Des chercheurs de l’Académie polonaise des sciences de Varsovie ont identifié un sous-groupe de la variante B.1.1.7 récemment apparue du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2) qui peut conférer une résistance à la neutralisation des anticorps.
Le virus SARS-CoV-2 est l’agent responsable de la pandémie de maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) qui a maintenant coûté la vie à plus de 2,35 millions de personnes.
Le sous-groupe du variant préoccupant B.1.1.7 (VOC) contient des mutations dont il a été précédemment démontré qu’elles compromettaient la liaison des anticorps neutralisants.
Tomasz Lipniacki et ses collègues disent que les mutations dans le domaine de liaison au récepteur (RBD) de la protéine de pointe virale sont particulièrement préoccupantes, en particulier celles identifiées dans le motif de liaison au récepteur (RBM).
La protéine de pointe est la structure de surface que le virus utilise pour se lier aux cellules et les infecter en se fixant à l’enzyme 2 de conversion de l’angiotensine (ACE2) du récepteur de la cellule hôte.
Les chercheurs affirment que les mutations pourraient éventuellement conduire à des souches de «fuite immunitaire» qui peuvent réinfecter les individus en convalescence et réduire l’efficacité des vaccins actuellement utilisés dans les efforts de vaccination de masse.
«Ces mutants peuvent nuire à l’efficacité des vaccins existants et se développer en réponse à l’augmentation de la séroprévalence post-infection ou induite par le vaccin», écrit l’équipe.
Une version pré-imprimée du document de recherche est disponible sur le medRxiv* serveur, tandis que l’article est soumis à un examen par les pairs.
Sommaire
La variante B.1.1.7 s’est rapidement répandue depuis la mi-octobre 2020
Le variant B.1.1.7 s’est rapidement répandu depuis la mi-octobre 2020 et, en janvier 2021, il constituait environ 80% de tous les génomes du SRAS-CoV-2 séquencés en Angleterre.
La transmissibilité élevée de ce COV peut être exprimée en termes de son avantage réplicatif – défini comme le rapport du nombre de reproduction du COV à celui des souches non COV.
À ce jour, un certain nombre d’études ont estimé que l’avantage réplicatif se situait entre 1,47 et 2,24.
Comme c’est le cas pour toutes les souches virales, le variant B.1.1.7 continuera à muter, et compte tenu de son avantage réplicatif significatif, toutes les mutations acquises sont susceptibles de se propager à l’échelle mondiale.
«Comme cette souche se répandra probablement dans le monde entier vers la fixation, il est important de suivre son évolution moléculaire», affirment les chercheurs.
En quoi consistait l’étude actuelle?
En utilisant la base de données de l’Initiative mondiale sur le partage des données sur la grippe aviaire (GISAID), Lipniacki et ses collègues ont estimé les taux de croissance des mutations acquises par B.1.1.7.
Cela a révélé un sous-groupe avec une substitution L18F dans la protéine de pointe qui se développe rapidement au Royaume-Uni.
Cette substitution de leucine en phénylalanine dans le résidu 18 a été signalée pour la première fois dans le génome d’une souche de COV recueillie le 4 décembre.e, 2020.
Au 5 févriere, 2021, jusqu’à 850 pointes de génomes de COV L18F avaient été signalées en Angleterre.
Sur la base des données recueillies entre le 7 décembreth, 2020 et 17 janvierth, 2021, les chercheurs ont montré que le sous-groupe L18F s’était propagé de manière exponentielle en Angleterre. Ils ont estimé un avantage réplicatif de 1,70 par rapport aux sous-réseaux B.1.1.7 restants.
Les mutations RBM sont particulièrement préoccupantes
Lipniacki et ses collègues disent que les mutations dans la RBD de la protéine de pointe sont particulièrement préoccupantes, en particulier les substitutions E484K et S494P trouvées dans la RBM.
Surtout, la mutation LI8F s’est étendue dans la variante sud-africaine 501Y.V2 qui contient les mutations de pointe E484K et N501Y. Des études ont suggéré que E484K peut compromettre la liaison des anticorps neutralisants de classe 2, tandis que la mutation A501V compromet la liaison des anticorps de classe 1.
De plus, dans une étude de 2021 publiée dans Science, la substitution S494P a été caractérisée comme une mutation d’échappement, avec six autres résidus d’échappement dans le RBM qui comprenait F490.
Dans l’étude actuelle, Lipniacki et ses collègues ont également identifié F490S comme une mutation d’échappement potentielle.
Que conseillent les auteurs?
«Ces mutations peuvent potentiellement conduire à des mutants de fuite immunitaire, entraînant une réinfection des individus convalescents et une diminution de l’efficacité des vaccins actuels», préviennent les chercheurs.
«La propagation de telles mutations est facilitée par un avantage réplicatif élevé de la souche VOC et une sélection potentielle due au nombre croissant d’individus convalescents ou immunisés», ajoutent-ils.
De même, une étude publiée en 2021 a montré que la substitution L18F compromet la liaison des anticorps neutralisants, suggérant que l’avantage réplicatif des mutants L18F peut être en partie associé à la capacité d’infecter des individus séroprévalence (qui ont déjà des anticorps anti-SRAS-CoV-2) .
«À son tour, la propagation de mutations dans les résidus d’échappement (L18, E484, F490S ou S494) sur la souche VOC suggère une pression de sélection croissante résultant de la croissance de la fraction séroprévalence de la population d’Angleterre», explique Lipniacki et ses collègues.
«Cette tendance peut être renforcée par le programme de vaccination en cours en anglais, dans lequel le laps de temps relativement long entre la première et la deuxième dose peut être un facteur contributif», conclut l’équipe.
*Avis important
medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas examinés par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, orienter la pratique clinique / les comportements liés à la santé, ou traités comme des informations établies.