Les scientifiques du monde entier se précipitent pour étudier la nouvelle souche de coronavirus, le coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2). Maintenant, il semble qu'il existe huit souches de SARS-CoV-2 circulant dans le monde. La bonne nouvelle est que, selon un médecin spécialiste des maladies infectieuses et un microbiologiste clinique Charles Chiu«Le virus mute si lentement que les souches virales sont fondamentalement très similaires les unes aux autres.»
En utilisant une technologie avancée pour séquencer rapidement le virus à partir d'échantillons de test, les chercheurs montrent qu'il n'y a que de très petites différences entre les différentes souches, et qu'aucune d'entre elles n'améliore la virulence virale. De plus, disent les scientifiques, aucune souche ne devient plus dangereuse avec un changement mutationnel continu.
Les scientifiques qui étudient le virus ont partagé leurs connaissances pour compiler une carte de séquence génétique sur NextStrain.org, un site Web en accès libre qui montre comment les différentes souches ont voyagé dans différentes régions et pays. Cette découverte est basée sur plus de 2000 séquences du génome viral qui ont été partagées avec les chercheurs jusqu'à présent. Des échantillons sont venus de tous les continents sauf l'Antarctique.
Epidémiologie génomique du nouveau coronavirus. Crédit d'image: Nextstrain
Faisant référence à la transmission du virus comme traçable, Chiu dit également: «Nous avons la capacité de faire un séquençage génomique presque en temps réel pour voir quelles souches ou lignées circulent.»
Sommaire
Pourquoi le suivi génétique est-il important?
La maladie est asymptomatique ou bénigne chez jusqu'à 80% des personnes, mais provoque une pneumonie, une insuffisance respiratoire et la mort dans 5 à 6% des cas dans l'ensemble si elle n'est pas traitée. En revanche, si le virus devait muter et devenir plus létal, il serait d'autant plus difficile pour les chercheurs de développer un vaccin efficace à base d'antigènes viraux.
Par exemple, la grippe saisonnière a un vaccin – mais il doit être mis à jour chaque année en raison des mutations nombreuses et rapides qui ont conduit à l'émergence de plusieurs souches différentes du virus de la grippe. Chaque année, les scientifiques doivent déchiffrer lesquelles de ces souches flottent le plus souvent et s'assurer que le vaccin contient ces souches.
En revanche, les virus tels que la varicelle et les virus de la rougeole subissent une mutation lente, et donc les vaccins immunisants contre eux offrent une immunité pendant de nombreuses années, peut-être à vie. À cet égard, le SARS-CoV-2 leur ressemble plus que le virus de la grippe. Même si l'étude montre que le virus ne mute qu'une fois tous les 15 jours environ, les mutations sont « complètement bénignes et utiles comme pièce de puzzle pour découvrir comment le virus se propage », selon le fondateur de NextStrain, Trevor Bedford.
Le coronavirus est-il en train de muter?
La première étape de la recherche génétique sur le SRAS-CoV-2 a été franchie par la Chine lorsque les généticiens ont révélé pour la première fois la séquence du génome viral. Selon le chercheur Peter Thielen, ces informations montrent une similitude plus étroite avec le comportement de la varicelle et de la rougeole. De plus, la disponibilité précoce de la séquence génétique virale a aidé au travail de développement de vaccins.
À l'heure actuelle, dit Thielen, ils étudient si le génome du virus change par rapport au génome initialement publié, et à quelle vitesse ce processus se produit. Les expériences menées jusqu'à présent se concentrent sur les mutations et les ont aidées à parvenir à un taux de mutation provisoire. De plus, cela aidera à déterminer dans quelle mesure les mesures de verrouillage fonctionnent pour contenir la propagation virale, car le type de virus transmis sera évident lors du séquençage génétique.
S'il y a une transmission communautaire répandue dans une région, cela montrera que les ordres de verrouillage ont été systématiquement violés. En revanche, une réduction importante de la transmission permettrait d'assouplir le verrouillage.
Le rapport, publié en ligne le 27 mars, se présente sous la forme d'une carte de suivi génétique basée sur ces données.
Les résultats
L'étude a montré que le virus a d'abord atteint le Royaume-Uni depuis Wuhan, en Chine, se rendant à Singapour et en Corée du Sud. L'étape suivante consistait à se propager via les passagers aériens à Londres. De là, le grand aéroport de la ville était la plaque tournante d'où le virus s'est propagé au reste de l'Europe et aux États-Unis.
À l'heure actuelle, selon les scientifiques, il y a toujours «un fort mélange d'échantillons à travers l'Europe, ce qui suggère que le virus a continué de traverser les frontières au cours des 3 à 5 dernières semaines». Une fois que les mesures de verrouillage commenceront à montrer plus d'effet, disent les enquêteurs, le résultat sera des grappes de transmission de chaque type ou souche du virus dans différents pays.
Aux États-Unis, cependant, les échantillons viraux des deux côtés du pays sont presque identiques. Par exemple, dans l'État de Washington, le virus a été introduit deux fois, et peut-être plus. L'origine serait la Chine ou l'Europe. L'effet est visible sous la forme de deux chaînes distinctes de propagation virale.
Cependant, en Californie et dans plusieurs autres États, le virus semble se propager probablement au sein de la communauté plutôt que d'être introduit de l'extérieur, affirment les scientifiques. En effet, de nombreux cas sur la côte ouest sont très similaires à une souche de Washington, qui à son tour n'est qu'à trois mutations de la première souche du virus trouvée, affirment les enquêteurs.
En Amérique centrale et en Amérique du Sud, le schéma n'est pas clair car seuls quelques échantillons ont été prélevés. Les nouvelles séquences déjà reçues ont été incorporées dans la carte, mais l'activité virale pourrait être plus intense que celle montrée.
En ce qui concerne l'Asie, les chercheurs insistent sur le fait qu'il semble que certains cas viennent d'Iran récemment.
En Afrique, le suivi génétique suggère que le virus est transmis localement à Kinshasa, une grande ville de la République démocratique du Congo, depuis plus de 11 jours maintenant. Ici aussi, le nombre d'échantillons est faible et l'image montrant peu d'activité COVID-19 est susceptible d'être trompeuse.
En Océanie, la propagation virale locale se produit en Nouvelle-Galles du Sud, en Australie, selon l'étude.
Qu'est-ce que ça veut dire?
Sur la base de ces études, dit Thielen, ils sont arrivés à la conclusion préliminaire que « ce serait probablement un seul vaccin plutôt qu'un vaccin qui doit être mis à jour chaque année, comme le vaccin contre la grippe ». Le premier vaccin sera probablement disponible dans le monde entier dans un an ou 18 mois.
Mises en garde Kristian Anderson, qui étudie également le modèle de transmission: «Nous avons actuellement un demi-million de cas décrits, mais peut-être 1 000 génomes séquencés. Il y a donc beaucoup de lignées qui nous manquent. «
