De nombreuses variantes du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2) sont apparues depuis le prototype initial de Wuhan-Hu-1. Les nouvelles variantes échappent à l’immunité préexistante en provoquant une réponse anticorps différente de celle des variantes précédentes.
La reconnaissance de la spécificité de la réponse anticorps (par exposition ou vaccination antérieure) est cruciale pour contourner les infections par le SRAS-CoV-2.
Une étude récente publiée sur le bioRxiv* Le serveur de préimpression a évalué la spécificité de la réponse anticorps provoquée par la variante Delta du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2).
Résultats
La protéine de pointe (S) de la variante Delta du SRAS-CoV-2 abrite de nombreuses mutations par rapport à la variante Wuhan-Hu-1, dont deux se trouvent dans le domaine de liaison au récepteur de pointe (RBD). La variante bêta du SRAS-CoV-2 contient également de multiples mutations, y compris au RBD. Les variantes Delta et Beta présentent toutes deux des mutations au site antigénique avec une sensibilité de neutralisation réduite aux anticorps générés par le vaccin ou à ceux générés en raison de l’infection du début de 2020 – la Beta montrant une plus grande réduction de la neutralisation.
La puissance de neutralisation du plasma a été réduite d’au moins 48 fois lors de l’élimination des anticorps de liaison Delta RBD. La variante bêta, la variante Delta et les variantes du début de 2020 ont principalement rendu une réponse d’anticorps neutralisants contre le RBD, bien que des épitopes non-RBD aient également été ciblés, tandis que les réponses d’anticorps neutralisants suscitées par les vaccins à ARNm sont hyper focalisées sur le RBD.
La réponse des anticorps neutralisants provoquée par deux doses de vaccin BNT162b2 s’est entièrement concentrée sur le RBD. Des titres de neutralisation plus élevés ont été enregistrés avec une infection par le variant Delta (contre les protéines de pointe Delta et D614G) par rapport à ceux après deux doses de vaccin COVID-19, ainsi qu’une réponse d’anticorps de neutralisation principalement axée sur RBD. Bien que l’infection Delta ait provoqué une réponse modérée des anticorps neutralisants non RBD contre le pic D614G, la réponse des anticorps neutralisants contre le pic Delta était complètement dirigée vers le RBD.
Il a été constaté qu’une réponse d’anticorps polyclonaux a été provoquée par la variante Delta et principalement axée sur l’épitope de classe 1 et de classe 2 du schéma de classification de Barnes. Un effet massif sur la liaison des anticorps a été trouvé avec des mutations aux sites 478 et 484-486. La liaison était affectée dans la plupart des cas par une mutation au site-472. Une réduction de la liaison des anticorps a également été notée avec des mutations au site P384 et à l’épitope de classe 4.
Par rapport à la variante Wuhan-Hu-1, les mutations au niveau du Delta-RBD étaient au niveau ou à proximité des épitopes de classe 1 et de classe 3. L’infection post-Delta de liaison aux anticorps était fortement affectée par des mutations au site K478.
Réponse d’anticorps au début de 2020, les variants Delta ou Beta ont été affectés par des mutations au niveau de l’épitope de classe 2 et au site 484. Pendant ce temps, les mutations d’épitope de classe 3 au site 443-452 ont rarement affecté la liaison, l’infection par le variant post-Delta. D’autre part, les anticorps induits par Delta affectés par la mutation de classe 1 avaient un effet plus faible sur les anticorps induits par Beta.
Le plasma infecté par le virus du début de 2020 a généré plusieurs classes d’anticorps mais était plus enclin aux anticorps de classe 2. Les plasmas de la variante bêta se sont regroupés entre les anticorps de classe 2 et 3, tandis que le plasma de la variante Delta s’est regroupé entre les anticorps de classe 1 et de classe 2.
Les épitopes de classe 1 et de classe 2 sont les sites d’intérêt des plasmas infectés par la variante Delta avec des mutations aux sites 417 et 484-486 – ce qui affecte énormément la liaison des anticorps. Les mutations au site K417 ont massivement affecté la liaison des anticorps du plasma de percée Delta par rapport au plasma d’infection primaire Delta, tandis que les mutations au site K478 ont eu un effet relativement modéré. Les résultats ont suggéré que l’immunité des anticorps de la percée de Delta se situait entre l’immunité induite par Delta primaire et l’immunité induite au début de 2020.
Une neutralisation puissante de la pointe D614G a été remarquée par le plasma de la percée Delta et deux doses de vaccin BNT162b2, alors qu’une neutralisation puissante de la pointe Delta a été observée avec une infection Delta primaire. Les mutations au niveau de Delta + K417N ont entraîné une neutralisation trois fois moindre pour les plasmas de percée Delta et deux doses de vaccin BNT162b2 par rapport au pic Delta. Une puissance de neutralisation deux fois moindre a été observée avec l’infection Delta primaire contre Delta + K417N par rapport au pic Delta. Cependant, la mutation K417N au niveau du pic D614G n’a eu aucun effet sur le plasma induit par le vaccin ou sur le plasma infecté au début de 2020.
Les mutations E484K ont largement affecté la neutralisation des anticorps pour le plasma induit par le vaccin à ARNm et le plasma induit au début de 2020 dans le contexte D614G. Dans quelques cas, E484K a réduit la neutralisation à un degré similaire à celui trouvé en supprimant tous les anticorps de liaison RBD. Un effet de neutralisation de huit fois a été trouvé avec le Delta + E484K contre les anticorps primaires induits par Delta. Alors que pour les anticorps induits par l’infection percée Delta et les anticorps induits par le vaccin ARNm, une triple neutralisation a été notée, ce qui est similaire à la mutation Delta + K417.
En outre, certaines pièces jointes d’anticorps de liaison 484 ont été supposées avoir été perturbées par la mutation L452R.
conclusion
Les résultats ont suggéré que l’infection Delta génère une réponse qui ressemble plus à celle de l’infection du début de 2020 qu’à l’infection Beta. De plus, la réponse à l’infection Delta a montré des différences subtiles par rapport aux réponses de percée Delta.
Les résultats ont illustré la dépendance de la réponse antigénique des mutations du SRAS-CoV-2 aux antécédents d’exposition, ce qui facilitera le développement de vaccins à large spectre.
*Avis important
bioRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique/les comportements liés à la santé, ou traités comme des informations établies.
