Cette semaine, les Centers for Diseases Control and Prevention ont mis en ligne leur première grande tranche de données génétiques avancées sur les virus de la rougeole qui se sont propagés l'année dernière. Les scientifiques connaissant l'opération s'attendent à ce que l'agence publie de nombreuses autres publications dans les semaines à venir, révélant si les États-Unis ont perdu leur statut d'élimination de la rougeole durement gagné.
Le CDC a caché les données pendant des mois alors qu'une équipe durement touchée par des licenciements massifs et des démissions triait les informations. Mais maintenant que les scientifiques de l'agence ont publié leur premier lot de génomes entiers de la rougeole – le schéma génétique des virus – le reste devrait « commencer à circuler plus facilement et à une cadence plus rapide », a déclaré Kristian Andersen, virologue évolutionniste au Scripps Research Institute qui n'est pas impliqué dans les efforts du CDC mais les suit.
Le CDC n’a pas répondu aux questions de KFF Health News sur son calendrier de publication de données ou d’analyses sur la rougeole. Cependant, une fois que toutes les données seront publiques, les chercheurs pourront effectuer des analyses initiales rapides qui indiqueront si les épidémies aux États-Unis l’année dernière résultent de la propagation continue de la maladie entre États, plutôt que d’introductions distinctes en provenance de l’étranger. S’il y a eu une transmission continue pendant un an, cela signifie que les États-Unis ont perdu leur statut de pays ayant éliminé la rougeole. Ce statut, que les États-Unis détiennent depuis 2000, reflète les taux de vaccination d'un pays : deux doses du vaccin rougeole-oreillons-rubéole préviennent la plupart des infections et empêchent ainsi la croissance des épidémies.
Des analyses plus minutieuses prennent des semaines.
« Nous devrions voir un rapport en avril », a déclaré Andersen, « en supposant qu'il n'y ait aucune ingérence politique ».
C’est la première fois que les États-Unis appliquent des techniques génomiques sophistiquées à la rougeole, qui a largement disparu du pays il y a un quart de siècle grâce à une large diffusion du vaccin.
La baisse des taux de vaccination, la désinformation, les coupes budgétaires de l’administration Trump et le retard dans la réponse aux épidémies ont alimenté une résurgence de la maladie. Avec au moins 2 285 cas dans 44 États, 2025 a été la pire année pour la rougeole depuis plus de trois décennies. Cette année, nous sommes en passe de dépasser ce chiffre, avec 1 575 cas fin mars.
Tout en saluant les données scientifiques, les chercheurs affirment que la priorité absolue du gouvernement devrait être d'arrêter la propagation du virus.
« Je pense qu'il est extrêmement important de procéder au séquençage du génome entier en cas d'épidémie », a déclaré Andersen, « mais nous ne devrions pas avoir besoin de le faire pour la rougeole en premier lieu, car nous disposons d'un vaccin extrêmement efficace et sûr ».
« Le fait que nous parlions de cela est fou », a-t-il ajouté.
Le secrétaire à la Santé et aux Services sociaux, Robert F. Kennedy Jr., et d'autres responsables gouvernementaux devraient tirer la sonnette d'alarme concernant le retour de la rougeole et lancer des campagnes de vaccination à l'échelle nationale, a déclaré Rekha Lakshmanan, directrice exécutive de The Immunization Partnership, une organisation à but non lucratif de Houston qui milite en faveur de l'accès aux vaccins.
« J'applaudis la science », a-t-elle déclaré, « mais le besoin le plus urgent est de maîtriser la rougeole le plus rapidement possible ».
Les hauts responsables ont plutôt minimisé la gravité de la maladie, et les fausses idées sur les vaccins ont retrouvé une nouvelle vie au sein du CDC de Kennedy. Cela inclut des changements brusques dans les informations sur les vaccins sur les sites Web des CDC qui, selon les associations médicales, ne sont pas fondées sur des preuves et mettent des vies en danger.
Kennedy continue de promouvoir des remèdes non éprouvés qui pourraient induire les parents en erreur en leur faisant croire qu'ils peuvent éviter les vaccins sans conséquence. Sur le Expérience Joe Rogan podcast fin février, Kennedy a longuement parlé des mesures visant à améliorer la santé des États-Unis, mais n'a pas mentionné les vaccins. Il a ajouté que les mesures préventives pourraient impliquer « une médecine holistique, ou la prise de vitamines, ou la prise de vitamine D, qui, comme vous le savez, est en quelque sorte miraculeuse ».
