Le microbiote intestinal pourrait peut-être un jour devenir un outil de routine pour le diagnostic précoce de nombreuses maladies et pour orienter le traitement, mais il manque actuellement de preuves scientifiques solides pour étayer ces affirmations. Pourtant, de jour en jour, les offres commerciales de kits de tests à faire soi-même se multiplient, pour l'instant totalement dépourvues de sens et de solidité scientifique. Pour mettre un terme à cette dérive, un panel international d'experts, coordonné par le Dr Gianluca Ianiro, a rédigé un « mode d'emploi » des meilleures pratiques en matière d'analyse du microbiote et des recommandations sur ses indications, méthodes d'analyse, présentation des résultats et potentiel. applications cliniques. Dans un article de consensus publié dans Lancet Gastroenterology & Hepatology, les lacunes actuelles dans les connaissances et les orientations futures de la recherche dans ce domaine sont également rappelées. L’objectif de cet article est de fournir un cadre réglementaire pour la fourniture de tests du microbiote humain et de réduire l’utilisation de tests inappropriés, afin d’ouvrir la voie à un développement fondé sur des preuves du diagnostic du microbiote humain en médecine.
Le microbiote intestinal est un médiateur clé d’un certain nombre de fonctions humaines essentielles : du métabolisme à la régulation immunitaire en passant par la réponse aux médicaments. Des déséquilibres dans sa composition (« dysbiose ») sont également associés à diverses maladies intestinales et extra-intestinales et peuvent influencer la réponse aux traitements (notamment contre le cancer). Bien que ce domaine soit encore pionnier, il existe déjà des retombées dans la pratique clinique. La manipulation du microbiote, par exemple par transplantation de microbiote fécal, constitue actuellement le traitement de routine des rechutes de l’infection à Clostridioides difficile. Plusieurs axes de recherche évaluent le microbiote intestinal comme outil possible de diagnostic, de pronostic, de stratification des risques et de réponse au traitement. Bref, l’intérêt et l’enthousiasme sont nombreux, mais les preuves scientifiques valables font actuellement défaut et les futurs médecins n’apprennent pas dans les universités comment interpréter un test du microbiote, ni comment le manipuler à des fins thérapeutiques. Mais le marché évolue plus vite que la science, comme cela s’est déjà produit dans le passé avec les tests génétiques à domicile.
Afin de donner une règle à cette nouvelle ruée vers l'or et de définir des normes de qualité et d'exactitude, un panel d'experts internationaux, dirigé par les professeurs Antonio Gasbarrini et Giovanni Cammarota et le Dr Gianluca Ianiro de la Fondazione Policlinico Gemelli (FPG)/Università Cattolica del Sacro Cuore (UCSC), parmi les pionniers absolus de la recherche sur le microbiote, a rédigé un document de consensus, publié dans Lancet Gastroenterology & Hepatology. «Ces dernières années», rappelle le Dr Serena Porcari de l'unité de gastroentérologie Fondazione Policlinico Gemelli et premier auteur de l'étude, «le microbiote intestinal a joué un rôle clé en tant qu'outil diagnostique, pronostique et thérapeutique. De ce point de vue, la première étape, pour une modulation ciblée du microbiote lui-même, est d'obtenir une standardisation de son analyse, régulée selon la définition de critères minimaux pour réaliser le test.
Cette initiative vise à établir des règles éthiques, organisationnelles et techniques pour le développement, l'utilisation commerciale et la mise en œuvre clinique de tests sur le microbiote. Le document est le résultat d'un consensus d'un consortium multidisciplinaire d'experts dans ce domaine, coordonné par le professeur Gianluca Ianiro, comprenant des cliniciens, des bioinformaticiens, des écologistes microbiens et des microbiologistes cliniques.
Le message à retenir du Consensus est que le moment n’est pas encore venu d’utiliser largement l’analyse du microbiote (en dehors des centres hautement spécialisés) dans la pratique clinique, notamment pour le diagnostic précoce de nombreuses maladies ou comme guide de traitement. « Des études d'intervention supplémentaires sont nécessaires pour évaluer l'efficacité d'une modulation personnalisée (et non « à taille unique ») basée sur les résultats de ces tests », déclare le professeur Giovanni Cammarota, professeur de gastroentérologie, UCSC et directeur du FPG. Unité de gastroentérologie.
Il est également nécessaire d'éduquer la communauté médicale pour mettre en œuvre ces tests dans la pratique clinique. « Ce document marque une étape décisive vers une standardisation devenue indispensable », affirme le professeur Antonio Gasbarrini, doyen de l'UCSC et directeur du Digestive Disease Center et du l'Unité de Médecine Interne et de Gastro-entérologie – faisant du microbiote un élément de plus en plus intégré dans la médecine personnalisée. Dans le contexte clinique, de telles lignes directrices seront essentielles pour traduire les avancées de la recherche en applications concrètes, améliorant ainsi la gestion de nombreuses maladies gastro-entérologiques et systémiques liées au microbiote.
En tant que doyen de la Faculté de médecine de l'Université catholique, je crois également que la standardisation proposée représente une contribution fondamentale non seulement à la pratique clinique et à la recherche, mais aussi à un enseignement innovant dans les cursus de médecine et de troisième cycle. En effet, les recommandations avancées par les experts offrent une référence scientifique solide et standardisée, immédiatement intégrable dans les programmes de formation pour préparer les médecins de demain à utiliser les tests du microbiote de manière critique et éclairée.
« Ce document de consensus représente une étape cruciale pour mettre de l'ordre dans le panorama actuel des tests de diagnostic sur le microbiote intestinal », souligne le professeur Maurizio Sanguinetti, professeur de microbiologie à l'Université catholique du Sacré-Cœur et directeur du département de laboratoire et des sciences hématologiques. , Fondazione Policlinico Gemelli. « La caractérisation diagnostique du microbiote intestinal doit reposer sur des normes rigoureuses, afin de garantir des résultats fiables et cliniquement utiles. Il ne s’agit pas d’un simple test de laboratoire, mais d’un outil complexe qui nécessite une compréhension approfondie de la dynamique microbienne et de son impact sur la santé humaine.
C'est pourquoi ces analyses doivent être réalisées par du personnel hautement qualifié possédant une expertise spécifique en microbiologie clinique et en bioinformatique. Dans notre laboratoire de microbiologie de la Fondazione Policlinico Gemelli, nous appliquons déjà des tests de diagnostic sur le microbiote intestinal en suivant les principes et les meilleures pratiques décrites dans le document. Il est essentiel d'investir dans la formation des futurs médecins et microbiologistes afin qu'ils acquièrent les compétences nécessaires pour interpréter correctement les résultats de ces tests et les appliquer efficacement dans la pratique clinique. Ce document constitue une base précieuse pour guider non seulement l'utilisation actuelle des tests, mais également leur développement futur, toujours dans l'optique d'une médecine factuelle et personnalisée.
