Une nouvelle étude avertit que la contamination des réactifs de laboratoire pourrait être en erreur les scientifiques du monde entier dans leur chasse aux maladies infectieuses émergentes. Les chercheurs ont constaté que les membranes de silice utilisées-communes dans les kits d'extraction d'acide nucléique-Parvovirus du port et d'autres contaminants viraux, créant des associations fausses-virus-host dans les données de séquençage métagénomique (MNG). Ces liens trompeurs peuvent affecter les diagnostics cliniques, la surveillance zoonotique et les réponses de santé publique.
Dans les analyses MNGS d'échantillons de patients de plusieurs régions en Chine, l'équipe a détecté des dizaines de séquences de parvovirus qui correspondaient étroitement aux virus précédemment attribués aux chauves-souris, aux oiseaux, aux pangolins et à d'autres animaux. Les enquêtes de suivi ont révélé que ces séquences provenaient non de patients mais des colonnes de silice et de certains tubes d'échantillonnage utilisés dans les flux de travail de laboratoire. Les tests sur 28 kits commerciaux ont montré une contamination de 13 familles virales différentes, les parvoviridae étant les plus fréquents.
Pour résoudre ce problème généralisé, les chercheurs ont développé la chaîne de données de découverte de virus panoramique (PVDDC) – un ensemble de données traçable de haute qualité intégrant les données génomiques virales, les flux de travail de laboratoire, les enregistrements de réactifs et les associations d'hôtes. La combinaison de la conservation des mégadonnées avec un modèle de grande langue ChatGPT – 4O, le PVDDC standardise les relations virus-host et permet le traçage de la contamination. Ils ont également lancé la base de données parvovirus (parvodb ， http: //web3.mgc.ac.cn: 8080 / parvodb /), une plate-forme publique avec des outils pour la recherche de déformation, des enregistrements de parvovirus humains, une surveillance de la contamination et un réseau hôte-virus.
En appliquant ce cadre, l'équipe a constaté que de nombreux parvovirus liés aux humains dans les bases de données publiques manquent de preuves expérimentales robustes et peuvent plutôt être des artefacts de contamination par réactifs. Seulement un petit sous-ensemble, le bocavirus humain et le parvovirus B19, les associations humaines fortes et bien soutenues.
Surtout, le cadre PVDDC ne se limite pas aux parvovirus – il peut être adapté pour étudier et atténuer la contamination pour un large éventail de taxons viraux, ce qui en fait un outil polyvalent pour améliorer la fiabilité de la surveillance des agents pathogènes basée sur les MNG. Les auteurs encouragent les chercheurs du monde entier à apporter des preuves de contamination à ParvodB, aidant à étendre sa portée et à renforcer la capacité mondiale de détecter, de tracer et d'attribuer correctement les virus dans les études cliniques et environnementales.
