Quatre vagues successives d’infection par le coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2), qui a provoqué la pandémie en cours de coronavirus 2019 (COVID-19), ont frappé Hong Kong.
Un article récent dans les Centers for Disease Control and Prevention (CDC) Maladies infectieuses émergentes révèle que le dernier d’entre eux était probablement dû à l’introduction d’une nouvelle variante du Népal. Cette nouvelle variante circulait dans la communauté depuis environ un mois avant que la dernière épidémie ne soit signalée.
Le SRAS-CoV-2 a été identifié comme ayant évolué en plusieurs clades de la souche originale de Wuhan. Dans le présent article, les chercheurs se sont concentrés sur la variante clade GH, qui s’est avérée induire de faibles niveaux d’inflammation et de gènes stimulés par l’interféron dans les cellules des voies respiratoires humaines, en culture.
Sommaire
Les flambées de Hong Kong
Hong Kong avait quatre vagues de COVID-19, avec un total de 10400 cas en février 2021. La vague 3 (fin juin à septembre 2020) a été attribuée à une seule introduction d’une variante virale du clade GR, tandis que la vague 4 (novembre 2020) à l’heure actuelle) est causée par un variant de clade GH.
Introduction et diffusion de la communauté
Bien que l’épidémie actuelle ait commencé en novembre 2020, les chercheurs avaient déjà, début octobre, trouvé des génomes viraux presque identiques de deux groupes de patients de deux complexes de bâtiments dans le même district. Tous ont montré la même variante de clade GH, contrairement aux cas survenus au cours de la troisième vague.
Nos résultats indiquent que ce virus clade GH nouvellement introduit circulait dans la communauté locale ≈1 mois avant le début de la quatrième vague épidémique à Hong Kong. »
Cependant, ils ont constaté que trois des quatre patients avec une infection importée dans un seul groupe près des cas index, ainsi que deux autres patients dans un autre district, avaient les mêmes génomes viraux. Ces patients étaient tous en quarantaine obligatoire et étaient arrivés sur le même vol la deuxième semaine de septembre 2020, en provenance du Népal.
Les trois premiers patients ont été mis en quarantaine dans un autre hôtel à proximité des deux bâtiments déjà mentionnés, tandis que les deux autres patients étaient dans un hôtel d’un autre quartier. Un quatrième patient du premier hôtel a développé le COVID-19 alors qu’il avait été testé négatif deux fois, à l’arrivée et après 12 jours, alors qu’il était toujours en quarantaine.
Cela pourrait indiquer que ce patient a eu une très longue période d’incubation après avoir été infecté au Népal, ou qu’il a été infecté pendant le vol. Il n’a été testé positif qu’après avoir été libéré de la quarantaine. Ceci présente une voie possible d’introduction de ce virus clade GH dans la communauté locale.
Bien sûr, il peut être arrivé via une autre chaîne de transmission non détectée.
Profil de mutation
L’analyse du génome viral montre que ce virus présente les mutations suivantes, à savoir: RdRp[L323P] affectant l’ARN polymérase ARN-dépendante, la mutation de pointe D614G, le cadre de lecture ouvert 3a ORF3a Q57H, ORF3bE14 et les mutations de la nucléocapside N S194L.
Parmi ceux-ci, la mutation Q57H conduit à la troncature ORF3b E14, qui affecte ORF3b, un antagoniste majeur de la voie de l’interféron. Ce virus de la vague 4 a été comparé au virus de la vague 3, qui n’a que D614G, et de la vague 1, qui n’a ni D614G ni Q57H.
Aucun avantage de réplication
L’étude de la réplication virale dans la culture d’organes humains et les organoïdes des voies respiratoires humaines a montré que le virus de la vague 4 dans le tissu bronchique humain avait un taux de réplication équivalent à celui du virus de la vague 1. Dans les tissus pulmonaires, cependant, il était plus lent à se répliquer que l’autre, lorsqu’il était évalué à 48 heures, 72 heures et 96 heures.
En revanche, le virus de la vague 3 s’est répliqué légèrement plus rapidement que le virus de la vague 1 dans la culture de cellules bronchiques humaines, mais pas dans les cultures de poumons humains. Ainsi, le virus de la vague 3 peut être meilleur à la réplication virale que le virus de la vague 1.
N’induit pas d’inflammation
En ce qui concerne la nature inflammatoire du virus, le virus de la vague 1 avait déjà été montré par ces chercheurs comme incapable d’induire de puissants médiateurs inflammatoires, comme le montrent les faibles taux de cytokines et chimiokines inflammatoires dans les cellules humaines infectées.
La mutation Q57H n’a pas modifié cette propriété. Lors de tests sur des cultures organoïdes respiratoires humaines, l’acide ribonucléique viral (ARN) des cellules infectées par le virus de la vague 3 ou le virus de la vague 4 s’est avéré être encore plus faible que dans les cellules infectées par le virus de la vague 1, d’environ une unité log.
Quelles sont les conclusions?
Le virus de la vague 4 a ainsi provoqué une faible expression des cytokines, des chimiokines et des gènes stimulés par l’interféron, comme le virus de la vague 1. Cependant, le virus de la vague 3 a provoqué une expression génique plus élevée que le virus de la vague 1, comme le montre la mesure de la protéine-10 induite par l’interféron-y.
Malgré la délétion majeure de l’ORF3b, nos résultats démontrent que le virus de la vague 4 n’a pas une capacité améliorée à se répliquer ex vivo et conserve une puissante capacité d’évasion immunitaire innée dans nos modèles expérimentaux.. »
Le virus de la vague 3 a des mutations uniques, principalement dans le gène ORF1ab et N. Il est un peu meilleur pour la réplication que les virus de la vague 1 ou de la vague 4, et peut induire une réponse immunitaire innée plus robuste, selon les observations faites dans les modèles expérimentaux.
Cependant, les résultats indiquent que le mutant SARS-CoV-2 responsable de la quatrième vague de COVID-19 à Hong Kong ne se réplique pas plus rapidement que les variantes précédentes, ni n’induit de puissantes réactions inflammatoires. La nécessité de politiques de confinement strictes demeure impérative, étant donné la nature hautement localisée des cas d’index.
