Dans une récente étude publiée sur bioRxiv* serveur de préimpression, les chercheurs ont comparé les niches écologiques pour identifier les hôtes réservoirs probables du virus mpox (MPXV).
Sommaire
Arrière plan
Mpox est une maladie zoonotique évolutive endémique des forêts tropicales d’Afrique de l’Ouest et du Centre. Elle se caractérise par des ganglions lymphatiques enflés, de la fièvre et de la fatigue, qui se caractérise ensuite par une éruption cutanée avec des lésions maculaires évoluant des papules aux vésicules, pustules et croûtes sur le visage, les pieds et les mains, pendant deux à quatre semaines. Le taux de mortalité varie de 1% à 3% en Afrique de l’Ouest à 5% à 10% en Afrique centrale.
Bien que le virus MPX ait été détecté chez de nombreuses espèces de mammifères, la plupart sont probablement des hôtes secondaires, tandis que l’hôte réservoir n’a pas encore été trouvé.
À propos de l’étude
Dans la présente étude, les chercheurs ont prévu que le réservoir MPXV est composé d’une ou plusieurs espèces de mammifères de la forêt tropicale avec une répartition géographique comparable à celle du MPXV.
L’étude s’est concentrée sur toutes les espèces de mammifères pour lesquelles des données biologiques, telles que l’isolement viral, le séquençage de l’acide désoxyribonucléique (ADN) MPXV, l’amplification par réaction en chaîne par polymérase (PCR) et la détection d’anticorps anti-orthopoxvirus (OPXV), ont soutenu leur implication en tant que réservoir ou hôtes secondaires. Pour réduire l’impact des difficultés taxonomiques au niveau des espèces, l’équipe a examiné toutes les espèces des 14 genres.
À l’aide du package R spocc, l’équipe a acquis des informations sur l’occurrence des espèces provenant des biocollections numérisées intégrées (IdIgBio), du Global Biodiversity Information Facility (GBIF), de VertNet et d’Inaturalist pour recréer la niche écologique correspondant aux espèces de mammifères.
Toutes ces bases de données contiennent des enregistrements de la présence d’espèces de mammifères. Cependant, chacun a sa particularité. Pour recréer la niche biologique du MPXV, l’équipe avait besoin de données sur l’occurrence des cas. Cas index humains dont il a été prouvé par PCR, séquençage de l’ADN ou isolement du MPXV qu’ils ont été infectés par n’importe quelle source animale.
Les 103 enregistrements de personnes utilisés dans cette étude étaient des cas index avec un village d’origine documenté ayant des coordonnées du système de positionnement global (GPS). La prédominance d’une espèce a été calculée comme une proportion de la répartition géographique de l’espèce. L’équipe a recréé des niches écologiques à l’aide d’enregistrements d’occurrences et de covariables.
Résultats
La niche écologique de MPXV a été prédite à l’aide de 96 enregistrements d’occurrence et d’une aire sous la courbe (AUC) de 0,956 %. La niche délimitait une vaste région géographique qui s’étendait sur les forêts tropicales d’Afrique occidentale et centrale. En outre, trois régions isolées d’Afrique de l’Est ont bénéficié d’un certain soutien, comme une région d’Éthiopie, une située à l’est du lac Victoria au Kenya et une de la forêt côtière d’Afrique orientale en Tanzanie près de Dar es Salaam.
En Afrique de l’Ouest, la distribution était discontinue, ayant un vide dans les régions méridionales du Bénin et du Togo. En Afrique centrale, la niche englobe l’intégralité du bassin du Congo, à l’exception d’une partie substantielle de l’Afrique équatoriale orientale, englobant l’est ainsi que le sud du Gabon et le sud de la République démocratique du Congo.
Les 14 genres identifiés comme hôtes du MPXV appartenaient à quatre ordres de mammifères et à 11 familles, dont Macroscelidea, Primates et Rodentia. En Afrique, 14 genres étaient représentés par 213 espèces ayant des enregistrements d’occurrence. Dans les bases de données internationales, l’équipe a découvert moins de 14 enregistrements d’occurrence correspondant à 112 espèces classées comme à aire de répartition restreinte, et 17 enregistrements d’occurrence liés à une espèce classée comme répandue, Crocidura viara. Par conséquent, il était impossible de prédire la niche écologique de ces 113 espèces.
Sur la base des analyses du chevauchement des niches notées entre les MPXV et les espèces de mammifères, les dix principales espèces ont été Graphiurus lorraineus, Funisciurus anérythrus, Funisciurus pyrropus, Stochomys longicaudatus, Heliosciurus rufobrachium, Malacomys longipes, Oenomys hypoxanthos, Pan troglodytes, Crocidura olivieri, et Crocide. Toutes ces espèces partagent une niche avec MPXV que l’on trouve en Afrique centrale et occidentale, à l’exception de O. hypoxanthus et M. longipesque l’on trouve principalement en Afrique centrale. C. Thérèse se trouve pratiquement exclusivement en Afrique de l’Ouest.
Conclusion
Les résultats de l’étude ont montré que la niche MPXV englobe trois forêts tropicales africaines, dont le bassin du Congo et les forêts guinéennes inférieures et supérieures. De plus, quatre espèces de mammifères qui avaient le plus grand chevauchement de niche avec celle de MPXV étaient des rongeurs arboricoles. Enfin, l’équipe a noté que F. anérythrus était le réservoir MPXV le plus probable.
*Avis important
bioRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique/les comportements liés à la santé, ou traités comme des informations établies.