Ni le ministère de la Santé et des Services sociaux ni le CDC n'ont répondu aux questions de KFF Health News.
1 000 génomes
En décembre, le CDC a fait appel à l'un des principaux centres de séquençage des virus du pays, le Broad Institute de Cambridge, dans le Massachusetts. Des épidémies majeures au Texas, en Utah et en Caroline du Sud ont été alimentées par le même type de virus de la rougeole, appelé D8-9171. Mais comme ce type de virus circule également au Canada et au Mexique, les chercheurs ont besoin de plus de données pour déterminer s'il s'est propagé entre les États ou s'il est entré à plusieurs reprises aux États-Unis.
Le séquençage du génome entier fournit cette information car les virus évoluent avec le temps. Le virus de la rougeole acquiert une mutation toutes les deux à quatre transmissions entre personnes, a déclaré Bronwyn MacInnis, directeur de la surveillance des agents pathogènes au Broad.
« Il y a suffisamment de signaux dans ces données pour résoudre les questions qui se posent », a déclaré MacInnis, « la principale étant la transmission soutenue dans ce pays ».
L'équipe de MacInnis a travaillé des heures supplémentaires pour séquencer l'intégralité des génomes des virus de la rougeole inactivés qui avaient été collectés dans les États en 2025 et 2026.
« Nous avons effectué environ 1 000 échantillons et renvoyé les données génomiques au CDC », en les envoyant régulièrement depuis décembre, a déclaré MacInnis. « Ce sont les données à publier du CDC. »
Le CDC n’a publié aucun de ces génomes avant la fin mars, lorsque huit sont apparus dans une base de données publique hébergée par le Centre national d’information sur la biotechnologie. Au 1er avril, 154 personnes supplémentaires étaient en ligne.
« Il devrait être sur NCBI quelques semaines après sa production », a déclaré Andersen, « et certainement pas plus d'un mois en cas d'épidémie active ».
Les données génomiques contiennent des indices sur la façon dont les épidémies commencent et se propagent. Il permet aux chercheurs de développer des tests, des traitements et des vaccins – et de détecter les variantes qui pourraient y échapper.
Ces données étaient essentielles pendant la pandémie de Covid. Des scientifiques chinois et australiens ont mis en ligne le premier génome du SRAS-CoV-2 le 10 janvier 2020, moins d’une semaine après son séquençage. « Cela ne devrait certainement pas prendre des mois au CDC », a déclaré Eddie Holmes, le virologue australien qui a contribué à la publication de la première séquence du coronavirus.
L'une des raisons de ce retard est que le laboratoire de lutte contre la rougeole du CDC a cruellement manqué de personnel en raison de licenciements massifs et d'autres troubles au sein de l'agence au cours de l'année écoulée, a déclaré un scientifique du CDC à KFF Health News. Une autre raison, a ajouté le chercheur, est la courbe d'apprentissage : le CDC et les services de santé n'ont pas eu besoin de séquencer des centaines de génomes entiers de la rougeole auparavant. (KFF Health News a accepté de ne pas identifier le scientifique, qui craignait des représailles.)
Contrairement au CDC, le laboratoire de santé publique de l’Utah a rapidement partagé les génomes de la rougeole. La plupart des quelque 970 génomes de la rougeole mis en ligne depuis le 1er janvier 2025 ont été séquencés par l'État, originaire de l'Utah, de l'Arizona, de la Caroline du Sud et d'autres États disposés à les partager.
« Nous n'avons qu'une poignée d'échantillons du Texas qui ont été collectés au milieu de leur épidémie », a déclaré Kelly Oakeson, chercheuse en génomique au ministère de la Santé et des Services sociaux de l'Utah. Les génomes des virus de la rougeole du Texas et de l'Utah sont similaires mais distincts, a déclaré Oakeson, ce qui signifie qu'il manque des versions intermédiaires du virus.
Si le code génétique des virus collectés à la fin de l'épidémie au Texas correspond mieux à celui de l'Utah, cela suggérera que la propagation était continue et que le pays a perdu son statut d'État exempt de rougeole. Les centaines de séquences génomiques encore conservées au CDC détiennent probablement la réponse.
En attente du CDC
Le CDC devrait terminer son analyse avant avril, a déclaré Daniel Salas, directeur exécutif du programme de vaccination à l'Organisation panaméricaine de la santé, qui travaille avec l'Organisation mondiale de la santé. C'est à ce moment-là qu'il était prévu que l'OPS évalue la situation des États-Unis en matière de rougeole.
