La Guinée a récemment connu sa deuxième épidémie de maladie à virus Ebola au cours de la dernière décennie. Cette épidémie a commencé lorsqu’un cas a été signalé en janvier 2021 dans une ville nommée Gouéké, située à plus de 160 km de l’épicentre de l’épidémie de 2013-2016.
Dans un récent La nature étude, la source de cette épidémie la plus récente est étudiée par séquençage de nouvelle génération, trouvant des preuves qui éliminent la transmission interhumaine soutenue ou le transfert zoonotique comme explications. Cette étude suggère également que le virus pourrait avoir été dormant ou latent depuis la fin de l’épidémie précédente.
Étude : La résurgence du virus Ebola en 2021 en Guinée suggère un nouveau paradigme pour les épidémies. Crédit d’image : David Perieras/Shutterstock.com
Caractériser l’épidémie
Le cas index est apparu le 21 janvierst, 2021 lorsqu’une femme de 51 ans a été admise à l’hôpital. Malheureusement, elle a reçu un diagnostic erroné de paludisme à ce moment-là et a obtenu son congé deux jours plus tard. Ce patient est décédé par la suite à son domicile trois jours plus tard.
La semaine suivante, quatre membres de la famille qui avaient assisté à ses funérailles sont tombés malades et sont décédés, tandis que son mari a été hospitalisé dans une autre ville après avoir parcouru plus de 400 milles avant de reconnaître qu’il était malade. Lui et trois autres cas suspects ont été testés, à quel point Ebola a été détecté et le système national d’alerte épidémique de la Guinée activé. L’épidémie a été déclarée terminée après une période de 25 jours sans nouveau cas, mais pas avant qu’un total de 14 cas confirmés aient été découverts, dont 9 ont entraîné la mort.
De vastes mesures diagnostiques et thérapeutiques ont été mises en place en Guinée contre une autre épidémie d’Ebola. De plus, un test qualitatif de réaction en chaîne de la polymérase par transcriptase inverse (qRT-PCR) a été spécifiquement développé pour détecter les souches d’Ebola et a été utilisé pour confirmer l’infection.
Ensemble, 11 séquences génomiques complètes et 8 partielles ont été collectées à partir de 12 des 14 cas confirmés d’Ebola lors de l’épidémie de 2021. Ces échantillons ont été obtenus par trois laboratoires différents en utilisant différentes méthodes de séquençage de nouvelle génération. Au total, 12 génomes de haute qualité représentant 12 infections ont ensuite été reconstruits par les auteurs à partir de ces données, couvrant 82,9 à 99,9% du génome.
Quelle est l’origine de l’épidémie d’Ebola en 2021 ?
La reconstruction phylogénétique a révélé que tous les cas de 2021 étaient d’origine génétique similaire, correspondant à un seul groupe de l’épidémie de 2013-2016. Un total de 10 mutations de substitution qui avaient été accumulées par ce groupe au cours de l’épidémie précédente ont été notés. Ceux-ci comprenaient une mutation connue pour avoir été acquise lorsque le virus s’était déjà propagé à la Sierra Leone.
Seules 12 nouvelles mutations ont été notées dans Ebola échantillonné en 2021 par rapport aux échantillons collectés en 2016, ce qui, selon les auteurs, est bien inférieur à ce qui serait attendu au cours d’une période de six ans si la transmission interhumaine soutenue s’était produite. Cela équivaudrait à un taux de mutation environ 6,4 fois inférieur à celui attendu et 5,5 fois inférieur à celui observé chez un patient ayant subi une infection prolongée pendant plus de 500 jours.
Les 12 patients de l’épidémie de 2021 ont été échantillonnés sur une période d’un mois ; ainsi, les mutations du virus entre ces patients au cours de cette période pourraient être utilisées pour estimer la date du début de l’épidémie. En utilisant cette méthode, les chercheurs estiment que l’épidémie a commencé le 22 janvier 2021, ce qui coïncide presque parfaitement avec la date à laquelle le cas index probable a signalé des symptômes. Ainsi, le taux de mutation désormais observé dans l’épidémie de 2021 est en corrélation avec l’hypothèse d’une réactivation d’une infection dormante.
Il a été précédemment supposé que la majorité des épidémies d’Ebola étaient le résultat d’une transmission zoonotique indépendante répétée à partir d’espèces réservoirs. Notamment, cet article a démontré que de nouvelles épidémies peuvent également être le résultat d’une transmission interhumaine à partir d’individus infectés de nombreuses années auparavant. Le changement génétique limité observé en 2021 par rapport à 2016 peut être le résultat d’une mutation lente à long terme, bien que le groupe suggère qu’une période de latence soit plus probable, le virus persistant à de faibles niveaux chez un ou plusieurs humains depuis la dernière épidémie.
Dans le cas index probable, une infirmière de 51 ans et sa famille proche étaient tous en bonne santé juste avant le début de l’épidémie en 2021. Aucun des patients qu’elle a traités n’a été infecté par Ebola avant ou après elle. diagnostic. Il est possible que l’infirmière ne soit pas le vrai cas index, qu’elle ait été infectée par Ebola par un tiers non reconnu, ou que son infection latente ait été réactivée à ce moment-là.
Conclusion
Cet article souligne l’importance d’une surveillance continue des survivants de la maladie à virus Ebola, ainsi que le développement de thérapies antivirales efficaces qui peuvent combattre les réservoirs de virus latents.
La transmission entre humains se fait généralement par contact direct de fluides corporels provenant d’individus symptomatiques ou décédés, et la transmission a également été notée par le lait maternel et les fluides cervico-vaginaux. La transmission a également été associée à la présence virale dans le sperme de 50 % des hommes survivants 6 mois après la guérison, avec une détection persistante jusqu’à 700 jours dans certains cas.
Cette récente résurgence 5 ans plus tard renforce encore le besoin de soins de longue durée pour les survivants de la maladie à virus Ebola, à la fois pour détecter une réémergence précoce et pour atténuer toute stigmatisation sociale qu’ils pourraient subir en raison de leur statut de porteur. Un vaccin contre la maladie à virus Ebola a été approuvé par la Food and Drug Administration (FDA) des États-Unis fin 2019 et est recommandé pour la distribution aux personnes susceptibles de rencontrer Ebola par les Centers for Disease Control and Prevention (CDC) des États-Unis.
L’économie et la logistique de la distribution généralisée des vaccins en Afrique de l’Ouest en font une perspective peu probable, bien qu’une recherche approfondie des contacts puisse permettre l’administration stratégique des vaccins.
