Au cours des premières phases de la pandémie de maladie à coronavirus 2019 (COVID-19), la rapidité et l’approche des réponses des différents pays à la pandémie ont été essentielles pour maintenir le nombre de cas à un faible niveau.
En règle générale, les gouvernements qui ont mis du temps à imposer des restrictions ou à empêcher les voyages à l’intérieur du pays ont eu très tôt du mal à faire face à l’augmentation des hospitalisations. Dans le même temps, des pays comme Singapour et la Nouvelle-Zélande ont été largement applaudis pour leurs méthodes efficaces. Dans plusieurs pays, ces mesures préventives comprenaient l’isolement obligatoire pour les personnes voyageant dans le pays, soit pour laisser le temps à l’individu de se faire tester, soit pour que les symptômes se manifestent.
Étude: Détection précoce des variantes du SRAS-CoV-2 à l’aide de la surveillance génomique basée sur les voyageurs dans quatre aéroports américains. Crédit d’image : Thanakorn.P / Shutterstock.com
Dans une étude récente publiée sur le serveur de préimpression medRxiv*, des chercheurs de Ginkgo Bioworks discutent de leurs efforts pour détecter le coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2) et ses variantes chez les voyageurs entrant aux États-Unis.
Sommaire
À propos de l’étude
Les voyageurs arrivant aux aéroports John F. Kennedy de New York ou de San Francisco sur sept vols directs en provenance de l’Inde ont été surveillés pendant environ deux mois entre le 29 septembre 2021 et le 27 novembre 2021. De plus, l’aéroport international Hartsfield-Jackson d’Atlanta a été ajouté. entre le 28 novembre 2021 et le 23 janvier 2022, où la participation était offerte aux voyageurs en provenance d’Afrique du Sud, du Nigéria, du Royaume-Uni, de France, d’Allemagne et du Brésil, avec environ 50 vols arrivant à Atlanta chaque jour en provenance de ces pays.
Flux de travail pour la collecte d’échantillons groupés et individuels à l’aéroport pour détecter les variantes préoccupantes du SRAS-CoV-2 dans le cadre d’un programme de surveillance des voyageurs internationaux à l’arrivée, États-Unis, du 29 septembre au 23 janvier 2022. une Un test COVID-19 négatif était nécessaire pour embarquer sur un vol vers les États-Unis conformément à la commande du CDC ; la fenêtre de temps pour les tests avant le départ a été raccourcie de 3 jours à 1 jour le 6 décembre 2021. b Les analyses comprenaient des tests RT-PCR de tous les échantillons dans les 24 à 48 heures suivant le prélèvement des échantillons et le séquençage du génome entier de tous les échantillons positifs dans un délai médian de 11 jours.
Les participants n’étaient éligibles à l’inclusion que s’ils avaient 18 ans ou plus et avaient fourni un consentement éclairé et répondu aux questions démographiques, cliniques et sur les antécédents de voyage.
Les participants à l’étude ont ensuite été invités à fournir des échantillons de salive et de nez trois à cinq jours après leur arrivée. Ces échantillons ont ensuite subi des tests de transcription inverse-amplification en chaîne par polymérase (RT-PCR) pour le SRAS-CoV-2, tous les échantillons testés positifs étant ensuite utilisés pour le séquençage du génome entier et la détermination de la lignée variante. Les tests exacts de Fisher ont évalué les différences dans les taux de positivité regroupés sur les deux périodes de collecte différentes et par pays d’origine.
Résultats de l’étude
Pris ensemble, environ 16 000 voyageurs ont été inscrits à l’étude actuelle, dont environ 161 000 étaient éligibles. Au total, 1 454 pools d’échantillons ont été récupérés, dont 221 se sont révélés positifs pour le SRAS-CoV-2.
La positivité du SARS-CoV-2 a augmenté au fil du temps, passant de 1,8 % pendant la période de septembre à novembre à 20,9 % après le 27 novembre 2021. Le pourcentage de positivité des échantillons regroupés était significativement différent en fonction du pays d’origine, les vols en provenance d’Afrique du Sud faisant en moyenne 43,5%, tandis que les vols en provenance d’Inde affichaient en moyenne 9,3% de positivité.