Il a déclaré que l'OPS avait retardé son évaluation jusqu'à la réunion annuelle de l'organisation en novembre, en partie parce que le CDC avait besoin de plus de temps pour faire l'analyse génomique et en partie parce que le statut de la rougeole au Mexique, en Bolivie et dans d'autres pays est également en cours d'examen, et que la tenue de réunions échelonnées pour chaque pays est inefficace.
Les États-Unis sont le seul pays à utiliser le séquençage complet du génome pour répondre à la question de l'élimination, a déclaré Salas. Généralement, les pays classent les virus de la rougeole en fonction d’un minuscule fragment de gènes, puis supposent que les grandes épidémies causées par le même type sont liées. Les génomes entiers offrent une vision plus précise.
« Si les États-Unis peuvent combler les lacunes avec des données génomiques, ce sera une sorte de percée », a déclaré Salas. « Cela ne veut pas dire que d'autres pays seront capables de réaliser ce genre d'analyse », a-t-il ajouté. « Cela nécessite beaucoup de connaissances et de ressources spécialisées. »
L'équipement permettant de séquencer et d'analyser les génomes coûte plus de 100 000 dollars, et le coût de traitement de chaque échantillon, y compris la rémunération des chercheurs impliqués, varie généralement de 100 à 500 dollars par séquence.
« Je suis pro-science, mais nous ne devrions pas avoir à faire cela », a déclaré Theresa McCarthy Flynn, présidente de la North Carolina Pediatrics Society. « Nous n'avons pas besoin d'avoir une épidémie de rougeole. »
Flynn a déclaré qu'elle répondait régulièrement aux questions de parents préoccupés par la désinformation diffusée par Kennedy et par des groupes anti-vaccins, y compris celui qu'il avait fondé avant de rejoindre l'administration Trump. Les parents ont également signalé des changements dans les recommandations du CDC et dans ses sites Web qui sont en contradiction avec le consensus scientifique.
Avant que Kennedy ne prenne la barre, un site Internet du CDC indiquait en gros caractères « Les vaccins ne provoquent pas l'autisme » et répertoriait plusieurs grandes études publiées dans des revues scientifiques de premier plan qui réfutaient un lien entre les vaccins et les troubles du développement.
L’année dernière, le site Web a déclaré : « Les études soutenant un lien ont été ignorées par les autorités sanitaires ». Les études de haute qualité ont été remplacées par un rapport rédigé par un seul chercheur ayant des liens avec des groupes anti-vaccins.
« Le CDC lui-même diffuse de la désinformation », a déclaré Flynn. « Je ne peux pas exagérer la gravité de cette situation. »
Bien que le directeur par intérim du CDC, Jay Bhattacharya, affirme que les vaccins sont le meilleur moyen de prévenir la rougeole, il a lui aussi sapé la politique vaccinale. Il a déclaré que la décision controversée de janvier de réduire le nombre de vaccins recommandés aux enfants était basée sur « la science de référence ». En fait, le nouveau calendrier fait des États-Unis une exception parmi les pays pairs.
Un tribunal fédéral a temporairement invalidé le changement le mois dernier dans le cadre d'un procès intenté par l'American Academy of Pediatrics et d'autres groupes.
Bhattacharya n'a pas tenu de séances d'information avec le public ou la presse sur la recrudescence de la rougeole cette année ni activé les capacités d'urgence du CDC.
« Normalement, nous aurions une forte pression pour augmenter les taux de vaccination dans les zones où ils sont faibles. Nous ferions une grande campagne sur les réseaux sociaux, publierions des publicités sur la vaccination », a déclaré un autre scientifique du CDC que KFF Health News a accepté de ne pas identifier, en raison des craintes de représailles. « Les gens du CDC veulent faire cela, mais les dirigeants politiques de l'agence n'ont pas permis au CDC de le faire. »
De plus, les coupes budgétaires et les retards de l’administration Trump dans les fonds publics de santé ont rendu difficile pour les responsables locaux de la santé de protéger les communautés. Philip Huang, directeur des services de santé et des services sociaux du comté de Dallas au Texas, a déclaré que le département avait perdu plus de 4 millions de dollars lorsque l'administration avait récupéré environ 11 milliards de dollars auprès des services de santé au début de l'année dernière, alors qu'une épidémie de rougeole augmentait dans l'État.
« Nous avons perdu 27 employés et avons dû annuler plus de 20 de nos efforts de vaccination communautaire, y compris dans les écoles identifiées comme ayant de faibles taux de vaccination », a-t-il déclaré. « Il y a des attaques simultanées contre les vaccinations qui rendent notre travail plus difficile. »
