À ce jour, le coronavirus-2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SARS-CoV-2) a fait plus de 5,31 millions de morts dans le monde. Plusieurs vaccins contre la maladie à coronavirus (COVID-19) ont été développés par des scientifiques qui ont reçu une approbation ou une autorisation d’utilisation d’urgence, et, par la suite, des programmes de vaccination ont commencé dans de nombreuses régions du monde. Les vaccins disponibles ont été conçus contre la protéine de pointe de la souche originale du SRAS-CoV-2 qui a été signalée à Wuhan, en Chine, en 2019. Ces vaccins provoquent des anticorps contre les protéines de pointe ainsi que des réponses des lymphocytes T qui protègent contre une maladie grave.
Étude : Réduction de la neutralisation du variant SARS-COV-2 Omicron-B.1.1.529 par le sérum post-immunisation. Crédit d’image: Orpheus FX
Sommaire
Fond
Depuis le début de la pandémie de COVID-19, le virus SARS-CoV-2 a évolué en raison de mutations du génome viral. Les nouvelles variantes du SARS-CoV-2 sont caractérisées pour être plus transmissibles et virulentes par rapport à la souche d’origine. De plus, certaines des variantes peuvent échapper aux réponses immunitaires induites par la vaccination COVID-19 et l’infection naturelle.
Une surveillance génomique approfondie a indiqué l’émergence de milliers de mutations individuelles des génomes du virus COVID-19 à divers endroits. Certaines des variantes du SRAS-CoV-2 telles que l’Alpha, le Beta, le Gamma et le Delta contiennent des mutations dans le Receptor Binding Motif (RBM) de la protéine de pointe. Selon le mécanisme de l’infection par le SRAS-CoV-2, la protéine de pointe se lie à l’ACE2 des cellules hôtes, ce qui est suivi d’une fusion des membranes et, par la suite, provoque une infection.
Des études antérieures ont indiqué que la mutation dans la région du pic entraîne une augmentation du taux de transmission car elle améliore l’affinité du virus envers l’ACE2 ou conduit à une évasion immunitaire. Ces variantes ont été classées comme variantes préoccupantes (COV). À l’heure actuelle, la souche Delta est considérée comme la souche dominante du SRAS-CoV-2 en circulation.
Récemment, un autre nouveau COV, connu sous le nom d’Omicron (B.1.1.529), a été signalé en Afrique du Sud. Cette variante a suscité une plus grande inquiétude dans la communauté scientifique en raison de son taux de transmission élevé. Des études sud-africaines récentes, basées sur la variante Omicron, ont indiqué que cette variante peut infecter une population où 60 à 80% des individus présentent des preuves sérologiques d’une infection ou d’une vaccination COVID-19 antérieure. Bien que ces études aient souligné qu’Omicron peut provoquer des infections à percée, elles n’ont pas indiqué la manifestation d’une infection plus grave.
Caractérisation du variant préoccupant Omicron SARS-CoV-2
Les scientifiques ont révélé qu’Omicron contient un grand nombre de mutations dans la protéine de pointe par rapport aux autres COV. Il comprend trente substitutions d’acides aminés, six délétions de résidus et l’insertion de trois résidus. Les mutations sont principalement présentes dans la région RBM. C’est peut-être la raison pour laquelle Omicron montre une affinité élevée pour l’ACE2 qui diminue l’activité de neutralisation des anticorps de liaison au RBM dont la fonction principale a été d’entraver l’interaction avec l’ACE2.
De plus, des mutations sont également trouvées dans le domaine de liaison au récepteur (RBD) de la protéine de pointe et dans le domaine N-terminal. Les chercheurs pensent que de nombreuses mutations dans la région du pic sont responsables d’une affinité plus élevée pour l’ACE2 et d’une évasion de la réponse en anticorps.
Efficacité des vaccins COVID-19 contre la variante Omicron SARS-CoV-2
En grande partie, les scientifiques sont sceptiques quant au fait que la variante Omicron puisse infecter les individus vaccinés. Cependant, une nouvelle étude publiée sur le medRxiv* le serveur de préimpression a effectué des tests de neutralisation à l’aide d’un isolat Omicron obtenu auprès de patients résidant au Royaume-Uni. Dans cette étude, des tests de neutralisation ont été effectués à l’aide d’échantillons de sérums prélevés sur des individus sains vaccinés qui ont reçu deux doses du vaccin Oxford-AstraZeneca (AZD1222) ou du vaccin Pfizer-BioNTech (BNT162b2). Des échantillons ont été prélevés quatre semaines après la deuxième dose de vaccin, qui a été administrée 8 à 11 semaines après la première.
Cette cohorte d’étude comprenait vingt-deux participants qui ont reçu le vaccin AZD1222 et vingt et un participants qui ont reçu le vaccin BNT162b2. Les scientifiques ont comparé les titres de neutralisation contre Omicron avec les titres de neutralisation contre Victoria (SARS-CoV-2/human/AUS/VIC01/2020), un isolat précoce lié à Wuhan, et les variantes Beta et Delta. Dans cette étude, les titres neutralisants des échantillons de sérum appartenant à des individus ayant reçu le vaccin homologue AZD1222 ont baissé en dessous du seuil détectable chez tous les participants sauf un. De plus, les titres neutralisants médians des échantillons de sérum appartenant à des individus ayant reçu le BNT162b2 homologue ont également chuté de manière significative dans le cas du variant Omicron. Cependant, le titre neutralisant est resté élevé contre la souche Victoria.
Dans une étude en cours, les auteurs étudient l’efficacité de la stratégie de rappel COVID-19 contre la variante Omicron. Cela aiderait à comprendre l’efficacité de la stratégie de vaccination de rappel pour gérer la nouvelle variante préoccupante, en termes de gravité de la maladie et de transmission du virus. Les auteurs ont indiqué que la fuite immunitaire pourrait conduire Omicron à remplacer la souche Delta et à devenir la principale souche mondiale. Dans ce cas, un nouveau vaccin conçu spécifiquement pour la souche Omicron doit être conçu pour protéger les individus contre l’infection.
L’inefficacité des vaccins contre la variante Omicron a incité les scientifiques à envisager de passer de la conception de vaccins monovalents aux formulations de vaccins multivalents qui sont actuellement suivies pour le vaccin antigrippal. À l’heure actuelle, la vaccination rapide du groupe non vacciné reste la priorité pour réduire la transmission ainsi que la gravité de l’infection.
*Avis important
medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, orienter la pratique clinique/le comportement lié à la santé, ou traités comme des informations établies.
