Même avec plus de 1,5 million d’Américains recevant un vaccin COVID chaque jour, les responsables estiment qu’il faudra encore plusieurs mois avant que suffisamment de personnes soient protégées contre le virus mortel. Jusque-là, et potentiellement au-delà, les experts conviennent que l’ouverture des écoles, des restaurants et d’autres lieux publics de la manière la plus sûre possible reposera sur des tests généralisés pour le SRAS-CoV-2, le virus qui cause le COVID-19.
En juin 2020, la Food and Drug Administration (FDA) des États-Unis avait accordé une autorisation d’utilisation d’urgence pour plus de 85 kits de test d’ADN viral différents – ou dosages – chacun avec des degrés de sensibilité très variables et des taux de précision inconnus. Cependant, en l’absence de test standard pour le nouveau coronavirus, il existe peu de données permettant de juger de l’utilité de ces différents tests pour les efforts des municipalités pour rouvrir en toute sécurité les affaires.
Une équipe de chercheurs du Beth Israel Deaconess Medical Center (BIDMC) a développé un moyen mathématique d’évaluer le taux de faux négatifs des tests. La méthodologie de l’équipe, qui permet une comparaison pomme-pomme de la sensibilité clinique des différents tests, est publiée dans la revue Maladies infectieuses cliniques.
«Pour revenir aux affaires comme d’habitude, nous convenons tous que nous devons intensifier massivement les tests pour déterminer qui est négatif et qui est infectieux – mais cela ne fonctionnera de manière optimale que si vous pouvez attraper tous les cas positifs», a déclaré co -auteur correspondant James E. Kirby, MD, directeur des laboratoires de microbiologie clinique au BIDMC. « Nous avons constaté que les sensibilités cliniques varient considérablement, ce qui a des implications claires pour les soins aux patients, l’épidémiologie et la gestion sociale et économique de la pandémie en cours. »
«Ces résultats sont particulièrement importants alors que nous passons du test d’individus principalement symptomatiques à un dépistage plus régulier dans la communauté», a déclaré l’auteur co-correspondant Ramy Arnaout, MD, DPhil, directeur associé des laboratoires de microbiologie clinique du BIDMC. « Le nombre de personnes manquées – le taux de faux négatifs – dépend du test utilisé. Avec notre modèle, nous sommes mieux informés pour nous demander dans quelle mesure ces personnes sont susceptibles d’être infectieuses. »
Les résultats des tests COVID sont généralement signalés comme simplement positifs ou négatifs. Cependant, les personnes séropositives peuvent héberger des quantités radicalement différentes de virus ou de charge virale, selon la durée de leur infection ou la gravité de leurs symptômes. En fait, la charge virale peut varier jusqu’à cent millions de fois entre les individus, a déclaré Kirby.
En utilisant les données de plus de 27000 tests de COVID-19 effectués sur les sites de l’hôpital Beth Israel Lahey Health du 26 mars au 2 mai 2020, Kirby, Arnaout et leurs collègues ont d’abord démontré que les charges virales peuvent être signalées de manière fiable. « Cela permet de distinguer les super-épandeurs potentiels, à un extrême, des personnes en convalescence, avec presque aucun virus, et donc une faible probabilité de propagation de l’infection », a déclaré Arnaout.
Ensuite, les chercheurs ont estimé la sensibilité clinique et le taux de faux négatifs en premier pour le test interne – qui a été parmi les premiers à être mis en œuvre à l’échelle nationale et considéré parmi les meilleurs de sa catégorie. L’analyse des résultats des tests répétés pour les près de 5000 patients qui ont été testés positifs a permis aux chercheurs de déterminer que le test interne fournissait un faux négatif dans environ 10% des cas, donnant au test une sensibilité clinique d’environ 90%.
Pour estimer la précision des autres tests, l’équipe a basé ses calculs sur la limite de détection de chaque test, ou LoD, définie comme la plus petite quantité d’ADN viral détectable qu’un test capturera 95% ou plus du temps.
Arnaout, Kirby et ses collègues ont démontré que la limite de détection peut être utilisée comme une approximation pour estimer la sensibilité clinique d’un test donné. Selon les calculs de l’équipe, un test avec une limite de détection de 1000 copies d’ADN viral par ml ne devrait détecter que 75% des patients atteints de COVID-19, fournissant à une personne sur quatre un faux négatif. L’équipe a également montré qu’un test disponible aujourd’hui manque jusqu’à une personne infectée sur trois, tandis qu’un autre peut manquer jusqu’à 60 pour cent des cas positifs.
Bien que tous les patients positifs au COVID manqués par des tests sensibles de PCR et de détection d’antigène ne soient pas infectieux pour d’autres, certains le seront, notent les chercheurs.
«Ces échecs saperont les efforts de santé publique et mettront les patients et leurs contacts en danger», a déclaré Arnaout. « Cela doit nous donner une pause, et nous devons vraiment évaluer chaque nouveau test, même dans notre empressement à augmenter la capacité de test pour comprendre dans quelle mesure ils soutiennent nos objectifs de test. »
La source:
Centre médical Beth Israel Deaconess