Fin décembre 2019, le coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2) est apparu à Wuhan, en Chine, avec des problèmes respiratoires humains résultant de la transmission probable d’un coronavirus adapté aux animaux.
C’était la première fois depuis des décennies que les pandémies refont surface en tant que problème mondial. Il y a eu, cependant, des avertissements précoces d’un événement mondial avec le SRAS et la grippe aviaire. Le confinement précoce dans les deux cas a réussi, mais la stratégie pour le SRAS-CoV-2 est passée à l’atténuation après l’échec du confinement précoce. Presque tous les pays ont observé ce schéma au début de l’introduction du COVID-19 à travers les frontières nationales.
En raison de la transmission homme-animal, il existe de graves inquiétudes quant à la possibilité d’une ré-inflammation de la pandémie de COVID par le biais de mutations de résistance cultivées dans des réservoirs animaux.
Un exemple spécifique de transmission animal-humain est la mutation du cluster-5 qui s’est avérée avoir été transférée à partir de visons élevés dans l’industrie danoise de la fourrure à la mi-2020. On pensait que la variante du cluster-5 du SRAS-CoV-2 avait une sensibilité modérément réduite aux anticorps, et des mesures décisives ont donc été prises en ce qui concerne les mesures de confinement strictes, d’une durée de quatre semaines, après quoi la variante n’a plus été observée chez le vison. ou humains.
Cependant, il ne peut être confirmé avec certitude que la souche a été éliminée, ce qui soulève la question de savoir combien de temps une souche doit passer inaperçue avant d’être considérée, selon toute probabilité, comme éteinte.
Dans un article récemment téléchargé sur le serveur de préimpression medRxiv* par Schiøler et al. (6 juillete, 2021), des modèles mathématiques sont utilisés pour sonder cette question, en utilisant l’étude de cas de la variante du cluster-5 pour les tester.
Comment le modèle a-t-il été assemblé ?
Plusieurs techniques de modélisation épidémiologique sont disponibles, certaines plus adaptées à la modélisation de populations de taille et de complexité plus ou moins grandes. Le groupe a choisi d’utiliser un modèle de Markov, qui incorpore des paramètres à changement pseudo-aléatoire dans le système de modélisation, un exemple étant le nombre de reproduction SARS-CoV-2.
Le calcul de la probabilité d’extinction de la lignée au fil du temps formulé par le groupe considère le nombre réel et observé de personnes infectées portant la variante, le taux de naissance et de mortalité de la variante et la taille de la population à un moment donné.
Dans toutes les simulations, le temps de récupération du SRAS-CoV-2 a été fixé à deux semaines, la période habituelle d’infectiosité pour le virus, et comme cas test, les nombres impliqués dans l’épidémie du cluster-5 ont été saisis.
La population totale considérée était de 600 000, reflétant la région du nord du Danemark, avec 10 000 tests PCR SARS-CoV-2 effectués par semaine, ainsi qu’un nombre croissant de séquençage du génome entier reflétant les chiffres enregistrés par le gouvernement danois. Le nombre initial d’infectés a été fixé à 11, ceux qui ont été détectés avec la lignée aux premiers stades de l’épidémie.
Le verrouillage initial devait durer quatre semaines, bien que les mesures les plus strictes aient été abandonnées après deux semaines, à la suite de pressions politiques. La variante n’a pas été détectée à nouveau dans la population, ce qui suggère qu’elle avait été contenue. Selon la formule développée par le groupe de recherche, la probabilité que la lignée soit déjà éteinte au début des interventions non pharmaceutiques était de 0,22, passant à 0,37 deux semaines plus tard lorsque les restrictions ont été levées. Si le verrouillage avait été levé lorsqu’il était initialement prévu, quatre semaines plus tard, la probabilité que la lignée s’éteigne est passée à 0,7.
Statut pour les municipalités de la région du Danemark du Nord suite à l’arrêté de confinement du 6 novembre 2020. L’arrêté a été imposé dans les municipalités avec des observations du cluster-5 (rouge), ainsi que les municipalités environnantes avec une forte concentration d’élevages de visons ( bleu). Les municipalités de couleur restantes appartiennent à la région du Danemark du Nord, mais n’ont pas été verrouillées. Les municipalités restantes au Danemark sont colorées en blanc.
Autres implications
L’application du modèle au cas danois connu a fourni un certain contexte aux méthodes développées, et le groupe note d’autres tendances intéressantes associées à la probabilité d’extinction de la lignée.
L’effet de l’augmentation du taux de test du génome entier au sein de la population tout en maintenant le nombre de reproduction du virus constant a été étudié, constatant que le nombre de semaines jusqu’à l’extinction passe de 42 à 25 en augmentant le taux de test. Cela est probablement dû au taux de test plus élevé identifiant les individus porteurs de la souche spécifique au lieu des tests PCR uniquement qui ne pouvaient pas distinguer les souches et permettre aux individus testés d’être isolés rapidement.
Ils ont également sondé la probabilité d’extinction lors de l’augmentation des taux de reproduction tout en maintenant le taux de test constant, notant une relation intéressante dans laquelle le nombre maximal de semaines jusqu’à l’extinction était le plus élevé à des taux de reproduction légèrement inférieurs à 1. C’est-à-dire à un taux de SRAS-CoV-2 plus élevé. taux de reproduction le nombre de semaines qu’il faudrait avant l’extinction de la lignée spécifique du SRAS-CoV-2 tout en maintenant les tests constants, est plus court qu’à des taux d’environ 0,9.
*Avis important
medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, orienter la pratique clinique/le comportement lié à la santé, ou traités comme des informations établies.
