Dans une récente étude publiée sur medRxiv* serveur de préimpression, les chercheurs ont évalué la variation du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2) chez les hôtes.
La reconstruction des liaisons de transmission du SARS-CoV-2 est devenue de plus en plus difficile en raison de la variation limitée des séquences consensus du SARS-CoV-2. Tandis que les chercheurs précédents ont observé la variation parmi différentes infections SARS-CoV-2, il y a des caractéristiques insuffisantes liées aux variations d’intra-hôte.
Sommaire
À propos de l’étude
Dans la présente étude, les chercheurs explorent le rôle de la diversité intra-hôte du SRAS-CoV-2 dans les liaisons de transmission pour comparer les variantes intra-hôte partagées avec les individus n’ayant aucun lien détectable.
L’équipe a obtenu des échantillons d’un total de quatre études prospectives sur le SRAS-CoV-2 : (1) une étude prospective sur la transmission domestique comprenant des cas index caractérisés par au moins une infection par le SRAS-CoV-2 confirmée par transcription inverse-amplification en chaîne par polymérase quantitative ( RT-qPCR) inscrits avec les membres de leur ménage ; (2) un essai randomisé, contrôlé par endroit et en simple aveugle qui a évalué la réduction de la durée des symptômes ou de l’excrétion virale ; (3) un essai contrôlé randomisé de phase 2 qui a évalué l’effet du favipiravir antiviral sur l’excrétion virale ; et (4) une étude qui a quantifié l’excrétion du SRAS-CoV-2 dans un masque non invasif.
De plus, l’équipe a obtenu des écouvillons nasaux pour l’extraction de l’acide ribonucléique (ARN). Appel de variantes ainsi qu’une génération de séquence consensus à partir de lectures de séquençage brutes. L’équipe a également identifié la diversité intra-hôte partagée dans les échantillons nasaux collectés en comparant les paires uniques d’échantillons. De plus, l’équipe a détecté une variante de nucléotide unique intra-hôte partagée (iSNV) et a déterminé les fréquences moyennes de l’allèle mineur au niveau des iSNV partagés dans chaque échantillon. Les chercheurs ont également exploré les schémas de variation partagée entre les échantillons intra-hôtes à partir d’une étude de transmission des ménages.
Résultats
L’étude comprenait des échantillons d’écouvillons nasaux résiduels agrégés provenant des quatre études de recherche sur le SRAS-CoV-2 recueillies entre mars 2020 et mai 2021. Les échantillons avaient une profondeur de couverture moyenne de 1714 lectures, avec près de 99 % du génome viral couvert par un minimum de 10 lectures. L’équipe a noté que la profondeur de couverture était inversement associée au seuil du cycle RT-qPCR, indiquant sa relation positive avec la charge virale.
Les échantillons nasaux collectés ont été répartis sur plusieurs lignées SARS-CoV-2 qui étaient prédominantes au moment de l’échantillonnage. Une distance moyenne par paire de 37,4 polymorphismes mononucléotidiques fixes (SNP) a été observée, parmi lesquels 42,3% des séquences consensus obtenues à partir du même individu différaient de zéro à un SNP. De plus, près de 32 % des paires de séquences consensus appartenaient à différents individus résidant dans le même ménage et présentaient une différence de zéro à un SNP.
L’équipe a également observé que 83,1 % des échantillons présentaient au moins un iSNV avec un minimum de 1,0 % de fréquence d’allèles mineurs. De plus, le nombre de diversités intra-hôte récupérées est passé à 20 iSNV avec 0, 5% et 27 iSNV avec 0, 2% de fréquences d’allèles mineurs. L’équipe a également noté que la récupération de la variation intra-hôte a montré que les fréquences des allèles mineurs avaient une faible corrélation entre les individus échantillonnés longitudinalement.
Les séquences consensus prélevées sur le même hôte ont également montré un nombre 8,83 fois plus élevé d’iSNV par rapport aux échantillons prélevés sur différents individus. La signature spécifique à l’hôte a également diminué à mesure que le seuil de fréquence des allèles mineurs augmentait. L’équipe a également remarqué que les paires de personnes appartenant au même ménage partageaient plus d’iSNV que les individus appartenant à différents ménages infectés par la même variante.
De plus, l’application d’une fréquence stricte d’allèles mineurs a considérablement réduit le nombre d’iSNV détectés dans un échantillon. Cela a encore réduit l’ampleur des iSNV partagés entre les échantillons. Cependant, il a été constaté que les membres du ménage partageaient un plus grand nombre d’iSNV que les individus non liés. En outre, à travers tous les seuils de fréquences d’allèles mineurs, les paires d’échantillons individuels obtenus du même ménage partageaient également une diversité de population plus élevée que les échantillons obtenus de différents ménages infectés par la même variante du SRAS-CoV-2.
Conclusion
Les découvertes d’étude ont prouvé que la variation des séquences SARS-CoV-2 trouvées dans différents hôtes peut être partagée par des paires de boîte de vitesses. Ces séquences partagées pourraient potentiellement apporter des informations liées à la liaison de transmission compte tenu de la diversité présente parmi les échantillons consensus. Les chercheurs pensaient que les diversités détectées parmi les agents pathogènes provoquant des infections individuelles pourraient améliorer la résolution des inférences de transmission virale.
*Avis important
medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique/les comportements liés à la santé, ou traités comme des informations établies.
