Dans une étude récente publiée dans Maladies infectieuses émergentesles chercheurs ont décrit l’évolution du virus mpox (MPXV) avant l’épidémie de 2022.
Sommaire
Fond
Le virus Mpox est un virus à acide désoxyribonucléique (ADN) double brin qui a entraîné des épidémies souvent brèves et autolimitées en raison d’une transmission humaine inefficace. Les enquêtes épidémiologiques initiales ont démontré une transmission continue d’homme à homme dans les pays européens non endémiques via des contacts intimes, tels que des réseaux sexuels.
Le Portugal a annoncé la première séquence du génome MPXV de l’épidémie le 19 mai 2022, et de nombreuses autres séquences donnant des informations sur la transmission virale sont disponibles. Une analyse phylogénétique précoce a suggéré que le virus responsable de l’épidémie de MPXV de 2022 provenait du clade II du MPXV, dont la gravité est inférieure à celle du clade I. Cela suggère que l’introduction récente du MPXV dans les communautés de pays non endémiques au MPXV a conduit à la épidémie. Néanmoins, des recherches approfondies sont nécessaires pour déterminer le processus évolutif exact du MPXV.
Enquête phylogénétique sur MPXV
L’analyse phylogénétique de près de 105 génomes MPXV a indiqué que 2022 virus appartenaient à deux clades qui pourraient être liés à la dernière épidémie en 2017-2018. Tous les génomes viraux de 2022 comprenaient un vaste groupe monophylétique, malgré l’identification d’une divergence de séquence significative entre les souches avec l’émergence de nombreux sous-clades. Cette différence est incompatible avec la diversification rapide du virus au cours des derniers mois de l’épidémie de 2022. Au lieu de cela, il représentait une microévolution persistante depuis l’épidémie de 2017-2018.
Comme l’ancêtre commun le plus récent (MRCA) de l’épidémie de 2017-2018, le MRCA de l’épidémie de 2022 remonte à près de 20 ans. De plus, les MPXV de l’épidémie de 2022 étaient plus étroitement liés aux souches exportées d’Afrique au moment de la dernière épidémie qu’aux souches répandues au Nigeria à cette époque. De plus, une souche d’un individu voyageant aux États-Unis depuis le Nigéria en 2021 pourrait également être associée à la source de l’épidémie en 2022. Depuis l’épidémie de 2017-2018, l’hypothèse la plus probable est que le MPXV a circulé silencieusement et sans détection dans de nombreux pays non MPXV endémiques en dehors de l’Afrique.
Altérations génomiques dans le MPXV
De multiples altérations génomiques ont été identifiées dans les MPXV répandus en 2022. Un minimum de 51 polymorphismes mononucléotidiques (SNP) et quelques délétions/insertions plus importantes ont différencié les 18 génomes viraux initiaux observés lors de l’épidémie de 2022 de ceux détectés en 2017-2018. Parmi les 52 SNP, 26 SNP ont entraîné des modifications d’acides aminés, tandis que 21 étaient des substitutions synonymes. Plus de SNP étaient détectables dans les séquences génomiques à partir de 2022, ce qui explique la divergence observée au sein de l’épidémie. Les recherches futures peuvent aider à déterminer les effets phénotypiques de ces altérations, qui peuvent être liés à la pression mutationnelle et à l’adaptabilité.
L’équipe a également noté qu’avant 2018, les virus des deux clades MPXV avaient des quantités presque comparables de types de substitution, et d’ici 2022, la fraction de transitions guanine (G)> adénine (A) / cytosine (C)> thymine (T) dans les virus du clade II avaient doublé. Des altérations de substitution importantes reflétaient vraisemblablement la capacité d’édition affichée par l’enzyme d’édition de l’acide ribonucléique messager (ARNm) de l’apolipoprotéine-B humaine, l’enzyme de la sous-unité catalytique 3G (APOBEC3G), qui a catalysé la désamination C> uracile (U) spécifique au brin et a entraîné G> A substitutions dans les brins complémentaires du génome viral.
Conclusion
Les résultats de l’étude ont indiqué que le virus MPXV circule silencieusement depuis près de 20 ans, probablement dans plusieurs pays non endémiques au MPXV en dehors de l’Afrique. De plus, le schéma de substitution des nucléotides a démontré une caractéristique génétique distincte d’une altération récente de l’hôte. Ces résultats peuvent avoir des implications importantes pour la santé publique, car l’épidémiologie changeante associée aux infections par le MPXV et la circulation virale chez les humains dans les pays non endémiques au MPXV nécessitent une surveillance accrue.
