Dans un récent medRxiv * preprint report, un groupe de recherche israélien a décrit une nouvelle souche de SRAS-CoV-2 avec une mutation non synonyme dans sa glycoprotéine de pointe, appelée P681H; néanmoins, son émergence n’a pas été associée à une augmentation du taux d’infections, à une propagation facilitée ou à une évasion vaccinale.
La maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) sévit toujours dans le monde entier. En mars 2021, Israël s’est retrouvé au milieu de la troisième vague d’infection. Cela a abouti à un resserrement des restrictions à mesure que le nombre de cas augmente, malgré le déploiement en cours du vaccin.
L’un des problèmes les plus saillants est l’émergence de nouvelles variantes du SRAS-CoV-2 qui sont parfois liées à une propagation plus rapide et à une présentation clinique plus sévère. C’est pourquoi des efforts accrus pour séquencer des génomes viraux complets sont de la plus haute importance.
Sommaire
Qu’est-ce que la mutation P681H?
Des études récentes ont montré que la mutation P681H de la glycoprotéine de pointe du SRAS-CoV-2 devient omniprésente parmi les séquences virales. Il a été observé dès mars 2020 dans des échantillons d’Hawaï et du Nigéria, et se trouve également dans la variante B.1.1.7 à diffusion mondiale.
Ce que l’on sait de cette mutation, c’est qu’elle est située à côté du site de clivage de la furine dans la protéine glycoprotéine de pointe, soi-disant améliorant la transmissibilité du SARS-CoV-2 en induisant un changement de conformation dans la protéine susmentionnée, suite à l’activité de la protéase au niveau de la membrane cellulaire.
Afin d’évaluer la situation de cette mutation en Israël, ainsi que son importance pour la santé publique, un groupe de recherche dirigé par le Dr Neta S.Zuckerman du Laboratoire central de virologie, ministère israélien de la Santé, Sheba Medical Center en Israël, a décidé de caractériser la souche israélienne P618H, l’identifier dans des échantillons d’eaux usées et mener des expériences de neutralisation adéquates.
Efforts de séquençage et expériences de neutralisation
Les efforts d’échantillonnage aléatoire et la collecte d’échantillons cliniques positifs pour le SRAS-CoV-2 sont une entreprise de routine en Israël depuis décembre 2020. Cependant, afin de détecter avec précision de nouvelles variantes, une analyse bioinformatique détaillée a été poursuivie après les efforts de séquençage de cette étude.
En outre, le séquençage du génome entier d’échantillons provenant d’usines de traitement des eaux usées dans neuf sites à travers Israël (collectés une fois par mois entre août 2020 et janvier 2021) a également été poursuivi.
Le pouvoir de neutralisation des anticorps contre la souche locale israélienne P681H a été comparé aux effets de neutralisation d’autres souches qui circulent en Israël avec l’utilisation de cellules Vero-E6 (c’est-à-dire des cellules épithéliales rénales d’un singe vert africain).
Une présence croissante de P681H
Ici, nous rapportons 181 séquences qui font partie de la lignée B.1.1.50, mais forment une souche locale unique qui héberge la mutation P681H avec des mutations de définition supplémentaires », disent les chercheurs.
Les souches P681H ont été trouvées dans des échantillons cliniques depuis novembre 2020, mais l’effort de séquençage du SRAS-CoV-2 des eaux usées a montré que la mutation P681H était déjà en Israël en octobre 2020. En outre, la fréquence de cette mutation a augmenté depuis fin décembre 2020 en raison de une augmentation de la variante B.1.1.7 qui la porte également.
De plus, en utilisant des sérums d’individus vaccinés, des tests de neutralisation ont révélé des propriétés de neutralisation comparables des sérums contre la souche israélienne P681H, la souche B.1.1.7 et la souche non P681H.
Pas une variante préoccupante
Tout est dit, cette étude a montré que la souche locale P681H peut être neutralisée aussi efficacement que les souches fréquemment en circulation, ce qui a des implications importantes pour les vaccins actuellement utilisés.
«Comme la souche n’était pas associée à une infection ou à une propagation en escalade, et étant donné que la mutation P681H est observée dans d’autres souches de SRAS-CoV-2 dans le monde, cette variante locale émergente n’est actuellement pas définie comme une variante préoccupante», concluent les auteurs de l’étude.
Néanmoins, la surveillance continue de la souche P681H par séquençage de routine de nouvelle génération en Israël se poursuit, et ces données peuvent s’avérer très précieuses dans notre bataille continue contre le COVID-19.
*Avis important
medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique / les comportements liés à la santé ou être traités comme des informations établies.
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