L’Amérique du Nord a 87% de tous les variants de protéine SARS-CoV-2 S uniques dans la base de données NCBI sur six continents

Les protéines de pointe (S) à la surface du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2) sont cruciales pour déterminer l’infectivité et l’antigénicité du virus. La protéine de pointe a déjà subi plusieurs mutations, et ces mutations ont influencé l’évasion du système immunitaire et stimulé la transmission virale. Cela a conduit à une augmentation de la morbidité et de la mortalité, et ces changements négatifs causés par des mutations sont à l’étude.

Analyse de variantes uniques de protéines S sur six continents

Les protéines de pointe sont d’un grand intérêt pour les chercheurs sous de nombreux angles, y compris la pathogénicité et l’épidémiologie. Récemment, une équipe de chercheurs de divers pays a analysé les variantes uniques des protéines S sur six continents, dont l’Afrique, l’Asie, l’Océanie, l’Europe, l’Amérique du Sud et l’Amérique du Nord. Ils voulaient caractériser les variantes uniques de la protéine S incorporées dans les génomes du SRAS-CoV-2 infectant des millions de personnes dans le monde. Cette équipe a publié son étude sous forme de pré-impression sur le bioRxiv* serveur.

Il existe encore de nombreuses variantes uniques de la protéine S sur tous les continents qui peuvent se propager d’une personne à l’autre à travers des communautés proches ou par des mutations spontanées provoquant une condition qui peut devenir alarmante. « 

L’Afrique a le pourcentage le plus élevé de protéines S uniques par rapport aux cinq autres continents

Les résultats de l’équipe montrent que l’Afrique avait le pourcentage le plus élevé (29,065%) de protéines S uniques par rapport aux autres continents faisant partie de l’étude. Fait intéressant, l’Amérique du Nord avait 87% (14046) de toutes (16143) protéines S spécifiques dans la base de données NCBI sur tous les continents. En outre, les protéines S d’Amérique du Nord présentaient des mutations dans presque toutes les positions de résidus d’acides aminés (1184 sur 1273), tandis que des variantes S uniques d’autres continents présentaient des mutations dans seulement 16 à 20% des résidus. Par conséquent, même avec des voyages internationaux limités, les protéines S de ces cinq continents vont probablement acquérir des mutations à d’autres positions, où des mutations existent déjà dans les variantes nord-américaines, grâce à l’évolution naturelle.

La relation phylogénétique implique que les protéines S uniques en Amérique du Nord étaient considérablement différentes des protéines S des autres continents

Sur la base des distributions de la fréquence des acides aminés dans les variantes de la protéine S sur tous les continents, une relation phylogénétique a été cartographiée. Cette relation impliquait que les protéines S uniques d’Amérique du Nord étaient considérablement différentes des protéines S des cinq autres continents.

Les variantes nord-américaines sont susceptibles de se propager à d’autres endroits au fil du temps par le biais de mutations émergentes naturelles ou de voyages. Par conséquent, il y a une forte probabilité que les variantes uniques de l’Amérique du Nord se propagent aux autres continents via les voyages internationaux.

De nouvelles variantes du SRAS-CoV-2 pourraient émerger, provoquant plus de vagues de la pandémie de COVID-19

Même lorsqu’une population atteint un seuil d’immunité de troupeau élevé pour un variant viral, il existe un risque de résurgence de nouvelles variantes avec des capacités d’échapper à l’immunité. Ceci est préoccupant et soulève des questions importantes. Certaines des questions importantes sont les suivantes: faut-il associer l’immunité collective post-infection à la vaccination pour une meilleure protection? et l’OMS signalera-t-elle les nouvelles variantes préoccupantes à inclure dans les «vaccins de nouvelle génération»?

De plus, la possibilité de mutations plus graves dans la RBD virale originaire d’Inde et des États-Unis ne peut être exclue. Par conséquent, l’émergence de nouvelles variantes du SRAS-CoV-2 qui pourraient causer les quatrième et cinquième vagues de la pandémie de COVID-19 est une possibilité.

Les vaccins en cours de développement doivent être soigneusement examinés pour leur efficacité contre les nouveaux variants de la protéine S

Sur la base des résultats de l’étude, les auteurs recommandent des restrictions de voyage internationales et des programmes de vaccination de masse comme mesures urgentes pour contenir la propagation du SRAS-CoV-2. Ils suggèrent également un examen attentif de l’efficacité des vaccins actuellement disponibles et de ceux en cours de développement. Si nécessaire, les vaccins doivent être repensés davantage en fonction des besoins changeants dus aux variantes émergentes de la protéine S.

Une vaccination massive est nécessaire pour lutter contre le COVID-19, et bien sûr, les vaccins existants doivent être revus et, si nécessaire, une nouvelle ingénierie peut être nécessaire sur la base de variantes de protéines S nouvellement émergentes. « 

*Avis important

bioRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique / les comportements liés à la santé, ou traités comme des informations établies.