Une équipe de scientifiques des États-Unis a récemment dévoilé cette contamination environnementale du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SARS-CoV-2) dans les ménages par échantillonnage de surface. De plus, les résultats révèlent que certaines communautés bactériennes dans les échantillons de surface peuvent être utilisées comme prédicteurs du statut positif ou négatif du SRAS-CoV-2.
Étudier: La distribution du SRAS-CoV-2 dans les logements résidentiels suggère un dépôt par contact et est en corrélation avec Rothia sp. Crédit d’image : Luz Zuluaga Photographie/Shutterstock
L’étude est actuellement disponible sur le medRxiv* serveur de préimpression, pendant que l’article est soumis à une évaluation par les pairs
Sommaire
Fond
Le SRAS-CoV-2, l’agent pathogène responsable de la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19), est un virus à ARN simple brin enveloppé de sens positif qui se propage principalement via des gouttelettes respiratoires ou des aérosols. Cependant, il existe des preuves affirmant que la transmission virale peut se produire via des surfaces contaminées. Lors d’épidémies précédentes d’autres bêta-coronavirus, tels que le coronavirus du syndrome respiratoire du Moyen-Orient (MERS), plusieurs études ont été menées pour détecter la présence, la persistance et la viabilité du virus sur les surfaces et dans l’air. L’évaluation de la contamination environnementale est particulièrement utile pour comprendre la persistance de virus viables sur les surfaces à contact élevé dans les hôpitaux ou les chambres d’isolement qui peuvent participer activement à la transmission virale.
Dans la présente étude, les scientifiques ont évalué la présence du SRAS-CoV-2 sur les surfaces intérieures pour comprendre la possibilité d’une transmission virale directe (surfaces en contact) ou indirecte (via des gouttelettes ou des aérosols).
Étudier le design
Pour estimer les charges virales sur les surfaces, les scientifiques ont collecté un total de 381 échantillons dans trois unités d’habitation où résidaient en isolement des personnes infectées par le SRAS-CoV-2. Ils ont collecté des échantillons respiratoires de chaque individu infecté le jour de l’échantillonnage de surface. Tous les échantillons de surface ont été testés pour le SARS-CoV-2 à l’aide de la transcription inverse-amplification en chaîne par polymérase (RT-PCR).
En outre, les scientifiques ont recherché s’il existait une association entre le statut positif ou négatif du SRAS-CoV-2 et la présence de communautés bactériennes dans les échantillons testés.
Remarques importantes
Sur 381 échantillons testés, 178 étaient positifs pour le SRAS-CoV-2 (47%). Les taux de positivité étaient comparables dans deux logements (53 % et 61 %) ; cependant, la troisième unité avait un taux de positivité significativement plus faible (24 %). Dans toutes les unités testées, le taux de détection virale était le plus élevé dans les chambres. De même, la charge virale la plus élevée a été observée dans les surfaces à contact élevé (interrupteurs et poignées), suivies des sols et des objets très utilisés (réfrigérateur, évier, toilettes et lit). Dans les objets avec des surfaces et des poignées planes, tels que des réfrigérateurs, des armoires et des tiroirs, la charge virale détectable n’a été observée que sur des poignées touchées, mais pas sur des surfaces planes.
L’analyse de la diversité alpha des bactéries dans les échantillons testés a révélé une association statistiquement significative avec le statut positif/négatif du SRAS-CoV-2. Cependant, les résultats ont indiqué que la présence d’une communauté bactérienne n’est pas suffisante pour prédire le statut SARS-CoV-2 dans un seul échantillon.
Une analyse plus poussée des bactéries différentiellement abondantes dans les échantillons testés a révélé que Rothia dentocariosa est positivement associée au statut SARS-CoV-2. Rothia dentocariosa est une bactérie à Gram positif appartenant à la communauté microbienne normale localisée dans la bouche et les voies respiratoires. De plus, certaines communautés bactériennes appartenant au genre Corynébactérie ont été identifiés comme des prédicteurs d’échantillons positifs pour le SRAS-CoV-2.
Importance de l’étude
Les résultats de l’étude démontrent la présence du SARS-CoV-2 et des communautés bactériennes apparentées sur les surfaces à contact élevé des ménages avec des individus infectés par le SARS-CoV-2. L’étude souligne l’importance de l’échantillonnage de surface en tant que méthode sensible et peu coûteuse pour détecter la contamination environnementale par le SRAS-CoV-2 dans les logements résidentiels.
Surtout, l’étude a analysé les changements dans les communautés bactériennes chez les individus infectés par le SRAS-CoV-2 qui peuvent être détectés dans l’environnement intérieur. Dans de nombreux échantillons de surface obtenus à divers endroits, Rothia dentocariosa a été identifiée comme un prédicteur indépendant du statut positif pour le SRAS-CoV-2.
Bien que les communautés bactériennes appartenant au genre Corynébactérie ont été identifiés comme prédicteurs du statut SARS-CoV-2 dans des échantillons de surface, des études antérieures ont montré que les patients COVID-19 présentent un niveau significativement inférieur de Corynébactérie dans le microbiome buccal. Dans la présente étude, les scientifiques émettent l’hypothèse que la présence de Corynebacterium et du SRAS-CoV-2 dans des échantillons de surface pourrait être associée à une contamination cutanée.
*Avis important
medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, orienter la pratique clinique/le comportement lié à la santé, ou traités comme des informations établies.
