Une nouvelle étude publiée sur le serveur de prépublication bioRxiv* rapporte l’identification d’un groupe de génomes de la lignée A.2 du virus du monkeypox provenant de trois pays distincts de la lignée B.1 beaucoup plus importante responsable de l’épidémie actuelle. Ces observations suggèrent que les cas de monkeypox A.2 ne font pas partie de l’épidémie mondiale actuelle de 2022 du virus du monkeypox et se sont plutôt produits via une chaîne de transmission différente.
Étude: Un groupe phylogénétique distinct de génomes du monkeypox suggère une propagation précoce et cryptique du virus. Crédit d’image : joshimerbin / Shutterstock.com
Introduction
Jusqu’à récemment, le virus de la variole du singe était endémique dans plusieurs pays d’Afrique centrale et provoquait généralement des lésions vésiculaires simples ou multiples qui régressaient souvent spontanément. L’infection par le virus de la variole du singe était auparavant associée au contact avec du gibier sauvage ou avec des individus symptomatiques infectés.
Depuis début mai 2022, le virus du monkeypox a été identifié dans de multiples régions non endémiques du monde. Ces patients ont rarement signalé des antécédents de voyage dans des pays d’endémie, environ 75 % d’entre eux ayant déclaré avoir récemment voyagé dans un autre pays européen. Les personnes infectées lors de l’épidémie actuelle sont presque exclusivement des hommes ayant des rapports sexuels avec des hommes (HSH), le virus semblant se propager principalement par contact sexuel.
Le profil des symptômes de l’infection par le monkeypox au cours de l’épidémie actuelle a également changé par rapport aux phénotypes précédents, indiquant ainsi des changements significatifs dans la biologie du virus.
La première infection à monkeypox de l’épidémie actuelle a été retracée à un événement européen où le virus aurait pu être transmis à de nombreuses personnes. Par la suite, le virus s’est propagé dans 75 pays, avec plus de 20 000 nouveaux cas signalés fin juillet. Actuellement, l’épidémie de virus monkeypox a été désignée comme une urgence de santé publique de portée internationale par l’Organisation mondiale de la santé (OMS).
En conséquence, une surveillance génomique et des tests moléculaires accrus ont été effectués, avec plusieurs génomes séquencés téléchargés dans la base de données de l’Initiative mondiale sur le partage de toutes les données sur la grippe (GISAID). Le génome du monkeypox compte environ 200 paires de kilobases comprenant son double brin d’acide désoxyribonucléique (ADN).
Récemment, neuf génomes ont été téléchargés sur GISAID depuis les États-Unis, la Thaïlande et l’Inde à partir de six isolats cliniques qui correspondent à une lignée différente, A.2. Cette lignée se compose de 16 mutations uniques, dont neuf sont non synonymes.
Suivant le modèle phylogénétique, les chercheurs de l’Institut CSIR de génomique et de biologie intégrative (CSIR-IGIB) ont tenté d’estimer le temps depuis l’ancêtre commun le plus récent (tMRCA) de cette lignée.
Résultats de l’étude
Le tMRCA de la lignée A.2 était le 25 juin 2021. Le taux moyen de substitutions de nucléotides était bien inférieur à celui de la lignée B.1 à 5,53 x 10-5 par rapport à 1.13×10-4respectivement, le taux de substitution B.1 augmentant.
Ainsi, la lignée A.2 pourrait avoir commencé à se propager même des années avant l’épidémie du début de 2022, d’autant plus que le génome le plus ancien provenait d’un échantillon prélevé en juillet 2021.
Les génomes analysés dans la présente étude ont été obtenus d’hommes ayant voyagé aux Émirats arabes unis ou au Nigeria. Cela indique une chaîne de transmission distincte entre les humains sans transmission zoonotique directe à travers les frontières internationales. Fait important, cette propagation est restée non reconnue jusqu’à la présente étude.
Cette chaîne de transmission peut ne pas être liée à la grande épidémie de monkeypox qui s’est produite en 2022 et a été potentiellement découverte en raison d’une sensibilisation accrue, de la surveillance et de la plus grande disponibilité des diagnostics.”
Les résultats de l’étude soulignent l’importance de la surveillance génomique de tous les nouveaux agents pathogènes émergents pour les politiques de santé publique et les connaissances épidémiologiques.
*Avis important
bioRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique/les comportements liés à la santé, ou traités comme des informations établies.
