Une équipe de scientifiques britanniques a récemment révélé que la variante alpha (B.1.1.7) du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2) est responsable de la troisième vague pandémique en Écosse et que la variante est associée avec une maladie à coronavirus plus sévère 2019 (COVID-19). L’étude est actuellement disponible sur le medRxiv* serveur de préimpression.
Sommaire
Fond
La variante alpha du SRAS-CoV-2 a été identifiée pour la première fois au Royaume-Uni en septembre 2020. La variante est caractérisée par 21 mutations génomiques, dont 8 mutations dans la glycoprotéine de pointe. Ces mutations sont responsables de l’affinité de liaison significativement élevée du pic alpha pour l’enzyme de conversion de l’angiotensine 2 (ACE2) du récepteur de la cellule hôte.
Récemment, des études ont rapporté que l’infection par le variant alpha augmente le risque d’hospitalisation et de mortalité à 28 jours. Cependant, il existe des preuves contradictoires affirmant que la variante n’a pas d’impact sur la gravité clinique de COVID-19.
Dans la présente étude, les scientifiques ont étudié la dynamique de transmission des variantes alpha et les caractéristiques cliniques en Écosse, au Royaume-Uni.
Étudier le design
Les scientifiques ont analysé les séquences génomiques du SRAS-CoV-2 obtenues sur un total de 1 475 patients. En outre, ils ont effectué un séquençage de nouvelle génération basé sur des amplicons pour identifier les variantes causales. Dans l’ensemble, la cohorte de l’étude comprenait à la fois des patients hospitalisés et des patients en milieu communautaire.
Pour déterminer la corrélation entre l’infection alpha et la gravité de la maladie, ils ont utilisé un modèle mixte linéaire généralisé cumulatif qui comprend une échelle de gravité maximale en 4 points basée sur le besoin d’assistance respiratoire à 28 jours. En outre, ils ont estimé le taux de transmission de la variante alpha en Écosse à l’aide d’un modèle de population à taux de croissance exponentielle phylogénétique.
Introduction et croissance de la lignée B.1.1.7 au Royaume-Uni A) Vagues de cas confirmés de SRAS-CoV-2 au Royaume-Uni B) Moyenne mobile sur sept jours des cas quotidiens positifs à la PCR (orange) et du nombre total de patients hospitalisés ( bleu foncé) avec COVID-19 en Écosse pendant la période d’étude. La zone grisée représente la période de confinement commençant le 26/12/2020 C) Variantes au Royaume-Uni D) Proportion de cas par lignée dans la cohorte de gravité clinique E) Variantes en Écosse montrant trois vagues distinctes en hiver et au début du printemps 2020, été 2020 , et automne/hiver, attribués au passage de B1 et autres variantes (bleu clair) à B.1.177 (bleu foncé) puis B.1.1.7 (orange). Les vagues un et deux reflètent étroitement la situation au Royaume-Uni dans son ensemble, car elles sont liées à la fois aux introductions d’Europe continentale et d’Angleterre. La troisième vague a une origine unique dans le Kent, donc l’Écosse est en retard sur l’Angleterre en nombre de cas F) Estimations des taux de croissance des principales lignées en Écosse à partir de phylogénies résolues dans le temps. Des estimations ont été effectuées sur un sous-échantillon des lignées nommées en utilisant des séquences d’Écosse uniquement de novembre 2020 à mars 2021 en utilisant BEAST et un modèle de taille de population efficace à croissance exponentielle.
Remarques importantes
Les résultats de l’étude ont révélé que la variante alpha du SRAS-CoV-2 est responsable de la troisième vague de pandémie de COVID-19 en Écosse. Le variant présentait une transmissibilité 5 fois plus élevée que le variant cocirculant B.1.177 responsable de la deuxième vague pandémique.
Les résultats de l’analyse du séquençage du génome entier ont révélé que sur 1.475 patients inscrits, 364 étaient infectés par la variante alpha, 1.030 par B.1.177 et 81 par d’autres variantes cocirculantes.
Gravité clinique du COVID-19
L’étude a révélé une association positive entre l’infection alpha et la gravité de la maladie. Par rapport aux infections causées par d’autres variantes cocirculantes, les infections par la variante alpha étaient cliniquement plus graves. Plus précisément, les patients infectés par le variant alpha présentaient des charges virales plus élevées que les autres patients. De plus, une augmentation modérée du risque de nécessiter un supplément d’oxygène a été observée après une infection par le variant alpha.
Un impact relativement plus faible de la variante alpha sur la gravité de la maladie a été observé dans un ensemble distinct d’analyses menées spécifiquement sur des patients hospitalisés. Comme l’ont mentionné les scientifiques, cela pourrait être dû à la plus petite taille de l’échantillon.
Contrairement aux preuves précédentes, aucune association n’a été observée entre l’infection alpha et la mortalité à 28 jours. De même, aucune preuve établissant un lien entre l’infection alpha et un séjour hospitalier plus long n’a été trouvée dans l’étude.
Importance de l’étude
Collectivement, les résultats de l’étude révèlent que la variante alpha du SRAS-CoV-2 a une transmissibilité 5 fois plus élevée que les autres variantes en co-circulation, justifiant sa propagation rapide en Écosse. De plus, les patients infectés par cette variante peuvent subir des conséquences cliniques plus graves, y compris le besoin d’oxygène supplémentaire.
Sur la base de ces résultats, les scientifiques suggèrent que dans les pays à faible couverture vaccinale où la variante alpha n’est toujours pas dominante, une amélioration supplémentaire des établissements de santé est nécessaire de toute urgence pour répondre aux exigences médicales d’éventuelles épidémies alpha.
*Avis important
medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, orienter la pratique clinique/le comportement lié à la santé, ou traités comme des informations établies.
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