Les écosystèmes côtiers de Thaïlande, en particulier les mangroves, sont riches en biodiversité et jouent un rôle essentiel dans la protection des côtes, le stockage du carbone et la productivité marine. Cependant, ces écosystèmes sont confrontés à de graves menaces liées au changement climatique, à la pollution et à la dégradation de l'habitat. La conservation génomique en Thaïlande vise à protéger la diversité génétique des mangroves en utilisant des techniques modernes telles que le séquençage de l'ADN et la surveillance génétique.
Dans cette interview, Wirulda Pootakham, directrice du Centre national Omic de Thaïlande, parle à NewsMedical de la conservation génomique dans les mangroves thaïlandaises.
Sommaire
Pourriez-vous nous parler de votre travail au sein des Centres Nationaux Omic et comment vous êtes parvenu à vous spécialiser dans les écosystèmes comme les mangroves ?
Je m'appelle Wirulda Pootakham. Je suis directeur du laboratoire de recherche génomique du Centre national Omic de Thaïlande. Mes collègues et moi menons des recherches génomiques, en nous concentrant sur la diversité génétique dans des écosystèmes cruciaux tels que les forêts de mangroves.
Ces écosystèmes sont importants pour la biodiversité de la Thaïlande et sont sensibles aux facteurs de stress naturels et anthropiques. Comprendre leur constitution génétique pourrait contribuer à assurer leur persistance malgré les menaces considérables liées au changement climatique et à la destruction de leur habitat.
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Pourriez-vous nous en dire plus sur les espèces clés trouvées en Thaïlande, les risques auxquels elles sont confrontées et pourquoi la diversité génétique est si importante pour leur résilience ?
Les mangroves thaïlandaises abritent environ 81 espèces, dont 34 sont désignées comme « véritables » mangroves. Les principales espèces sont Sonnertia, Rhizophora, Ceriopset Bruguiera.
La plupart de ces espèces poussent dans le sud de la Thaïlande, en particulier le long des côtes et dans les zones intertidales. Malheureusement, au cours des cinq dernières décennies, près de 60 % de nos forêts de mangroves ont été dévastées par la déforestation, l'expansion de l'aquaculture et l'urbanisation.
La variété génétique est essentielle pour les mangroves car elle permet aux plantes de s'adapter aux facteurs de stress environnementaux, notamment la hausse des températures, les fluctuations de la salinité et les maladies. Les projets de restauration précédents ne se concentraient pas sur la diversité génétique, ce qui réduisait la résilience. Nos recherches visent à résoudre ce problème en soutenant des populations génétiquement variées dans les efforts de restauration, les rendant ainsi plus résistantes aux attaques.
Relever le défi de l'écosystème avec la technologie de séquençage MGI en Thaïlande
Comment les technologies de séquençage peuvent-elles contribuer aux études sur les écosystèmes de mangrove ?
Les technologies de séquençage fournissent des informations génomiques détaillées qui aident les chercheurs à comprendre les adaptations des mangroves à leurs environnements intertidaux difficiles.
Ces technologies permettent l’assemblage de génomes de référence de haute qualité, essentiels à l’étude des traits génétiques liés à la tolérance au stress, à la reproduction et à la survie en conditions salines et hypoxiques.
Cette connaissance génétique soutient les efforts de conservation en identifiant les traits essentiels à la résilience et à la restauration, permettant une gestion plus éclairée des écosystèmes de mangrove.
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Pourriez-vous expliquer comment la technologie de MGI vous a aidé à améliorer vos recherches sur les mangroves ?
MGI a été un collaborateur clé en nous fournissant une technologie de séquençage de haute qualité. Nous avons utilisé MGI-seq pour le séquençage du génome entier et d'autres applications, telles que RAD-seq, afin de quantifier avec précision la diversité génétique.
Jusqu'à présent, nous avons séquencé environ 15 des 80 espèces de mangroves thaïlandaises. Cette méthode nous a également permis de trouver des marqueurs SNP, essentiels pour évaluer la diversité génétique au sein et entre les populations animales.
Ces résultats sont essentiels à l’heure où la hausse des températures des océans déclenche des phénomènes de blanchissement, comme nous l’avons vécu cette année. Notre travail avec MGI inclut également des cultures agricoles essentielles comme le riz, la canne à sucre et le maïs, où les connaissances génétiques pourraient améliorer la résilience aux changements environnementaux.
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Comment des technologies comme RAD-seq peuvent-elles aider à relever les défis associés à l’étude des mangroves ?
L'étude des mangroves présente plusieurs défis, notamment la compréhension de leur diversité génétique, de leur biodiversité et de leurs adaptations évolutives. La technologie de séquençage de l’ADN associé aux sites de restriction (RAD-seq) est très utile pour relever ces défis.
Il fournit suffisamment de données sur le polymorphisme nucléotidique unique (SNP) pour analyser de manière exhaustive la variation génétique des populations de mangroves. Cela permet aux chercheurs d’étudier plus efficacement la biodiversité, la structure génétique et l’histoire évolutive.
En identifiant des marqueurs génétiques clés, RAD-seq nous permet de comprendre comment les mangroves ont évolué et se sont adaptées, ce qui est essentiel pour leurs efforts de conservation et de restauration. De plus, cette technique peut aider à identifier les espèces menacées ou vulnérables au sein des écosystèmes de mangrove, contribuant ainsi à leur protection.
À propos de Wirulda Pootakham
Wirulda Pootakham a obtenu son baccalauréat en biologie moléculaire végétale de l'Université Cornell en 2002, obtenant son diplôme summa cum laude. Elle a obtenu son doctorat en biologie cellulaire et moléculaire à l'Université de Stanford en 2010 et a rejoint le laboratoire de recherche génomique du Centre national de génie génétique et de biotechnologie (BIOTEC) en Thaïlande.
Ses recherches portent sur l’utilisation des technologies génomiques pour développer des variétés élites de plantes économiquement importantes comme le palmier à huile, l’hévéa, le manioc et la canne à sucre. Elle a reçu plusieurs prix, dont le Prix du jeune technologue de la Fondation pour la promotion de la science et de la technologie sous le patronage de Sa Majesté le Roi en 2017 et le Prix Taguchi pour ses réalisations exceptionnelles en recherche en biotechnologie de la Société thaïlandaise de biotechnologie en 2022.
Pootakham a été impliqué dans des projets traitant des problèmes environnementaux liés au blanchissement des coraux dans le golfe de Thaïlande et dans la mer d'Andaman. En reconnaissance de son travail pionnier dans l'évaluation de la diversité génétique des coraux dans les eaux thaïlandaises, elle a reçu la bourse UNESCO-L'Oréal Pour les femmes et la science en 2018. Ses projets récents incluent l'évaluation de la diversité génétique des populations de mangroves pour soutenir les efforts de conservation le long des côtes thaïlandaises. .
À propos de MGI
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Fondée en 2016, MGI est devenue un leader dans les sciences de la vie, servant des clients sur six continents et établissant des installations de recherche, de fabrication, de formation et de service après-vente à l'échelle mondiale. MGI se distingue comme l’une des rares entreprises capables de développer et de produire de manière indépendante et en masse des séquenceurs de gènes de qualité clinique avec des capacités de débit variables, allant des niveaux Gb à Tb. Avec une expertise inégalée, des produits de pointe et un engagement envers un impact mondial, MGI continue de façonner la trajectoire future des sciences de la vie.
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