Des chercheurs aux États-Unis et en Inde ont présenté la première preuve connue que le déploiement de la vaccination contre la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) restreint les voies d’échappement évolutives et immunitaires accessibles au coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2).
Venky Soundararajan de nference Labs, à Cambridge, Massachusetts et ses collègues ont découvert que la diversité des lignées SARS-CoV-2 diminue au niveau du pays à mesure que les taux de vaccination de masse COVID-19 augmentent.
Les chercheurs ont également découvert que, par rapport aux patients COVID-19 non vaccinés, les individus vaccinés qui ont développé une infection révolutionnaire par le SRAS-CoV-2 hébergeaient des virus avec une diversité significativement plus faible dans les épitopes des cellules B qui sont exploités après la vaccination.
« Cette étude démontre que la vaccination de masse peut constituer un obstacle antigénique à l’évolution de variantes du SRAS-CoV-2 plus aptes et plus transmissives, soulignant le besoin urgent d’endiguer l’hésitation vaccinale comme une étape clé pour atténuer le fardeau mondial du COVID-19, », écrit l’équipe.
Une version pré-imprimée du document de recherche est disponible sur le site medRxiv* serveur, tandis que l’article est soumis à une évaluation par les pairs.
Sommaire
Comprendre l’évolution du SRAS-CoV-2 est impératif pour lutter contre la pandémie
La réponse immunitaire de l’hôte à la suite d’une infection par le SRAS-CoV-2 est une pression sélective clé qui influence l’émergence de nouvelles souches virales.
« Comprendre les tendances longitudinales de l’évolution du SRAS-CoV-2 et cartographier le paysage mutationnel de l’antigène est impératif pour lutter de manière globale contre la pandémie en cours et les épidémies futures », déclare Soundararajan et ses collègues.
Le développement rapide des vaccins COVID-19 et le déploiement massif de la vaccination dans de nombreux pays ont permis à plus de 800 millions de personnes d’être désormais entièrement immunisées dans le monde.
Une telle immunisation accélérée d’une grande partie de la population au plus fort de la pandémie en cours pourrait augmenter considérablement la pression évolutive sur le virus SARS-CoV-2, préviennent les chercheurs.
« Cependant, à ce jour, il n’y a pas eu d’étude complète sur l’impact des efforts mondiaux de vaccination sur l’évolution du SRAS-CoV-2 », écrivent-ils.
La disponibilité de données partagées à l’échelle mondiale offre une « opportunité opportune »
Depuis le début de l’épidémie de COVID-19 fin décembre 2019, les efforts mondiaux de partage de données ont entraîné le dépôt de plus de 1,8 million de génomes du SRAS-CoV-2 de 183 pays et territoires dans la base de données de l’Initiative mondiale sur le partage des données sur la grippe aviaire (GISAID). d’ici mai 2021.
« La disponibilité des données génomiques et immunologiques offre une opportunité opportune de caractériser systématiquement le paysage mutationnel antigénique du SRAS-CoV-2 », déclare Soundararajan et ses collègues.
Qu’ont fait les chercheurs ?
Les chercheurs ont mené une analyse longitudinale des génomes du SRAS-CoV-2 disponibles dans la base de données GISAID pour capturer les modèles d’évolution virale associés à la vaccination. Ils ont également effectué le séquençage du génome viral pour 23 patients vaccinés avec COVID-19 révolutionnaire et 30 patients COVID-19 non vaccinés.
L’analyse des 1,8 million de génomes du SRAS-CoV-2 a révélé un total de 1 296 lignées virales différentes.
