Les variantes virales dérivées d’Omicron sont actuellement responsables de la plupart des infections par le SRAS-CoV-2 dans le monde. Comparé aux variantes virales antérieures, Omicron provoque rarement une maladie grave. Selon les connaissances actuelles, l’une des principales raisons à cela est qu’Omicron infecte moins efficacement les cellules pulmonaires et provoque donc moins fréquemment des pneumonies. Cependant, une équipe internationale comprenant des scientifiques du Centre allemand des primates – Institut Leibniz pour la recherche sur les primates, a maintenant identifié une mutation dans la protéine de pointe du sous-variant Omicron BA.5 qui permet au virus d’infecter à nouveau efficacement les cellules pulmonaires. L’étude démontre qu’au cours de l’évolution des sous-variantes d’Omicron, des virus peuvent apparaître qui retrouvent la capacité de se propager efficacement dans les poumons et de provoquer une maladie grave chez les patients à risque et les personnes dont l’immunité est insuffisante (Nature Communications).
Sous-variantes d’Omicron
Les sous-variantes BA.1 et BA.2 Omicron ont dominé la pandémie de COVID-19 au premier semestre 2022. Par rapport aux variantes précédemment en circulation telles que la variante Delta, ces sous-variantes Omicron ont en commun qu’elles ne peuvent pas infecter efficacement les cellules pulmonaires. Jusqu’à présent, il n’était pas clair si la sous-variante BA.5 d’Omicron, qui a remplacé d’autres sous-variantes d’Omicron à l’automne 2022, avait une capacité tout aussi médiocre à infecter les cellules pulmonaires. Une équipe de scientifiques dirigée par Markus Hoffmann et Stefan Pöhlmann du Centre allemand des primates a maintenant montré qu’en raison d’une mutation de la protéine de pointe, BA.5 infecte en fait les cellules pulmonaires beaucoup plus efficacement que les sous-variantes précédentes d’Omicron.
Mutation dans la protéine de pointe
Les chercheurs ont découvert que la protéine de pointe de la sous-variante BA.5 d’Omicron est clivée plus efficacement que dans les sous-variantes précédentes. En outre, la protéine de pointe de BA.5 négocie l’entrée du virus dans les cellules pulmonaires et fusionne les cellules pulmonaires avec une plus grande efficacité. Pour étudier comment le virus pénètre dans les cellules pulmonaires, les chercheurs ont utilisé des « pseudo-virus », un système modèle sûr du véritable agent pathogène.
Nous avons constaté que BA.5 a acquis une mutation qui permet au virus de pénétrer plus efficacement dans les cellules pulmonaires que les sous-variantes Omicron précédemment dominantes. Ainsi, l’évolution en cours des sous-variantes d’Omicron peut produire à l’avenir des virus qui se propagent efficacement dans les voies respiratoires inférieures et peuvent provoquer une maladie grave, du moins chez les patients sans protection immunitaire efficace.
Markus Hoffmann, premier auteur de l’étude
Les propriétés altérées d’Omicron BA.5 sont dues à une mutation clé connue sous le nom de « H69Δ/V70Δ ».
Confirmation avec le vrai virus
Pour confirmer les résultats avec de vrais virus, l’équipe de Christian Drosten du service de virologie de la Charité – hôpital universitaire de Berlin a mené d’autres expériences. Les chercheurs ont montré que de vrais virus de la souche BA.5 infectent également efficacement les cellules pulmonaires, corroborant les résultats de Göttingen. Pour déterminer si Omicron BA.5 infecte également les cellules pulmonaires d’organismes vivants, des chercheurs de l’Université de l’Iowa aux États-Unis ont comparé les poumons de souris infectées par BA.5 avec celles ayant reçu d’autres sous-variantes. Ils ont découvert que BA.5 se répliquait jusqu’à 1000 fois plus efficacement dans les poumons de souris par rapport aux sous-variantes antérieures d’Omicron. De plus, des expériences avec des furets au Friedrich-Loeffler-Institut de Greifswald – Insel Riems, en Allemagne, ont révélé que la sous-variante BA.5 se propage plus efficacement dans les voies respiratoires supérieures que les variantes virales antérieures. « Dans l’ensemble, cela suggère que, de la même manière que les autres sous-variantes d’Omicron, BA.5 est hautement contagieux et a en outre développé la capacité d’infecter efficacement les cellules pulmonaires », déclare Stefan Pöhlmann, chef de l’unité de biologie des infections au Centre allemand des primates. « L’évolution ultérieure des sous-variantes d’Omicron doit donc être surveillée de près afin de pouvoir identifier rapidement les variantes présentant un potentiel de risque accru. »
