informations établies.