Le virus de la grippe aviaire A(H5N1), qui s'est propagé au bétail et a infecté 14 personnes cette année, a été détecté grâce au séquençage du virome dans les eaux usées de 10 villes du Texas par des chercheurs de l'UTHealth Houston et du Baylor College of Medicine. Le virome est l'ensemble des virus présents dans un échantillon, dans ce cas un échantillon d'eaux usées.
L'information a été publiée dans le Journal de médecine de la Nouvelle-Angleterre.
Jusqu’en mars 2024, le virus H5N1 n’avait pas été détecté dans les 1 337 échantillons d’eaux usées analysés par l’équipe. Mais du 4 mars au 15 juillet (fin de la collecte de données pour cet article), le virus H5N1 a été détecté dans 10 des 10 villes, 22 des 23 sites et 100 des 399 échantillons. Cependant, l’abondance du virus H5N1 dans les échantillons d’eaux usées collectés au fil du temps n’était pas corrélée aux hospitalisations liées à la grippe au cours de la même période, de sorte que le risque pour la population était extrêmement faible.
UTHealth Houston et Baylor ont mis en place le programme de test des eaux usées dans le cadre du Texas Epidemic Public Health Institute (TEPHI).
Le protocole de séquençage utilisé par l’équipe permet de détecter des changements génétiques qui pourraient indiquer une adaptation du virus aux mammifères, voire aux humains. L’absence de charge clinique chez l’homme et d’informations génomiques suggère que la source de la charge virale trouvée dans les eaux usées au cours de cette période était d’origine animale. Mais une surveillance continue est essentielle pour surveiller toute adaptation évolutive qui indiquerait la possibilité d’une transmission du virus aux humains, ont conclu les chercheurs.
Les principaux auteurs de la lettre de revue étaient Michael J. Tisza, PhD, professeur adjoint de virologie moléculaire et de microbiologie à Baylor ; Blake Hanson, PhD, professeur adjoint au Centre des maladies infectieuses de l'École de santé publique de l'UTHealth Houston ; Eric Boerwinkle, PhD, directeur de TEPHI et doyen, titulaire de la chaire de génétique humaine de la famille Kozmetsky et de la chaire de santé publique M. David Low de l'École de santé publique ; et Anthony W. Maresso, PhD, titulaire de la chaire de virologie Joseph L. Melnick à Baylor. Boerwinkle et Hanson sont également membres du MD Anderson Cancer Center de l'Université du Texas et de l'École supérieure des sciences biomédicales de l'UTHealth Houston.
L'équipe détecte les virus dans les eaux usées en utilisant un ensemble de sondes virales ciblant des milliers d'espèces ou de variantes virales. Depuis mai 2022, TEPHI a détecté plus de 400 virus humains et animaux, dont plusieurs (SARS-CoV-2, grippe et mpox) ont été corrélés à des données de cas cliniques dans la population.
Français Les co-auteurs de la lettre de l'UTHealth Houston comprenaient Kristina Mena, PhD, titulaire de la chaire Jane Dale Owen en protection de la santé environnementale ; Anna Gitter, PhD ; Fuqing Wu, PhD ; Janelle Rios, MPH, PhD ; et Jennifer Deegan, MPAff. Du Baylor College of Medicine : Justin Clark, PhD ; Li Wang, MD, PhD ; Katelyn Payne, BS, Matthew Ross, PhD ; Sara Javornik Cregeen, PhD ; Juwan Cormier, PhD ; Vasanthi Avadhanula, PhD ; Austen Terwilliger, PhD ; Pedro Piedra, MD ; Joseph Petrosino, PhD. John Balliew, de l'El Paso Water Utility, était également co-auteur.
