L'Institut européen de bioinformatique de l'EMBL (EMBL-EBI) et ses partenaires ont lancé aujourd'hui le portail de données COVID-19, qui permet le partage et l'analyse des données relatives au nouveau coronavirus, le SRAS-CoV-2. L'initiative vise à faciliter la collaboration internationale pour accélérer les découvertes scientifiques, surveiller la pandémie et aider à développer des traitements et un vaccin pour le nouveau coronavirus.
Le portail de données COVID-19 est disponible sur http: // www.
Sommaire
Un effort international
Depuis le début de la pandémie de COVID-19, des milliers de chercheurs à travers le monde ont travaillé sans relâche pour étudier le nouveau coronavirus. Ils ont généré une énorme quantité d'informations, mais jusqu'à présent, il n'y avait pas de référentiel central pour ces informations.
Le portail de données COVID-19 répond à ce besoin, créant un espace partagé où les données sur le nouveau coronavirus peuvent être stockées, partagées et analysées à l'aide d'outils développés par EMBL-EBI et la communauté scientifique au sens large.
Aucun institut ou pays ne peut lutter contre cette pandémie. Nous devons travailler ensemble et partager les données de manière ouverte, durable et intelligente. En tant que berceau des données biologiques mondiales, EMBL-EBI est bien placé pour développer une infrastructure de partage de données pour COVID-19, mais nous avons besoin de l'aide de collaborateurs en Europe et dans le monde pour développer ce nouveau portail. «
Rolf Apweiler, directeur de l'EMBL-EBI
Une multitude de types de données
Actuellement, le portail de données COVID-19 comprend des ensembles de données provenant des ressources de données EMBL-EBI suivantes:
- Archives des nucléotides européens (ENA)
- UniProt
- Banque de données sur les protéines en Europe (PDBe)
- Banque de données de microscopie électronique (EMDB)
- Atlas d'expression
- Europe PMC
Ces ressources couvrent un large éventail de types de données, notamment des données génomiques, protéiques et microscopiques, ainsi que de la littérature scientifique.
Au cours des prochaines semaines, le portail comprendra également des données génomiques sur l'épidémie et un navigateur de cohorte dédié à la recherche de données cliniques et épidémiologiques.
« Les utilisateurs peuvent télécharger leurs données SARS-CoV-2 et accéder à des données provenant d'autres sources à travers le monde », explique Guy Cochrane, chef d'équipe pour la coordination et l'archivage des données à EMBL-EBI. « Nous travaillons dur pour rendre le portail intuitif et facile à utiliser. Le portail comprend également des outils d'analyse et de visualisation des données pour aider à interpréter les données. »
Accélérer les efforts
Dans les semaines et les mois à venir, des ensembles de données et des outils supplémentaires provenant d'autres projets européens seront ajoutés au portail de données COVID-19. Avec l'aide d'ELIXIR, l'organisation intergouvernementale qui rassemble les données et les ressources des sciences de la vie de toute l'Europe, et avec l'aide d'autres collaborateurs, le portail de données COVID-19 continuera de se développer.
«La science, la santé publique et les soins de santé doivent travailler ensemble si nous voulons minimiser l'impact de la pandémie de COVID-19», explique Marion Koopmans, chef du département de viroscience du centre médical Erasmus de Rotterdam et collaboratrice du COVID-19. Projet de portail de données. « Nous espérons que cette initiative permettra aux chercheurs, aux cliniciens et aux agents de santé publique de partager leurs données de manière sûre et efficace afin de trouver des réponses aux questions les plus urgentes sur COVID-19. »
Dans le cadre d'une réponse européenne plus large
Le portail de données COVID-19 est le point d'entrée de l'initiative plus large de la plate-forme européenne COVID-19, qui implique la création de plusieurs centres de données SARS-CoV-2. Ces pôles sont en cours de construction et, une fois prêts, organiseront le flux des données de séquence de l'épidémie et fourniront un partage complet et ouvert des données aux communautés de recherche européennes et mondiales accessibles via le portail de données.
« Le lancement de la plate-forme européenne de données COVID-19 est une mesure concrète importante pour une coopération renforcée dans la lutte contre le coronavirus », a déclaré la commissaire européenne Mariya Gabriel. « S'appuyant sur notre soutien dévoué à la science ouverte et au libre accès au fil des ans, le moment est venu d'intensifier nos efforts et de rester unis avec nos chercheurs. Grâce à nos efforts conjoints, nous pourrons mieux comprendre, diagnostiquer et, éventuellement, maîtriser la pandémie. »
Le portail de données européen COVID-19 et les centres de données SARS-CoV-2 utiliseront les infrastructures de données EMBL-EBI déjà établies, y compris le portail Pathogen et les archives européennes des nucléotides (ENA). Ce dernier fait partie des concentrateurs de données COMPARE, qui fournissent des outils d'analyse et de partage de données axés sur les agents pathogènes, et sera connecté au Cloud européen ouvert des sciences (EOSC).
La plateforme européenne de données COVID-19 est l'un des dix projets inclus dans la première version du plan d'action ERAvsCORONA lancé par la Commission européenne.
«Nous avons plus que jamais besoin de la science ouverte», déclare Kostas Glinos, chef de l'unité science ouverte de la Commission européenne. « Le partage de données et de connaissances à une vitesse sans précédent nous aidera à gagner la bataille contre la pandémie. Nous sommes très heureux de travailler avec EMBL-EBI et les autres partenaires dans cet effort commun. »
La plateforme européenne de données COVID-19 est un partenariat entre EMBL-EBI, ELIXIR et la Commission européenne. Les collaborateurs actuels travaillant avec EMBL-EBI pour fournir l'infrastructure de la plate-forme comprennent:
- Centre médical Erasmus (Pays-Bas)
- Université technique du Danemark
- Université Eotvos Lorand (Hongrie)
- Institut national de la santé publique et de l'environnement (Pays-Bas)
- Universitaetsklinikum Heidelberg (Allemagne)
Explorez le portail de données COVID-19 pour voir les données disponibles et soumettre des données.
La source:
Laboratoire européen de biologie moléculaire – Institut européen de bioinformatique