Les génomes du SRAS-CoV-2 montrent un déclin mondial de la diversité des séquences coïncidant avec la vaccination de masse contre le COVID-19. (a) Aperçu schématique de l’estimation de la diversité génomique du SRAS-CoV-2 (bc) Diversité des lignées SARS-CoV-2 dans les données GISAID, quantifiée à l’aide de l’entropie de la distribution de probabilité de la lignée dans des fenêtres de temps d’un mois. Les lignes pointillées verticales indiquent le moment où les pays ont atteint une couverture vaccinale de 1 % de leur population totale. (d) Diagramme de dispersion montrant la corrélation entre le pourcentage au niveau du pays d’individus complètement vaccinés (d’après OWID21) et l’entropie de la lignée SARS-CoV-2. (e) Distribution du coefficient de corrélation de Pearson entre le pourcentage au niveau du pays d’individus complètement vaccinés et l’entropie de la lignée SARS-CoV-2 pour les 25 pays avec plus de 25 % de leur population complètement vaccinée (au 26 juin 2021) et à au moins 4 mois avec 100 séquences ou plus déposées au GISAID, après le début de la vaccination. Le code ISO 3166-1 alpha-3 des pays inclus et leur corrélation Pearson sont répertoriés dans la légende de la figure.
Étonnamment, l’équipe a constaté que la diversité de ces lignées a diminué à l’échelle mondiale, ce déclin semblant coïncider avec le début du déploiement de la vaccination de masse.
Lorsque les chercheurs ont analysé la relation entre les taux de vaccination et l’entropie de la lignée dans 25 pays où plus de 25 % de la population était entièrement vaccinée, ils ont découvert que le déclin de la diversité des lignées était en effet corrélé à l’augmentation des taux de vaccination de masse.
De plus, le déclin de la diversité des lignées était associé à une dominance accrue des variantes préoccupantes B.1.1.7 (alpha), B.1.1.617 (delta) et P.1 (gamma), suggérant que ces variantes pourraient être » Lignées SARS-CoV-2.
Les épitopes des cellules B avaient une charge mutationnelle plus élevée que les épitopes des cellules T
Étant donné que les vaccins COVID-19 exploitent les épitopes des cellules B et T, l’équipe a analysé la prévalence des mutations dans chaque résidu d’épitope connu.
Cela a révélé une charge mutationnelle plus élevée dans la neutralisation des épitopes de cellules B que dans la neutralisation des épitopes de cellules T.
De plus, les variants préoccupants contenaient plus de mutations dans les épitopes des cellules B que les non-variants préoccupants.
L’équipe affirme que les résultats suggèrent que la protéine de pointe du SRAS-CoV-2 subit actuellement une forte pression de sélection induite par les cellules B, avec des variantes préoccupantes présentant les augmentations les plus significatives des mutations de l’épitope des cellules B.
La protéine de pointe virale est la structure principale que le SRAS-CoV-2 utilise pour infecter les cellules hôtes et le site principal hébergeant des mutations émergentes qui confèrent la transmissibilité accrue et l’évasion immunitaire qui ont été observées pour certaines variantes.
En effet, le séquençage génomique des génomes du SRAS-CoV-2 de patients COVID-19 a révélé que les individus non vaccinés partageaient significativement plus de similarités mutationnelles d’épitopes de cellules B avec des variantes préoccupantes que les patients vaccinés qui ont développé une infection révolutionnaire.
Qu’ont conclu les auteurs ?
« Cette étude présente la première preuve connue que les vaccins COVID-19 restreignent fondamentalement les voies d’échappement évolutives et antigéniques accessibles au SRAS-CoV-2 », explique Soundararajan et ses collègues.
Les chercheurs disent que bien que l’analyse n’ait pas prédit directement les néo-épitopes variants, elle met en évidence l’importance des épitopes qui sont mutés de manière récurrente au cours de l’évolution virale en réponse à la pression immunitaire.
« Le bénéfice sociétal de la vaccination de masse peut donc aller bien au-delà de l’atténuation largement signalée du risque d’infection par le SRAS-CoV-2 et de l’amélioration de la transmission communautaire, pour inclure l’endiguement de l’évolution virale galopante », concluent-ils.
*Avis important
medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, orienter la pratique clinique/le comportement lié à la santé, ou traités comme des informations établies.
