Dans une étude récente publiée dans Forum ouvert sur les maladies infectieusesles chercheurs ont démontré les caractéristiques cliniques et l’infectiosité de la variante préoccupante (VOC) Omicron du syndrome respiratoire aigu sévère actuellement dominant 2 (SARS-CoV-2), par rapport à Delta, le COV précédemment dominant.
Sommaire
Arrière plan
L’Agence coréenne de contrôle et de prévention des maladies a confirmé 11 cas d’infection à Omicron et a rapidement transféré ces patients au centre médical d’Incheon (IMC) équipé de chambres d’isolement à pression négative. Tous ces patients avaient une maladie à coronavirus légère ou modérée 2019 (COVID-19) et un ou plusieurs symptômes au moment du diagnostic.
Bien qu’aucun des patients n’ait été immunodéprimé et n’ait reçu d’oxygène supplémentaire, de stéroïdes ou d’autres médicaments anti-inflammatoires, deux patients ont reçu un traitement par anticorps monoclonaux. Cinq patients avaient également une pneumonie, avec des signes d’atteinte du parenchyme pulmonaire. Notamment, deux patients avaient même reçu une deuxième dose du vaccin COVID-19 en octobre 2021. Cinq de ces patients étaient des hommes et six étaient des femmes, tous âgés en moyenne de 38 ans.
À propos de l’étude
Dans la présente étude, les chercheurs ont recueilli 110 échantillons respiratoires en série de 11 patients qui avaient confirmé une infection par le SRAS-CoV-2 due à Omicron en décembre 2021 lors de la première épidémie d’Omicron en Corée du Sud. Ils ont cultivé ces échantillons dans la lignée cellulaire Vero E6 pendant 14 jours après l’apparition des symptômes pour évaluer le taux de positivité de la culture virale.
Ils ont évalué l’excrétion virale infectieuse d’Omicron, le taux de positivité de la culture et les symptômes cliniques. Ils ont déterminé les charges d’acide ribonucléique (ARN) du SRAS-CoV-2 dans les échantillons respiratoires, c’est-à-dire logdix Copies d’ARN par ml par rapport à la durée des symptômes en jours. En outre, les chercheurs ont utilisé un test de transcription inverse en chaîne par polymérase (RT-PCR) en temps réel pour déterminer le seuil de cycle (CJ) valeurs pour le gène d’enveloppe (E) du SRAS-CoV-2. Les chercheurs ont converti le C moyenJ pendant 14 jours après l’apparition des symptômes à la charge virale pour comparer les différences quantitatives en fonction de la charge virale.
Résultats de l’étude
Les chercheurs ont isolé Omicron à partir de 48 échantillons de patients non vaccinés dans les huit jours suivant l’apparition des symptômes. Parmi ceux qui ont reçu un traitement par anticorps monoclonaux, l’un avait une culture positive tandis que l’autre avait une culture négative. Ils ont noté un maximum du gène E CJ valeur de 28,96 pour 48 échantillons qui ont donné des virus cultivables.
Le taux de positivité de la culture virale d’Omicron variait entre 22 % et 100 % chez les patients non vaccinés pendant les huit jours suivant l’apparition des symptômes. Comparé à Delta, Omicron avait une durée plus courte du taux de positivité de la culture virale (huit contre 10 jours) mais d’une ampleur plus élevée (100 % contre 74 %). Par la suite, les patients infectés par Omicron avaient une charge virale allant de 1,86 × 104 copies/mL à 5,69 × 108 copies/mL. Omicron avait un stade infectieux plus court que Delta ; cependant, le taux de positivité de la culture d’Omicron était supérieur à celui de la variante Delta. C’est peut-être la raison pour laquelle Omicron s’est répandu si rapidement dans le monde entier.
Omicron héberge plusieurs mutations uniques dans le domaine de liaison au récepteur (RBD) de la protéine de pointe (S) et le site de clivage de la furine (FCS). Les premières mutations ont amélioré sa transmissibilité, tandis que la seconde a amélioré son infectiosité et sa pathogénicité. Une autre découverte clé de l’étude était que la durée de la fièvre pourrait ne pas être bien corrélée avec le temps de conversion de la culture virale. Il y a un manque de preuves que l’amélioration de la fièvre fournit une base scientifique pour la sortie de l’isolement. D’autres études devraient déterminer si l’amélioration de la fièvre a une association significative avec une diminution de l’infectiosité.
conclusion
L’étude actuelle a montré comment le SRAS-CoV-2 cultivé à partir d’échantillons respiratoires d’individus infectés par Omicron pourrait servir de mesure de substitution de l’infectivité d’Omicron. Ces cultures virales sont devenues négatives après neuf jours d’apparition des symptômes, montrant ainsi qu’Omicron était infectieux pendant une durée plus courte. Cependant, son taux de culture positive était supérieur à celui de la variante Delta, ce qui explique pourquoi ses cas ont augmenté dans le monde entier. Dans l’ensemble, les données de l’étude confirment la transmissibilité élevée de la variante Omicron.