Les variantes du SRAS-CoV-2 qui ont été détectées ont également varié au fil du temps, toutes les lignées détectées avant le 28 novembre 2021, divergeant de la variante Delta. autre qu’une lignée indéterminée. Comparativement, entre le 28 novembre et janvier 2022, seuls 5 % des échantillons étaient Delta, tandis que 27 % étaient indéterminés en raison de la faible couverture de séquençage des échantillons, et tous les échantillons restants étaient Omicron.
Proportions de variantes détectées parmi les voyageurs internationaux à l’arrivée et notification rapide des sous-variantes d’Omicron. A, Proportions de lignées et de sous-lignées de variantes identifiées parmi les échantillons séquencés par semaine de collecte, du 28 novembre 2021 au 23 janvier 2022. B, Chronologie des sous-variantes d’Omicron signalées aux États-Unis, comparant la première déclaration dans GISAID de BA.2 et BA.3 par le programme de surveillance génomique basée sur les voyageurs (en bleu) par rapport aux premières déclarations d’autres laboratoires (en vert). La ponctualité du programme pour la première notification de BA.2 (le 24 décembre) et de BA.3 (le 22 décembre) était respectivement de 7 et 43 jours plus tôt que la prochaine notification dans GISAID.
Sur les 145 séquences Omicron identifiées, 112 ont montré une défaillance complète ou partielle de la cible du gène de pointe (SGTF); cependant, cela n’a pas été observé dans les sous-lignées BA.2. La grande majorité des sous-lignées Omicron détectées étaient BA.1; cependant, BA1.1, BA.2, BA.3, BA.2 + Orf1a:M85 et BA.2 + S:R346K ont tous été détectés, ainsi que quatre échantillons Omicron dont les sous-lignées n’ont pas pu être déterminées. L’un des échantillons BA.2 récupérés le 14 décembre 2021 était le premier cas signalé de BA.2 aux États-Unis, tout comme l’un des échantillons BA.3.
Le programme a identifié avec succès de nouvelles variantes du SRAS-CoV-2 lorsqu’elles ont été importées aux États-Unis, y compris deux sous-lignées Omicron qui ont été détectées avant d’être signalées ailleurs dans le pays. Comme prévu, le nombre de tests positifs a considérablement augmenté après l’émergence d’Omicron.
Fait intéressant, le nombre de tests positifs a également augmenté après le 6 décembre 2021, lorsque les passagers ont dû faire prélever un échantillon négatif avant le départ. Cela pourrait être dû à une mauvaise sensibilité lors des tests ou à des passagers arrivant sur des vols particulièrement long-courriers qui sont devenus infectieux pendant le voyage. Il est également possible que certains voyageurs aient présenté des résultats de test frauduleux pour voler.
conclusion
Les auteurs soulignent l’évolutivité et l’adaptabilité de leur programme de dépistage et recommandent qu’une méthode similaire soit adoptée à l’avenir. Cela permettrait une détection plus rapide des nouvelles variantes du SRAS-CoV-2, car actuellement, beaucoup ne sont identifiées qu’après s’être déjà largement propagées.
De plus, l’approche de l’étude permet des systèmes d’alerte précoce au cas où un grand nombre de cas positifs provenant de pays particuliers émergeraient. Cela permettrait par la suite de mettre en place des restrictions de voyage en cas de besoin, sans avoir à se fier aux numéros de cas parfois inexacts fournis par certains gouvernements.
Plusieurs pays d’Asie du Sud-Est ont été salués pour le faible nombre de cas au début de la pandémie, malgré leur proximité avec le pays d’origine. En fait, bon nombre de ces pays ont attribué leur succès aux programmes de suivi et de localisation qui ont été lancés très tôt dans la pandémie. Par conséquent, une adoption plus généralisée de cette approche pourrait aider à réduire le nombre de cas lors de futures pandémies.
*Avis important
medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique/les comportements liés à la santé, ou traités comme des informations établies.
