Dans une étude récente publiée dans la revue Pathogènes PLOSles chercheurs ont discuté d’agents pathogènes fongiques cryptiques, qui sont génétiquement distincts des agents pathogènes mais morphologiquement impossibles à distinguer.
Les agents pathogènes fongiques menacent la santé mondiale et la sécurité alimentaire. Le diagnostic et le traitement des infections fongiques sont compliqués et entraînent des maladies graves, voire la mort. En outre, les espèces fongiques cryptiques peuvent également provoquer des infections, et leur identification par les méthodes conventionnelles est difficile en raison de similitudes morphologiques. En tant que tel, le fardeau clinique et l’épidémiologie des champignons cryptiques sont mal compris. La présente étude résume les informations disponibles sur les champignons cryptiques.
Étude : Connaissez l’ennemi et connaissez-vous vous-même : lutter contre les pathogènes fongiques cryptiques des humains et au-delà. Crédit image : Créé avec l’aide de DALL·E 3
Sommaire
Diagnostic des agents pathogènes fongiques
Un diagnostic précis est essentiel pour réduire le fardeau des infections fongiques. Les méthodes de diagnostic conventionnelles comprennent la microscopie, l’histopathologie, la culture et la spectrométrie de masse à temps de vol (TOF) par désorption/ionisation laser assistée par matrice (MALDI). Ces méthodes ont une faible spécificité, notamment pour les espèces cryptiques. Néanmoins, le typage moléculaire (analyse phylogénétique) a été plus précis.
Cependant, certains loci peuvent ne pas disposer d’informations suffisantes pour une détection précise. Aspergillus latus est une espèce cryptique et un hybride allodiploïde qui n’a pas été détecté en milieu clinique en raison des limites du typage à locus unique dans un génome hybride. Un phénotypage approfondi et un séquençage du génome ont permis une détection robuste de A. latus. D’autres approches, comme la phylogénomique, peuvent surmonter ces limites.
Bien que la phylogénomique offre une spécificité élevée, elle nécessite plus de temps, de ressources et d’expertise. Un diagnostic rapide et abordable est essentiel pour réduire la mortalité. Il convient de noter que l’identité moyenne des nucléotides est une alternative inexplorée. Une analyse comparative de diverses méthodes de diagnostic permettrait de déterminer la méthode la plus efficace.
Espèce pathogène exemplaire connue et cryptique d’Aspergillus. (À gauche) Aspergillus fumigatus est un pathogène fongique humain majeur et bien connu. Les espèces cryptiques (au milieu) Aspergillus lentulus et (à droite) Aspergillus udagawae peuvent également provoquer des maladies humaines mais peuvent être difficiles à diagnostiquer en raison de leur similitude morphologique avec A. fumigatus. Les images ont été aimablement fournies par le Dr Jos Houbraken. https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1011704.g001
Influence humaine
Les humains peuvent involontairement contribuer à la transmission de maladies fongiques. Par exemple, des épidémies fongiques invasives ont été liées à la construction d’hôpitaux, à une mauvaise filtration de l’air et à leur propagation par des surfaces contaminées. En outre, les effets du régime alimentaire sur l’abondance de champignons spécifiques dans le mycobiome humain, la transmission interhumaine et la résistance aux antifongiques peuvent également avoir un impact sur la maladie fongique.
L’examen des populations de patients et de leurs antécédents génétiques sera essentiel pour comprendre comment la biologie de l’hôte contribue à la susceptibilité. Autrement dit, les patients atteints de maladie granulomateuse chronique présentent un risque plus élevé d’infection par A. nidulans. Notamment, les associations entre les agents pathogènes fongiques cryptiques et des populations spécifiques de patients ne sont pas claires en raison du manque de diagnostic précis.
Réponse immunitaire et gestion de la maladie
Comprendre les interactions des agents pathogènes fongiques avec le système immunitaire de l’hôte fournira des informations essentielles sur leurs mécanismes de persistance et d’élimination. Certaines études ont identifié des points de contrôle immunologiques pour la reconnaissance des agents pathogènes. De plus, il existe une hétérogénéité substantielle dans la formation de pièges extracellulaires à neutrophiles, c’est-à-dire la NETose, à travers Aspergille espèces et souches.
En outre, certaines anomalies congénitales des fonctions immunitaires peuvent augmenter la susceptibilité à l’infection dans des populations spécifiques. Par exemple, les personnes atteintes d’une maladie granulomateuse chronique présentent une plus grande susceptibilité à l’aspergillose car elles ont une capacité plus faible à produire des espèces réactives de l’oxygène (ROS).
Influence du microbiome et menaces futures potentielles
L’exploration du microbiome humain peut aider à délimiter l’impact des espèces dans les interactions entre espèces qui peuvent prévenir ou contribuer à l’apparition de maladies. Les altérations du mycobiome peuvent contribuer à la gravité de la maladie. Les agents pathogènes ont également un impact sur le mycobiome ; c’est-à-dire une colonisation pulmonaire par A. fumigatus Il en résulte que la composition du microbiome est plus favorable à la croissance fongique.
Bien que les études sur le mycobiome aient offert des informations essentielles au niveau du genre, l’évaluation des variations au niveau de l’espèce ou de la souche permettra d’approfondir la compréhension de la façon dont elles influencent la santé humaine et le mycobiome. Les pathogènes cryptiques passent souvent inaperçus, car l’identification n’est possible qu’au niveau du genre.
Par conséquent, l’identification des espèces ou des souches est fondamentale, compte tenu de l’hétérogénéité phénotypique et génotypique. L’analyse des espèces non pathogènes est également essentielle, car des espèces jusqu’alors non reconnues pourraient devenir pathogènes. L’exploration des agents pathogènes et des espèces non pathogènes apparentées peut fournir un aperçu de l’émergence de la pathogénicité et de la dynamique évolutive.
Remarques finales
Relever ces défis nécessite de mettre en place une infrastructure essentielle pour un diagnostic précis et la diffusion des résultats. Cela facilitera la compréhension de l’épidémiologie, la surveillance des maladies et l’identification des populations sensibles, des premières épidémies et des agents pathogènes émergents. Les informations issues des systèmes de surveillance, tels que Nextstrain et Microreact, peuvent servir d’inspiration pour établir une plateforme spécifique aux champignons. Dans l’ensemble, l’intégration des données sur le microbiome, les agents pathogènes, la génétique de l’hôte et les dossiers de santé fournira un ensemble de données complet pour répondre aux préoccupations liées aux agents pathogènes fongiques.
